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土地供应双轨制是指我国在土地供应上通过两种方式来完成，一是政府无偿划拨国有土地给使用单位；一是通过市场化手段有偿出让国有土地。目前我国主要是通过招标、拍卖、挂牌三种方式出让土地(所谓招拍挂制度)。在计划经济时期，中国的土地供应基本上是以划拨为主，但改革开放以后，土地有偿出让逐渐成为主流。
改革开放前，我国土地使用一直施行无偿行政划拨的制度，土地资源浪费严重，利用效益低、土地资源配置不合理以及产权关系不明确等问题突出。改革开放后，我国城镇国有土地使用制度进行了一系列改革：1988年通过的宪法修正案确定了“土地使用权可依法转让”；上世纪90年代初，我国建立起土地有偿、有限期使用，可依法进行土地交易的城镇土地使用制度。2002年起，国土资源部开始明确商业用地等实行招标、拍卖、挂牌出让(“招拍挂”)的制度。但政府机关、科研机构、教育机构、事业单位以及一些工业用地仍然通过划拨、协商等方式取得土地使用权。
1.中国土地出让实行“招拍挂”之前，工业用地均采用协议出让土地使用权的方式，即出让方与受让方(土地使用者)通过协商，以协议约定双方权利与义务的方式有偿出让土地使用权。
2.2002年5月国土资源部颁布实施《招标拍卖挂牌出让国有土地使用权规定》，明确规定包括商业、旅游、娱乐、商品住宅用地的经营性用地必须通过招拍挂方式出让。
3.2004年国土资源部颁布《关于继续开展经营性土地使用权招标拍卖挂牌出让情况执法监察工作的通知》，规定2004年8月31日以后所有经营性用地出让全部实行招拍挂制度。
2011年9月，国家土地副总督察甘藏春表示，我国将会逐步扩大有偿使用国有土地的覆盖面，土地资源配置的最终目标是取消土地供应双轨制，提高土地供应和调控能力。除军事、保障性住房、特殊用地可以继续划拨使用外，其他用地实行有偿使用。也就是说，未来政府行政办公用地，能源、电力等行业用地，学校、医院、博物馆等使用土地也要通过招拍挂形式有偿出让。
从长远来看，土地供应双轨制的终结是一件好事。虽然土地划拨不可能被彻底取消，但它作为“一轨”的现状必须改变。土地供应双轨制的问题在于，它使得中国土地资源配置的非市场化程度偏高，市场不能真正反映土地的价格，有损公平原则，同时，过于宽泛的土地划拨出让方式还使腐败和权力寻租成为可能。
需要重点指出的是，土地供应双轨制的终结虽属应然，但这并不意味着未来土地有偿使用就要局限在招拍挂这“一轨”上，因为以“价高者得”为特色的招拍挂制度目前也存在着争议，被外界认为是房价高涨的幕后推手。只取消土地划拨而缺乏对土地有偿使用的规划与改革，很容易加剧土地价格的上涨，激发开发商囤地待涨的积极性。如果未来交通、能源、电力、学校、医院等公共设施项目用地都以有偿出让为主，则如何防止运营商或相关垄断企业把成本转嫁到消费者身上是一大问题。
事实上，取消土地供应双轨制最大的受益者是各地政府，今后土地以有偿出让为主意味着大大增加了各地政府的潜在卖地收入，增强了政府对土地资源的垄断。如果怀揣着大笔土地出让金的地方政府不把钱用到正地方，不取之于民用之于民，即使土地市场化了，也并不意味着公平的自然降临，况且地方政府从农民手里获得土地的方式本身就不那么市场化。从这个角度说，在取消土地供应双轨制的同时，应强化政府对土地供应的责任，比如，加大对保障性用房的供地力度，加大对被征用集体土地的补偿等。