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国库直接支付是指资金支付由财政通过国库单一帐户体系直接支付到商品或服务供应者。
伴随社会主义市场经济体制的大行其道，在原来的计划经济机制下的分开核算、企业包办等举措已经呈现出不合时宜的特征。实施国家金库直接支付就是因为要加强国家资金的管控、约束财务人员的举止、提升国家资金的使用质量，打造公平、公正、公开的国家资金运转制度。它的优点在于：
(一)充分发挥了资金监管职能
实施国家金库直接支付制度以后，行政事业机构的收入和支出实现了双线并行的局面，支出实现了集中核算支付，支付首要机构有权限对各个预算机构的经营活动与原始凭据进行逐项的审核，并对不合乎财务规范的支出和填写不到位的财务凭据实施回退处理，并勒令相关机构整改。国家资金的利用由事后总结分析转变为事前的全面、实时的监管，并将各机构的支出控制在一个合理的范畴之内，规范了支出行为。
(二)简化流程，提升了财务信息的使用效率
实施国家金库直接支付制以后，大多数的机构的经营支出都计人支付中心集中审核，精简了目前国家资金调拨程序中资金清算的过程，从程序上讲达到了简化的目的，从操控时间上来说则减少了清算时间。实施国家金库直接支付制后，预算机构每天的账款支付速率有很大的提升；而在国家金库集中支付模式下，大多数的经营活动采取金融机构直接支付的结算方式，少数经营活动采取权限授予的支付模式，并需要降低资金的使用频率，并利用公务卡进行核算。在这样的支付方式下，支付程序将一改往日繁杂的面貌。所以，直接支付的质量会有所保证。
(三)节省商业金融机构的代理本金，形成规模效应
国家金库直接支付模式实施以来，财政机构能够节省在商业金融机构办理账户支出的费用、支付手续费等代理本金。与此同时，我国中央金融机构的直接支付还能构成国家金库资金支付的规模效应。在已有的代理支付的程序中，若干家商业金融机构一同参加了国家金库支付代理活动，分化了各家商业金融机构的支付规模，而代理金融机构也可能忽视国家金库支付的功能的实现。
中央金融机构实施直接支付后，重新聚集了散落的资金，形成了规模效应，使特定的成本降低，使国家金库支付的效率得以提升。
(四)理清财政机构与中央金驻机构的权力关系
传统的代理支付，在对资金支付的监管上，商业金融机构与中央金融机构的关系是监督与被监督的关系，二者之问的关系模式并非最佳模式。而对于已汇集的清算支付资金的事后审查，通常因为时问与实际情况的约束而无法进行有效管控，代理支付方式显得效果不佳，并使中央金融机构的监督职能有所缺失。假如财政机构与代理金融机构间关系密切，就有可能出现账实不符、超额结算等违反现有规定的代理操作，导致商业金融机构中的“小国家金库”出现。
当前的制度下，财政机构已开始影响预算编写、预算实行以及预算监管等预算项目，而我国中央机构的预算却流于形式，没有将风险管控中的不同职位分开进行管理。
而在我国中央金融机构的直接支付的方式下，全部账款都由中央金融机构通过额度支付中心或同城凭据结算中心直接支付资金到商业金融机构的账户上。中央金融机构由传统的事后监督转变为事中管控，有助于对国家资金的各类支付实施有序、科学的审查，第一时间发现问题并解决问题，并规避违反财政规章的各类支付行为。它们弥补了政府的监管漏洞，并对财政机构实施科学的监管和约束。
(五)强化了财政资金的管控．提升了资金利用效率
实施国家金库直接支付制度以后，支出机构的资金可以直接支付到收款方的账户，如此有利于管控财政资金的运转情况、有利于明确各预算机构资金收支的具体状况，从主观层面加强对资金的管控力度，有利于国家资金的调配一致性的实现。
与此同时，透过支付系统对各机构的每个项目实施审查，保障了每项资金使用计划的有效性，使资金能够依照规划、依照项目特征使用，从本质上规避了预算实行过程中的克扣、非法占用、挤占、截留、闲置等情况的产生，大幅度提升资金利用效率。
(一)与目前的金融规章体制相矛盾
在国家金库的资金流动程序中，“零余额账户”被当成专门的中介账户，其在支付的流程中有着不可或缺的地位，而随着我国财政制度的进化，也需要“零余额账户”中的余额清零。然而在实践中，因为技术因素或实际情况的约束，零余额账户并未按规定清零。例如：在当日中央金融机构与商业金融机构清算完成之后，因为账户的名称输入失误或账户不符等原由而致使票据被退回，就会形成“零余额账户”的余额并不为零的情况产生。
与此同时，商业金融机构“先垫付再清算”的方式与目前的财政体制中先获得款项、后支付资金的规定相违背。
(二)商业金融机构“监守自盗”
我国国家金库直接支付的操控模式，极易引发商业金融机构违法法律规定占用国家资金的情况出现。在商业金融机构代为办理国家金库的金融项目时，如果自身的资金链存在问题，那么中央金融机构在对资产实施清算的过程中，商业金融机构就会推迟支付时间、挪用国家金库资金来充实商业贷款能力，并虚增商业价值。
上文中已经提及，预算时假如零余额账户不清零的话，剩余的资金同样有机会进入资本市场，价值等同于基础资本的投入，鼓励了不正当竞争，违反了国家的货币策略。
（三)缺少一致、科学的资金管理举措
实现国家金库的直接支付，尽管改善了款项使用机构的资金管控状况，达成了国家金库资金的直接拨付。然而中国现有的预算体制并不完善，对预算系统的建设也不到位；与此同时，预算监管体制的建设也欠妥贴。国家政府、审计等有关机构的监管措施的不科学也不利于资金的管控和支付，预算的落实力度也不够。
(四)缺少合规、可探作性强的经费支出准则
因为现实的支出时常会超出指定的范畴，所以给国家金库资金直接支付带去很多麻烦。
例如：准则指定酒水费的支出要在公共费用支出的2％的范畴内，出差费用的支出范畴的规定也无法规避胡乱消费。这样，将直接导致支付系统在审查时遇到阻碍，其变通性与原则性将极难得到体现，这也同样会导致各类预算机构间的冲突；而且各预算机构薪酬和奖金的下发也没有依照准则执行。也就是说，国家金库直接支付系统目前还缺少合规、可操作性强的经费支出准则。
(五)直接支付对赉产的管理来说也有弊端
直接支付尽管加强了国家金库的监管职能，但忽略了会计管理功能。支付系统将审查、支付环节实施了整合，但是对必须反映经济活动的固定资产散布在各个分支机构进行管控是有一定风险的：如果各机构的资产管理不到位，就会形成贪污之风。