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国库对账是指各级国库将预算收入和预算支出数，按预算级次、预算科目，定期与同级财政机关、征收机关和上下级国库之间进行的账务核对。它是国库部门一项重要的基础性工作，也是国库部门、征收机关共同监督、互相制约、保证国家预算收入正确、及时、足额入库的一个重要形式，它在国库会计核算中起着不容忽视的作用。
1．各级国库必须按日、月、年与有关部门进行对账。对账数字一律统计到角分。
2．各级国库与财政、征收机关的预算收入、支出对账，应按财政部制定的预算收支科目，分级次进行。财政、征收机关统计入库数字和入库日期，都以国库实际收纳数额和入库日期为准。
3．上下级国库之间的对账，由上级国库牵头进行。
4．各级国库与有关部门的对账，应建立书面签证制度。
5．征收机关相互代征预算收入，其对账由代征机关与国库进行。
(1)工作人员责任心不强，有章不循。
《国库条例实施细则》中规定，人民银行国库部门要按月编制对账单送征收机关，征收机关发现错误后应本着“谁差错，谁更正”的原则，及时填制更正通知书进行更正。但有些部门在实际工作中不认真执行该规定，有的支库只进行电话对账而不签章，有的征收部门不及时到国库拿票据造成账务核对不及时，个别财政、税务部门甚至出现经办人员对账时发现错误后也不及时更正的问题。
(2)征收机关与国库记账时间不同步，口径不一致。
关于记账时间，会计制度严格规定人民银行国库部门必须序时记账，做到日清月结。但征收机关则实行按月结账，致使月中对账数字不准确。由于各系统的上级主管部门在记账口径上要求不统一，在实际工作中有的需要剔除，而有的需要包含，给对账工作带来很大的难度。如财政退库业务，财政部门的记账方向与人行国库部门记账方向相反，国库记借方，财政用红字记贷方，造成借、贷发生额核对永远不一致。
(3)技术差错较多。
在对原始缴款书进行手工录入时，人行国库部门可以及时发现并及时纠正缴款书的科目、级次、分成比例等差错，但实行财税库行联网后，原始缴款书分别保留在征收机关和商业银行，国库部门得到的只是征收机关和商业银行输入的电子信息，由于个别征管人员对缴款书的预算级次、款项、分成比例填制错误，导致国库部门因税票信息错误不能及时入库；同时，近几年财政部对预算科目的变动较大，由于国库部门或征收机关对变动的预算科目及级次没有及时修改或修改时间不同步，也导致国库部门因税票信息错误不能入库；另外系统程序出现故障时因数据丢失也给对账工作带来一定的难度。
(4)管理不严格。
目前(2006年)，国库对账是在每月初为财税部门提供上月对账单一式两份，要求财税部门及时核对并由双方经办员和科长签章后于五日内将对账单退回国库存档。但在实际工作中，有的财税部门不能严格管理致使对账不及时，有的甚至儿个月不向人行国库提交签章的对账单，给国库对账工作造成很大的影响，客观上也为一些部门和个人违规违纪开了方便之门。
(5)缺乏有效的监督措施。
国库、税务、财政应根据同一原始凭证及科目对各级预算每笔收入的记载，按预算科目逐项归类。但近年来由于缺乏有效约束，随意更正调库现象时有发生。一方面是财税部门因各种考虑随意更正调库，征收机关为完成考核指标，对月份或年度完成任务有困难的税种用其他科目数据以“顶账”形式调库：财政部门怕超收过多影响—F年基数，以超缴技术性差错名义退库。另一方面是人行国库缺乏行之有效的监督措施和手段监督乏力，对一些违规退库无法把关。这些都给国库对账工作带来了困难。
(1)建立和完善内控制度。
各有关部门要转变观念，提高思想认识，充分认识对账工作的重要性，克服麻痹思想和侥幸心理，增强防范意识，做到警钟长鸣，确保国库资金的安全与完整。
(2)严把国库核算“五道关”。
一要严把税款缴库关。要认真审查缴款凭证，对不规范缴款书坚决予以退回并作好详细登记；对入库的税款要严格按税种、预算级次、分成比例进行核算：对及时协调解决征收机关缴库方面有关的问题。
二要严把拨款关。财政部门要将预算计划送同级国库部门作为办理拨款的依据，并向国库部门提供预算拨款单位名称、开户银行名称和账号，以便其对预算拨款进行严格的审核、监控：对拨往预算拨款单位和超计划的拨款，必须提供有关文件或盖有财政部门公章和财政部门国库(或预算)处(科、股)长以上领导签字的书面函件，经审查合规后方可办理；拨款凭证必须由财政部门指定专人送达国库；对大额拨款实行分级审签制度。
三要严把退库关。要审查退库是否在国家规定的退库范围内、退库原因是否合规、是否按预算收入级次办理；审查退库是否经有关机关审批同意、相关的退库依据以及退库依据是否有效；审查票面要素是否齐全；坚持分级审批制度；建立健全退库登记制度。
四要严把更正关。征收机关必须严格按有关规定办理更正，更正时必须坚持“谁的错误谁更正”的原则；必须坚持逐笔更正，不得汇总更正；必须提供原入库凭证影印件，更正期原则上不得过长，特殊情况下必须说明原因；对不符合要求退回的缴款书、拨款凭证等，要逐笔登记后报经国库负责人审核同意后退回。
五要严把事后监督关。事后监督员要经常检查国库业务处理情况，日终、月终是否及时准确地与有关部门对账，发现和纠正存在的问题，堵塞漏洞，并仔细进行登记。
(3)提高库款入库有关人员的业务素质，减少技术性差错。
税务征管员要准确把握国家财税政策，按规定正确开票；财政人员要严格按预算管理要求把关，及时向国库、税务提供科目变动情况；国库及税务征管人员要密切配合，及时做好各自系统的科目修改工作，保证库款按级次、科目准确入库，维护各级财政的正当权益。
(4)财、税、库三部门应严格执行预算收入对账制度。
财政机关负有组织、监督核对账务工作的责任，国库部门要主动做好月末、年终对账下作，财政、税务、国库要按收入科目、预算级次逐项核对，发现不一致的，要及时查明原因，及时纠正，确保预算收入准确、及时入库。并保证财、税、库数字一致。