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医疗保险机构是指在医疗保险活动过程中具体负责承办医疗保险费用的筹集、管理和支付等医疗保险业务的机构和组织，即医疗保险系统中的保险人。
医疗保险机构在医疗保险系统中处于主导地位，主要体现在；
(1)医疗保险机构是医疗保险资金的控制者。在医疗保险系统中，医疗保险机构负责资金的筹集和支付，是资金流动的控制者，因此，医疗保险机构经营状况和管理水平的好坏，直接关系到资金乃至整个系统的安全。
(2)医疗保险机构是医疗保险活动的监督管理者。医疗保险机构通过对医疗服务提供者和被保险人进行监督和管理，避免或尽可能减少违规行为的发生，从而可以保证医疗保险基金的收支平衡，保障医疗保险系统的正常运行。[1]
医疗保险从总体上讲是一种社会公益事业，而不是一种商业性的经济活动。因而，作为具体承办这一业务的医疗保险机构，不同于一般的营利性商业保险公司，它是一种非营利机构，在我国也称为事业性机构。医疗保险机构同商业性公司的区别主要在于：
(1)医疗保险机构运营不以营利为目的，而是管好和用好被保险人的保险资金，使之达到收支平衡，保证有能力偿付被保险人的医疗费用。虽然医疗保险机构在其运营的过程中有可能产生一定的节余，但这种节余一般会被法律和制度限制在很小的范围之内(如5％～15％)，而商业利润往往比例较高，且不受限制；另一方面，这种节余不同于商业利润，它只能重新投入到下一年度的医疗保险基金中去，而不能像商业保险公司那样，利润可以作为红利进行分配。
(2)由于医疗保险往往被作为一种强制实行的社会保险，医疗保险机构就成了国家法规的执行机构，或者说是国家的代理机构，代理落实国家有关医疗保险的法规。在一些国家，医疗保险机构已成为国家政府部门之一。因此，医疗保险机构不可能像商业性公司那样拥有真正的自主经营权，其在经营策略、规章制度、组织人事和经营方法等方面的自主权都是有限的。
根据医疗保险机构独立经营程度的高低，大体可以分为三类：
1．政府机构型
这类医疗保险机构的运行基本按政府计划规定行事，主要目标是保证政府计划的落实，少有独立经营的余地，可以视为政府的派出机构。其机构成员类似于国家公务员，经营活动几乎没有风险，经营效果主要依赖于行政管理水平。这类医疗保险机构在各国医疗保险机构中较少见到，只见于加拿大等国。
2．独立经营型
这类医疗保险机构在经营方面基本独立，包括组织人事、财务安排、经营决策等都可自行决定，只是在总体上按照政府有关医疗保险的法规行事，并接受国家有关部门的监督。这类医疗保险机构在财务经营方面自负盈亏，可以发展，也可能倒闭。商业保险公司经办的医疗保险多属此类。这类医疗保险机构也不普遍，可见于美国、荷兰等国。
3．中间型
世界多数国家的医疗保险机构属此类型。这类机构一方面接受政府统一的计划安排，另一方面又有相对独立的经营权，如在决定保险范围、保险费率和经营方式方面拥有一定程度的自主权。因此，这种类型的医疗保险机构既可在实施医疗保险过程中保证社会公益性，又可通过保险机构间的竞争保持较好的效率和效益，是一种较为合理的机构形式。
医疗保险机构的基本任务是按照国家的有关法规，在一定的区域和人群中合理有效地开展医疗保险业务，为促进居民健康提供经费保证。其具体任务包括：
1．参与制定政府医疗保险的法规、政策和计划
由于医疗保险活动是一种专业性很强的活动，在政府制定有关政策法规和计划时，需要有医疗保险机构的参与。医疗保险机构根据自身掌握的第一手资料，主动为政府制定医疗保险政策法规和计划提供合理依据和建议，也是保证有效开展医疗保险业务的前提。
2．筹集医疗保险资金
其工作包括对医疗保险市场的调查研究；医疗保险主要指标的预测和测算；对所在地区居民和单位进行参加医疗保险知识的宣传教育；选择有效方式组织交纳保险费等。
3．保证医疗服务的提供
医疗保险机构一般并不直接为参保人提供医疗服务。然而，为了提高医疗保险的效率和效益，保险机构有必要负责选择和组织适当的医疗机构提供合理适宜的医疗服务，包括：选择适当的医疗服务提供机构和提供者(医疗保险定点医疗机构)；选择和确定适宜的医疗服务范围、技术和服务方式；组织一些直接医疗保健服务，如疾病预防、被保险人的健康检查、健康教育和健康促进等活动。
4．支付被保险人的医疗服务费用
这是医疗保险机构最基本的日常工作。主要包括选择合适的保险支付方式、检查和审核医疗服务的提供情况和大量日常财务会计工作。
5．对医疗服务提供方和被保险方的监督和控制
对违反医疗保险法规和制度行为的监控是开展正常医疗保险业务不可缺少的重要工作。与其他保险业务不同的是，医疗保险机构必须同时监控医疗服务提供方和被保险方的行为。其工作范围包括：按有关规定对医疗服务范围、种类的监控；对服务价格和收费和监控；对所提供医疗眼务的水平和质量的监控；对被保险人违反保险条例的欺诈行为的监控等。
6．医疗保险基金的管理
尽管医疗保险基金相对于其他保险基金而言，有周转较快，沉积时间较短的特殊性，但仍有相当的资金沉积。为了保证沉积的保险基金的保值和增值，提高抗风险能力，保险基金的管理是医疗保险机构的一项重要工作。其主要工作包括对基金的核算、分配、分析和沉积基金的开发利用。
上述六个方面构成了医疗保险机构的基本任务，可简单概括为：计划、筹资、服务、付费、监控和管理。
(一)医疗保险机构的宏观组织
1．医疗保险机构的设置和分布
根据保险理论的“大数法则”，医疗保险机构的设置应当依被保险人的数量而定。一个医疗保险机构所承保的人数越多，其抵御风险的能力就越强。而当被保险人的人数不能达到一定数量时，保险机构就有可能会因人不敷出而导致亏损。因此，医疗保险机构的设置就有一个基本被保险人数标准问题。
从理论上讲，这一基本人数的计算，应当以保险所包含的疾病范围中发病率最低的某种疾病为标准进行测算。这样，其他发病率较高的疾病都能被包括在内。这样一个数量的人群所缴纳的保险费，就能够支付他们中间所发生的各种疾病所需的费用。这是因为保险费的测算是以人群的平均医疗费用为标准来确定的。下面举例说明：
如果某一地区需要做肾脏移植的病人发病率为万分之二，假设其为最低发病率，那么，可能发生这一疾病的理论人群为：10000+2=5000(人)，,5000人即为该地区设置医疗保险的基本人数。确定被保险人的基数时，还要考虑到平均数统计中的标准差(即平均数波动范围)、人群的人口学特征和当地医疗卫生状况等因素，一般应稍高于这个基数。
在实际设置医疗保险机构时，通常有以下几种情况：
(1)以地区为单位设置医疗保险机构。即以一个行政区域中所有人群(或大部分人群)作为保险对象，设置医疗保险机构。一般采取计划型医疗保险方案的情况下多采用这种方式，我国目前的城镇职工基本医疗保险就是按照这种原则进行设置的。
(2)以行业为单位设置医疗保险机构。即以一个行业的职工(也可包括职工家属)为对象设置一个医疗保险机构。这种形式多出现在自发产生医疗保险的地方，或国家尚缺乏统一的医疗保险法规的情况下。
(3)倾向市场需求设置医疗保险机构。这种形式多见于医疗保险起源于民间的国家，如德国、荷兰和美国等，属于市场型保险方案类型。在这种情况下，医疗保险机构的设置首先还是以地区为基础，但被保险对象不一定包括区域内的所有(或大部分)人群，同时也不限于本地区的人群。保险机构的发展不受行政区划的限制，而是根据市场的需求进行调整，地区内或地区间的医疗保险机构有可能形成较强的竞争。
2．医疗保险机构的组织系统
为了承担全体居民的医疗保险任务，医疗保险机构通常不是一个单独的组织。而是以组织系统(网络)成员的形式存在。
一个地区医疗保险机构，按照其覆盖人群的多少，其规模可大可小；一个人口多的地区，可以出现多个医疗保险机构；一个大的医疗保险机构，下面可设若干个分支机构，每个分支机构承担一个特定区域内人群的医疗保险业务。
地区间的医疗保险机构可形成一个联合体，通常可称为医疗保险中心或联盟(联合会)。该联合体的作用，一是统筹、协调和指导各地区的医疗保险业务；二是可形成一个上一级的医疗保险基金，实现医疗保险基金地区问的调剂，提高医疗保险的抗风险能力。
在医疗保险联合机构之上，通常还有国家政府有关部门的管理和调控。这样，就形成了医疗保险机构的组织网络。
(二)医疗保险的微观组织结构
1．部门设置
为了使整个系统能够良好地运作，医疗保险机构内部通常设置以下部门：
(1)办公室。负责日常的综合性工作。
(2)保险办理部门。主要负责与被保险人有关的事务，如保险市场调查、保险条例的宣传、被保险人的资格审查及办理保险手续等。
(3)医疗服务管理部门。主要负责与医疗服务提供者有关的事务，如对医疗服务提供者的资格认定、确定服务范围、监督服务质量以及审核服务费用等。
(4)财务审计部门。主要负责医疗保险基金的筹集、使用、管理等过程中的财务和审计工作。
(5)基金营运部门。主要负责与医疗保险基金营运有关的事务，包括基金的核算分析，基金投资过程中的计划、实施和监控等。
(6)信息部门。主要负责利用计算机处理医疗保险过程中的各项信息，如与医疗保险有关的各种数据和文字的处理，医疗保险信息系统的设计、建设、维护和管理等。
2．人员配置
现代医疗保险机构是多学科知识和技术融为一体的经济组织，需要配备多种专业人才。这些专业人才通常包括：
(1)管理人员。包括机构的负责人、各部门及各职能科室的负责人等，这些人员除要熟悉医疗保险业务外，还必须熟悉社会学、经济学、法律和管理学方面的知识，具有综合管理能力。
(2)经济师。主要从事保险机构的保险精算、经济核算、经济管理工作，这些人员是医疗保险机构的经济技术骨干，必须具备较高层次的经济技术水平。
(3)保险业务人员。主要从事医疗保险筹资、支付、业务开发等具体业务工作，是医疗保险机构中的主要力量，熟悉相关的专业知识，是一般的经济管理专业人员。
(4)财会人员。主要从事医疗保险过程中的财务、会计和审计等工作，也是医疗保险机构中的主要力量，一般为保险会计或金融会计的专业人员。
(5)保险医师。主要负责医疗保险过程中的医疗技术、医疗管理工作及对各项医疗服务进行评价和监督等。他们是医疗专业技术人员，除熟悉医学各学科的专业知识外，对卫生管理和医疗保险知识也应有一定的了解。
(6)信息和计算机工程技术人员。主要为从事信息管理及计算机专业的人员，负责医疗保险过程中各种数据信息的收集和整理，并负责计算机系统的设置、使用、维护和管理等工作。
1．加强政府对医疗保险系统的调控作用
政府对医疗保险的调控是世界上许多国家一致的作法。政府可以通过制定严格的政策法规，任命医疗保险机构的主要负责人，制定一些指令性计划和严格监督检查等措施，将医疗保险机构的自主经营权始终保持在政府的调控之下。
2．把握好医疗保险机构自主经营的范围和尺度
一方面，医疗保险机构应当有一定范围的自主经营权，如允许医疗保险机构有一定的确定保险费率、保险服务范围、支付方式、内部管理等方面的权利，以提高其经营效率。另一方面，医疗保险机构的自主权应有一定限制，例如医疗保险机构一般不能随意选择服务对象，以避免保险机构进行“风险性选择”，从而保证每一位公民获得医疗保险的权利。
3．医疗保险机构内部宜实行企业化管理
尽管医疗保险机构通常属于非商业性机构，但其内部管理可采用类似企业化管理的方式，也即在经营自主权有限的情况下，给予医疗保险机构充分的内部管理自主权，以提高机构效率和效益。这种自主权可表现在人事自主权和职工收入分配自主权等方面，避免把医疗保险机构办成政府的下属部门，出现官僚主义、服务态度恶劣、作风懒散和效率低下等弊病。