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内部机构设置权是指除法律或国务院另有规定的，企业有权决定内部机构的设立、调整，决定企业的人员编制，企业有权拒绝任何部门和单位提出的设置对口机构、决定人员编制和级别待遇的要求。
企业的内部机构设置权的性质实际上是指，企业根据生产经营的需要，按照精简、效率、合理的原则，依法自行决定内部机构的组成及其人员编制的权利。
企业的内部机构设置权的具体内容包括：
(1)企业有权决定内部机构的设立、调整和撤销，决定企业的人员编制。
(2)企业有权拒绝任何部门和单位提出的设置对口机构、规定人员编制和级别待遇的要求。任何侵犯企业的内部机构设置权的行为都是违法的行为，法律另有规定和国务院有特殊规定的除外。
(3)法律和国务院有特殊规定的，企业不能自行其是，必须设立。对于一般企业，《兵役法》、《中华人民共和国会计法》(以下简称《会计法》)、《人民调解委员会组织条例》、《治安保卫委员会暂行组织条例》、《仓库防火安全管理条例》、《国营企业成本管理条例》、《1争计条例》等法律、法规要求企业设立相应机构，企业应当设立。此外，对于一些特殊行业企业，一些法律和法规要求设立相应机构的，企业也应设立相应机构。
内部机构设置权的具体原则是：
(1)从企业的规模、生产性质、技术复杂程度、生产经营范围等实际情况出发，随着这些特点的变化，适时地、谨慎地调整机构，与本企业的生产经营活动相适应。
(2)要体现精简、效能的原则。在服从生产经营需要的条件下，力求减少管理层次，精简机构和管理人员，建立精干有力的企业机构，提高工作效率。
(3)按照职能业务性质设置机构。现代企业的管理职能较多，如计划管理，生产管理，技术管理，劳动管理，财务管理等等。根据这些管理职能建立的机构，必须合理分工、密切配合。
(1)企业领导人应该加强“自主经营权”观念，明确企业的内部机构设置权属于企业自主经营权，除法律或国务院有特殊规定的，任何政府机构和政府官员都不得以任何借口干涉，对于政府机构和政府官员干涉企业内部机构设置权的行为，企业应主动抵制，不予执行。
(2)对于已经发生的政府机构和政府官员干涉企业内部机构设置权的行为，企业领导人应该积极和政府机构沟通，或向其上级政府机关反映，促使撤销其行政决定，保护企业内部机构设置权不受侵犯。
(3)对于通过沟通和反映仍无法撤消的干涉企业内部机构设置权的行政决定，企业应向人民法院提起行政诉讼，寻求司法保护。
(4)对于已构成犯罪的侵害企业的内部机构设置权的行为，企业可以向司法机关报案，要求司法机关依法追究侵害一方的刑事责任。