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公司决议瑕疵是指股东大会或股东会、董事会通过的决议内容或通过决议的程序违反了法律、行政法规和公司章程规定的情形，也可称为决议违法。
(1)决议内容违反法律、行政法规的无效，即决议内容属于《合同法》第52条第(五)项规定的“违反法律、行政法规的强制性规定”的情形，可视为绝对无效。在该情形下，有关决议自作出之日起即为无效。
(2)作出决议的会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规或公司章程规定的可被撤销。
(3)决议的内容违反公司章程规定的可被撤销。
上述(2)(3)项情形下，只有满足规定条件(股东在决议作出之日起60内提出诉讼，请求人民法院撤销)的，该决议才自始无效，因此可视为相对无效。在该情形下，股东有权在法律规定的60天时间内提起撤销之诉。而股东未在上述期间内提出撤销之诉的，视为股东接受该决议，同时意味着对公司章程的非正式修改。
公司章程是公司治理的规则，股东有权制定公司章程，当然有权修改公司章程。所以，股东因未在法定期间内请求撤销公司决议而导致该等决议在法律上的效力既定，可以理解为新《公司法》赋予股东的一种对公司章程的非正式修改方式，以该方式修改公司章程没有依据法律、行政法规或公司章程规定的程序进行，而是由股东以不作为的方式表现出来。
决议的瑕疵既可能存在于形成决议的程序中，又可能存在于决议的内容中;前者属于程序瑕疵，后者属于内容瑕疵。
1.程序瑕疵。公司决议的产生自然要履行一定程序方可形成，只有按照规定的程序形成的决议才能保证决议参与者平等、充分的表达意思，也才能发生公司决议的效力。倘若公司决议在程序上存在瑕疵，就不能体现为所有应当享有表决权的决议参与者的真实意思表示，除非该决议做出后取得所有应当享有表决权的决议参与者的一致追认或默认。程序瑕疵发生于决议形成的过程之中，主要体现在会议召集程序和表决方式两个方面。程序瑕疵表现为会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规或者公司章程。
2.内容瑕疵。内容瑕疵与程序瑕疵相比其具有不可逆转性，被一些学者称之为“不可逆转的缺陷”，即不论公司采取何种补救措施均不得作出与此内容相同的决议。内容瑕疵主要表现为：决议内容违反民法、公司法的基本原则和具体规定;违反其他法律、行政法规的规定;违反公司章程。
它还可分为：股份有限公司决议瑕疵和有限责任公司决议瑕疵、股东大会决议瑕疵和董事会决议瑕疵、决议内容瑕疵和决议程序瑕疵、无效决议和可撤销决议等。
新《公司法》第22条规定了瑕疵决议的无效和撤销，该条第一、二款规定：“公司股东会或者股东大会、董事会的决议内容违反法律、行政法规的无效。股东会或者股东大会、董事会的会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规或者公司章程，或者决议内容违反公司章程的，股东可以自决议作出之日起六十日内，请求人民法院撤销。”根据该规定，涉及无效和撤销的决议是指：有限责任公司股东会、董事会决议、股份有限公司股东大会、董事会决议。该规定明确了对公司决议瑕疵必须通过民事诉讼的司法救济方式予以救济，通过法院裁判公司瑕疵决议无效或撤销来实现决议瑕疵的纠正，这标志着我国公司决议瑕疵司法救济制度正式确立。
该条是《公司法》修订后新增加的制度设计。原《公司法》没有明确规定公司有关决议的无效与撤销，只是在第111条规定了股东有权提起要求停止因违法决议侵害其合法权益的违法行为和侵害行为的诉讼，但未涉及决议的无效与撤销，这不利于保护中小股东的利益，尤其是针对目前上市公司大股东占款、关联企业互相担保等频频发生的情况下。
新《公司法》第22条的规定，旨在借助司法权力舒缓公平与效率在公司会议领域的紧张对峙，但将其运用于司法实践中，却被发现其尚存着先天不足的问题。
这些问题具体有：
第一，关于诉由的规定不够周全。该条对于决议的内容瑕疵仅规定“违反法律、行政法规、公司章程”的情况，并未包括违反规章的情况;对于决议的程序瑕疵的规定仅限于会议召集程序、表决方式“违反法律、行政法规、公司章程”的情况，也未包括违反规章的情况。
第二，虽对瑕疵决议的效力进行划分，并在效力划分的基础上区分了诉讼类别，但该决议的效力和诉讼类别的划分是不完整的，缺乏决议不成立的情况。
第三，原告的范围过于狭窄，仅规定了股东可以起诉，而与决议的通过有着利害关系的董事、监事等均不能成为原告。
第四，该条虽规定了股东担保制度，但过于原则，不仅无法防范股东滥用诉讼权利恶意刁难公司现象发生，又可能成为被告公司阻止原告股东提起诉讼，人为抬高股东起诉的门槛。
第五，缺乏相关配套制度，导致瑕疵决议被诉后的裁判标准、处理方式及裁判后的执行等问题无法可依。
第六，未规定诉讼救济之外的其他救济方式，导致针对公司决议瑕疵的处理方式单一，难以实现效率与公正的协调统一。
1.决议的撤回和追认
对于缺乏非实质要件的公司决议，类同于可撤销和可追认的法律行为。股东大会决议是法律行为的一种形式，有关撤回和追认的法理对有瑕疵的公司决议应有适用的空间。
2.决议瑕疵的治愈
公司决议因程序上违反法律或章程的规定而引起的瑕疵应允许在一定条件下被治愈，该决议可视为依法做出当然这种治愈措施只适用于程序上的瑕疵，而不适用内容上的瑕疵：如在通知程序上存在瑕疵时，可通过事后取得该部分股东的同意而被治愈;会议召集程序存在瑕疵，可因全体应到会成员出席而予补救;通过公司章程的法定修改方式弥补之前决议违反章程的瑕疵。
3.收购异议股东股份
出于维持决议的稳定性原则考虑，公司的大股东针对个别小股东准备就公司决议瑕疵提起诉讼的问题，可以通过协商以公平价格购买小股东所持股份，从而使异议小股东丧失起诉资格。
4.建立和解机制
首先，双方承认股东大会决议有效;其次，基于该决议在召集程序上确有瑕疵，要求被告对原告支付相应的经济补偿。