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1.公司治理结构的缺陷。我国上市公司大多选择“主体上市，原企业改造为母公司”的模式。而母公司所持有的上市公司股份一般占绝对或相对控股地位，控股大股东可以利用其控股权，通过资产重组、应收账款或其它应收款等方式，将上市公司的募集资金或利润向大股东转移。这样，由于公司治理结构的天然缺陷，加上内部缺乏必要的监督和约束机制，就使上市公司逐步沦为大股东的提款机。
2.过度“包装”上市导致先天“缺陷”。相当一批上市公司为达到上市所需条件，脱胎于企业集团的一块优质资产或一个分厂，而将非优质资产、剩余劳动力等加以剥离，留在了原企业。其资产在行业的不完整性，使其不具备独立面对市场的能力，或依靠母公司供应生产所需的原材料，或依赖母公司的销售渠道销售产品，从而导致了大量的关联交易，客观上为大股东占用资金创造了条件。
3.上市公司“内部人”控制问题严重。由于大股东高管人员和上市公司的高管人员交叉任职现象普遍存在，一些身兼数职的大股东高管人员几乎囊括了上市公司的决策权、监督权和经营权，实际上交叉担当了“教练员”、“运动员”和“裁判员”的角色，从而使上市公司进一步为少数股东和公司内部人员所控制，导致上市公司的利益屡屡受到损害。
4.上市公司的董事会功能不够完善。我国上市公司多是由国企改制而成，很多公司在董事会和经理层的划分上还不清晰，加上国有股股东缺乏监督董事会的意愿和能力，董事会就无法行使其对经营者的监督功能。目前，上市公司虽引进了独立董事制度，但由于某种默契，独立董事多为“花瓶”董事，难以尽职尽责。
5.上市公司“经营”利润的需要。有些上市公司出于再融资或避免sT的考虑，于是便同大股东达成某种协议，如将公司账面价格较低的资产以离奇的高价出售给大股东，创造巨额利润，但大股东并没有以现金支付给上市公司，而是以其它应收账款挂账，从而一方面上市公司实现了利润，另一方面形成了大股东欠款；还有的上市公司直接将款项借给大股东，然后向大股东收取资金占用费，这样，在公司“产出”利润的同时，也就形成了巨额的应收账款。
6.缺乏相关法律法规，监管不严，监管制度存在漏洞。一些上市公司巨大的占款黑洞，直到“纸包不住火”，才不得已“实话实说”，究其原因主要是相关制度不够完善。有关制度虽然对上市公司大股东违规占款作了处罚规定，但处罚条款是粗线条的，具体实施时难以把握尺度，给违规者造成了可乘之机，这也是大股东违规占款屡禁不止的主要原因。
1．对上市公司的正常经营产生影响，将部分上市公司推到退市或破产的边缘。*ST联谊发布公告称，针对大股东大庆联谊石油化工总厂对公司27 539万元欠款，大股东没有偿还公司资金和其他资产，大股东及下属企业用其所持有的股权3600万股作质押，由于该部分股权价值发生了变化，公司将根据净资产的变化，预计对应收大股东欠款补提坏账准备金5 000至5 500万元。公司表示，由于已连续两年亏损，如果公司2006年度报告仍然亏损，公司股票将被终止上市。
2．影响到证券市场功能与效率的正常发挥。过度的大股东占款危机，很容易扭曲证券市场的资源配置功能与效率功能的正常发挥，部分并购、重组案例常常由于大股东占款和巨额债务而夭折，使证券市场的效率大打折扣。如sT中华A的重组，华融资产管理公司从2000年9月即开始介入重组，但由于ST中华A大股东占款11亿元，负债21亿元，资产负债率高达500％，至今也未能迈出实质性重组步伐。
3．公司被掏空，危及股市安全，加大了证券市场的系统性风险。如三九医药，其大股东及关联方占款额高达32亿元，占公司总资产的46％，净资产的140％；而猴王股份自上市以来，其大股东猴王集团从公司套走了近6亿元的现金和4亿元的贷款担保，约占猴王股份总资产的123％。这对股市安全构成了极大的信用威胁，加大了证券市场的系统性风险。
4．资金被抽走，上市公司运营困难。资金严重匮乏，企业举步维艰。近日，阿继电器发布公告称，公司213O5年度业绩预计亏损8000万元左右，主要原因是对大股东占用资金计提25％的坏账准备。从公司2005年半年报披露的数据来看，该报告期大股东阿城继电器集团有限公司对上市公司的欠款金额达到了2．21亿元，频繁而高额的大股东占款，给企业的正常生产经营和稳定发展带来困难。
5．损害中小股东和债权人的利益。实际运行中，一旦大股东发生财务危机，通常会将上市公司拖下水，从而将灾难转移到上市公司的流通股一中小投资者身上，使他们成为无辜的牺牲品。如ST轻骑，在其12亿元的大股东巨额占款被披露后，股价从6元跌至1元。
6．加大了上市公司的财务风险。上市公司由于存在着应收大股东的巨额款项，使企业的流动资产结构极不合理，降低了流动资产的流动性，从而极大地削弱了企业的短期偿债能力，导致上市公司资本结构恶化，使上市公司面临不能偿还到期债务的财务拮据风险。
1．实施以股抵债。对已经侵占的资金，大股东要积极采取现金清偿、红利抵债、以资抵债等方式，加快偿还速度。对不能实行现金资产抵债的，要配合股权分置改革，实施以股抵债，改善公司财务状况，释放公司经营风险，提升上市公司的质量。如电广传媒在证券市场首推“以股抵债”，其控股股东以7 542万股偿还5．39亿元债务。
2．实行定向回购。郑州煤电公告，股东大会同意股改后公司定向回购郑煤集团所持部分股份，然后注销，以解决大股东长期占款问题；凤凰股份也表示，拟回购大股东的国家股。
3．监管部门和交易所要采取积极措施，督促上市公司加大清欠力度。抽调专人成立“清欠”工作小组，集中处理共性问题和有关难题，并负责与各相关机构的沟通协调工作，提高“清欠”工作的效率；结合年报披露和事后审核工作，逐一核对每家上市公司的资金占用数额，并与相关机构密切合作，联合追讨，确保清欠工作的准确性。
4．加强舆论监督，实施定期曝光制度。交易所应在主要证券媒体上以专栏形式，定期或者不定期向市场通报有关上市公司清欠方案的执行情况、清欠进度和力度，公开各上市公司的资金占用情况、清欠方案、时间安排和有关股东承诺等信息，真正发挥舆论监督作用。
5．市场各方共同参与，形成连续的、高效的监督约束机制。上市公司在上市伊始应和交易所签署《上市协议》，董事、监事、高管人员在上任伊始须向交易所递交《董事、监事、高管人员声明与承诺书》，分别承诺遵守有关法律和《上市规则》。如果公司或者个人违背承诺，违反《上市规则》的规定，交易所可将有关责任落实到个人，对其处以公开谴责，并把公开谴责列入诚信记录，公之于众，并抄报当地政府和金融部门。
6．改革与完善经营者的报酬激励制度，建立一种使上市公司健康成长的长效机制。上市公司要真正发展还是要提高核心竞争力，持续增长能力才是公司生存的长久之计。同时要改革与完善经营者的报酬激励制度，将上市公司高管人员的货币性收入与企业的效益高低挂起钩来，采取基本年薪、年度奖金、股权、期权等形式，把经营者的报酬与企业过去、现在和未来的经营状况结合起来，使经营者 能对企业做出长期投入，使其财务决策更趋理性，努力建立一种使上市公司健康成长的长效机制。