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公共投资绩效审计的目标是：通过审计，对公共投资资金所达到的经济、效率和效果程度(或利用资源的经济性、效率性和效果性)进行审核评估，确定其是否进行了有效管理(经营)，资金使用是否得当，政府项目和政策是否达到目标。满足了社会需求。具体应达到如下一般目标：
1、促进政府投资资金的合理、有效使用
绩效审计通过检查资金的拨付、管理和使用情况，可以揭示资金在拨付、使用管理上的问题，纠正资金使用、核算上违反财经纪律的问题，促进财政部门管好用好政府资金，确保资金及时、足额拨付到位，确保资金使用真实、合法、有效。在真实性、合规性审计的基础上，绩效审计还应该对资金的使用是否达到预期的效益进行审计。因为一笔资金使用上的真实、合法并不代表其使用的合理性、有效性。由于错误的决策，必然导致资金使用上的极大浪费。因此开展绩效审计，可以检查有关政策的落实情况，促进资金合理、有效的使用。
2、加强对权力的制约和监督
在现行体制下，行政部门和行使行政职能的单位权力过大，不仅拥有对人、财、物的决策权和执行权，而且拥有监督检查权。这就造成行政部门自己监督自己，既当裁判员又当运动员的局面，出现既“越位”又“缺位”的现象，没有一套真正的完整、科学、有效的监督体系去制约。正是基于这一点，十六大提出加强对权力的制约和监督，并要求审计机关充分发挥对权力的制约和监督职能。
投资领域的权力主要表现为决策权、审批权、监管权、工程发包权、建设资金支配权等等。政府公共投资绩效审计就是通过对政府投资项目建设过程及经营管理的审计或调查，揭露问题，提出建议，加强对权力的制约和监督。具体地说：揭露政府领导或政府部门因决策不科学、不民主、不合理或决策失误造成的无效投资及损失浪费等问题，监督其决策行为；揭露项目概算与实际严重脱节或弄虚作假申报项目、骗取财政资金的情况，监督政府部门的项目审批工作有无失察、失职的问题；揭露建设领域因政府部门监管不力或监管滞后，造成损失浪费的问题，监督政府部门的监管行为是否及时有效；揭露政府领导或有关部门领导利用权力干预建设的活动，监督政府领导和有关部门领导的权力运用；揭露政府领导违反人大批准的财政预算安排，动用建设资金搞“政绩工程”、“形象工程”的违规行为，监督政府领导对建设资金的支配权。
3、促进项目社会效益和经济效益的充分发挥
项目的投资效益，无论是经济效益，还是社会效益、环境效益都是在项目建成后的投产运营过程中实现的。因此，项目不能正常生产运行，就会影响其生产能力和效益发挥。因项目建成后不能正常运行而造成的资产闲置浪费，甚至报废毁损也是造成投资损失浪费的一个重要方面。开展绩效审计，调查已建成项目的运营状况，分析不能达到预期效果的原因，从项目建设管理体制、投融资体制及运营机制等宏观制度方面提出审计建议，促进项目的后续运营达到预期效果。
公共投资绩效审计，重点应从投资决策、项目管理、资金使用和投资效益四个环节展开。
1、投资立项决策的审计与评价
一个工程项目的命运首先取决于项目的立项决策。一个决策失误的项目，再规范的管理也无济于事。因此，实施投资绩效审计，应注重对投资决策的科学、民主、合规性作出独立评价：
第一，审查项目决策的科学性。审查承担政府投资决策咨询业务、项目可行性研究业务、项目评估业务的各种中介机构是否具有独立性和超脱性，项目建设背景是否真实，建设条件能否落实，对项目的论证是否充分，可行性研究是否确实可行等。
第二，审查项目决策的民主性。在投资决策形成的各个环节上是否建立了完善的决策责任制，是否在决策过程中实行民主原则，是否使参与投资决策的每个主体都能承担起相应的责任和风险，行使项目最终决策权的有关部门、人员是否履行和尊重可行性研究和项目评估的科学结论。第三，审查投资立项的决策程序是否规范、有效。重点审查项目建议书审批、可行性研究报告审批和初步设计审批是否严格遵守审批程序。
2、对项目管理的审计与评价
审查项目法人责任制、资本金制、招投标制、合同制和工程监理制的落实情况，着重审查招投标制和合同制落实情况。
第一，审查项目的施工、设计、监理、采购等是否实行招投标制，是否按“公开、公正、公平”等原则进行，有无通过虚假招标、指定分包方式搞违法分包、层层转包，审查标底是否控制在总概算及投资包干的限额之内，是否存在中标单位资质不够，造成工程重大损失和质量隐患等问题。
第二，项目的有关合同是否真实有效，是否按照中标结果签订合同，有无因强行要求承包方垫资或压低标价影响工程进度和工程质量等现象，是否存在虚签施工联系单的问题，在建材及设备采购合同中，有无超设计需用量采购的现象等。
第三，审查项目是否实行项目法人责任制，项目法人在项目的策划、资金筹措、建设实施、生产经营、偿还债务和资产的保值增值过程中是否实现了责、权、利的统一；对实行资本金制的项目，审查资本金是否按规定进度和数额及时到位，是否按规定用途使用，有无弄虚作假、挪用或抽逃资本金问题；检查监理单位资质的真实性和合法性，审查项目建设管理监理的体制是否规范合理。
3、对投资建设资金的筹集、管理和使用中的真实性、合法性进行审计和评价
政府公共投资的资金来源除财政性资金外，还存在大量的配套自筹资金。目前由于管理部门和环节较多，在资金的筹集、管理、使用中存在许多问题，因此必须就其合法性、真实性作出审计评价：
第一，审查投资建设资金是否按计划进行筹集，资金筹集方式是否合法，是否存在非法集资现象，是否存在向银行骗贷现象。
第二，审查投资建设资金是否及时、足额拨付到位，是否存在被截留、转移、挪用、挤占等问题，是否存在因拨款不及时影响项目建设进度及项目效益的发挥等问题，政府各职能部门对投资建设资金的使用的监管是否到位、有效。第三，对项目概算执行情况进行审计，是否按概算规定内容建设，有无随意改变建设内容、扩大建设规模、提高建设标准、概算外投资等问题；有无弄虚作假、虚列建设成本问题。对工程结算和工程决算进行审计，检查建设单位是否及时办理工程决算，检查工程价款结算与实际完成投资的真实性、合法性及工程造价控制的有效性。
4、对投资效益的审计与评价
项目投资效益评价的方法主要是以预期目标和前期建成的同类项目的平均先进指标为依据，将动态与静态、定量与定性、价值量与实物量等分析结合起来作出正确评价：
第一，通过对建设工期与达到设计能力年限的对比分析，评价建设速度的快慢和建设工期对投资效益的影响。
第二，通过对投资预算(概算)与投资完成情况、工程成本及单位生产能力投资的对比分析，评价工程造价和建设费用的高低。
第三，通过对预算项目投资回收期、财务净现值、内部收益率等经济指标的分析，评价项目建设投产后的获利能力。
第四，进行现金流量分析，评价项目贷款偿还能力。公共投资一般属于非经营性项目，不以盈利为目的，主要是为社会公众提供公益性服务。所以，衡量其绩效就不能只看其自身的经济效益，更应该注重其满足社会共同需要的优劣程度及推动国民经济和社会事业持续、快速、健康发展的效果，应该从宏观效益、社会效益及生态效益方面评价项目的投资效益。
我国绩效审计还只是刚刚起步．要真正建立起中国特色的绩效审计体系，尚需时日。目前．在我国开展公共投资绩效审计所面临的问题主要有以下几个方面：
(一)从宏观角度分析
1对绩效审计了解不够．对其重要性认识不足。在我国审计界．对绩效审计的认知还局限于一个比较小的范围．有相当一部分审计人员只是对这个名词有一些初步印象．至于它的实际内容是什么具体该如何操作．还知之甚少。从目前仅有的一些文献资料来看．大多数还停留在对国外有关情况的介绍。甚至有一种观点认为，绩效审计是西方国家的产物，不符合中国的国情。
2绩效审计的覆盖面较小。目前．在我国政府审计实务中，真正意义上的绩效审计并不太多．主要表现在：(1)对于主要的公共部门即行政事业单位的经费开支、专项资金．现在还很少开展绩效审计。(2)国有企业是开展经济效益审计最早的领域．但随着国有企业转换经营机制．现代企业制度以及有效激励与约束机制的逐步建立．国有资产管理方式得以改革和完善，注重企业绩效已经越来越成为企业经营管理者的自觉行为．企业的绩效有向内部审计倾斜的趋势。目前在国有企业中存在的主要问题就是对外投资的绩效问题，许多不良资产是由于投资决策失误、管理不善、或化公为私导致的．包括金融机构。(3)财政是公共资金的最初源头．目前的财政审计把主要力量放在真实和合法上．出去的资金只要符合规定的开支渠道、对方也确实收到就可以了．至于资金是否用于原定的目标、其效用如何．则往往不太深究。(4)随着政府采购工作的兴起．对政府采购活动的审计已经开展了好几年．目前主要关注的仍是真实和合规．对于整个采购活动的经济性、效率性和效果性考虑不多。
3绩效审计的方法尚不完善。国际上较常用的方法有：询问法、调查表、观察法、统计分析法、典型分析法图表法、变动分析法、成本效益分析法等。但在我国公共投资绩效审计实务中究竟该怎么用．还需要不断进行摸索和完善。
4缺乏系统的绩效评价标准。1999年以后．财政部等有关部门陆续制发了国有资本金绩效评价规则》、国有资本金绩效评价操作细则》、企业绩效评价标准》、企业绩效评价操作细则》等．为企业绩效评价工作的深入开展、规范企业效绩评价行为、增强评价结果的客观公正性提供了有利条件。但是．对于政府公共投资的绩效评价标准．目前尚没有一个明确的规范。这也正是公共投资绩效审计的难点之一。
(二)从微观角度分析
1.公共投资项目前期建设程序执行情况的审计力度不深
尽管开工前审计制度已经执行了十多年，但审计署于1992年出台的开工前审计暂行办法并未真正将项目的决策合理性纳入审计范围．对盲目上马的工程项目缺少审计监督．尤其是一些”政绩工程”．损失严重。同时．开工前审计对项目前期建设程序审计的规定比较笼统。工程项目在进行开工前审计时．已经完成了勘察与设计工作．由于开工前审计在对勘察设计单位的选择方面未按招投法的规定而相应做出规定．导致勘察设计质量缺少审计监督。开工前审计对资金来源的合理性方面的规定也不全面．尤其是在对银行资金用于公共投资建设方面。
2.公共投资项目竣工决算审计面临很多困难
(1)对违反招标投标规定的处罚不严。现阶段．国家及地方对建筑市场的招标投标工作越来越重视．出台了许多行之有效的法规与制度，对规范建筑市场起到了很好的作用。但是．实践中发现．这些法律法规并不是能被完全执行，如肢解工程项目招投标情况对公共工程所涉及的工程材料基本未按规定执行招标采购手续等。地方审计部门除了反映及建议主管部门处理以外．也无其他处理权限。
(2)概算超支情况严重、设计变更随意性较大。尽管国家对公共投资工程项目的概算明确要求进行审计监督．但实践中发现．超概算情况仍无法有效控制。初步分析其主要原因一是有些地方故意压低概算．或同一项目分步立项以逃避国家审批．二是设计变更随意性大．变更手续不完备。
(3)对公共投资工程项目的效益性评审操作性不高。审计机关对国家建设项目竣工决算审计实施办法》中明确规定．对国家建设项目投资效益要进行评审。而实际上．一方面由于该办法对评审的内容缺少量化指标．另一方面审计人员对公共工程项目的社会效益、环境效益等相关的信息获取渠道不宽．导致该评审的操作性不高．有些地方审计机关在竣工决算审计报告中．就干脆找不到工程效益评审的内容。
1.增强对国家公共投资项目的审计力量
鉴于国家公共投资项目审计力量分配的现状．有些经济发达地区已经成立了相对独立的”国家建设项目审计中心”之类的机构．并配置了足够的技术人员，在实际中也已取得了很好的作用。但笔者认为不必急于盲从．还有一种模式从理论上说比较经济且也是可行的．即在原有的国家审计机关增加适量工程技术人员．一方面是增强审计机关的工程审计力量．另一方面．由审计机关对社会中介机构完成的工程项目进行再监督．并由国家相关部门制订具体的操作规定，赏罚严明．以提高与规范中介机构在工程项目方面的审计质量。
2.进一步强化开工前审计
建议国家有关部门能尽快出台开工前审计的细化规则．进一步深入开展开工前审计．加强对拟开工国家建设项目的可行性研究、勘察设计等方面的真实合理性进行审计监督，对建设资金全部用银行贷款的国家建设项目．国家在宏观上要有所控制．以防范金融风险。
3.加强对公共投资项目的事前、事中审计
建议国家出台有关对重点国家建设项目进行事前审计全过程跟踪审计的相关法规．同时国家建设单位要充分利用内部审计职能及时发现问题及时分析制止问题．充分健全建设项目的内部控制制度．发挥内控制度的控制功能。
4.以效益审计为最高约束标准
现行法规中，国家对如何审计公共投资项目的投资效益的具体规定中并没有明确实施细则．但从国家投资管理角度来说，国家公共投资项目的投资效益分析却是十分重要。建议国家有关部门能尽快出台就公共投资项目的投资效益评估的具体操作规范．同时．审计人员在进行所有与工程投资相关的审计时，要时刻以工程效益审计为最高约束标准．科学的项目投资效益评价将对宏观决策起到良好的导向作用。