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债券清算业务主要是指在每一营业日中对每个债券经营机构成交的债券数量与价款分别予以轧抵，对债券和资金的应收或应付净额进行计算的处理过程。
(1)交易双方清算指示的内容只有在一致时才能按时结算。上述两大国际债券清算机构每天通过电脑核对来自四面八方的清算指示，根据一致性原则，凡买卖双方清算指示中债券品种，成交日、结算日价格、本金、总额、帐号等项目相吻合时，电脑才能自动转帐。需要说明的是，双方计算金额之差在25美元以内或等值于25美元酌其他货币都被电脑接受，均可按时进行帐务处理。
(2)及时向清算机构发送清算指示。按惯例买卖债券双方都应在成交后的次日发出清算指示。另外在接到对方有误的证实电后要在48小时内查询对方，否则损失自负。
(3)清算指示的缮写要符合清算机构规定的标准格式。“欧洲清算系统”和“塞德尔”为其客户规定了不同情况下的使用的清算指示格式。其特点是简便易记，但标点符号、数字间距、货币符号的使用又很严格，主要原因在于电脑有固定的识别要求，不遵守标准化要求，清算指示则被拒收，结果造成晚结算的损失。
(4)债券清算帐户不能出现透支。即售出债券时，该户上的贷方余额应该是充足的，否则只能交割部分债券或不能按时结算，最终造成晚收货币的损失。
(5)货币清算帐户在与清算机构签署了货币清算帐户透支协议后可以透支。货币帐户透支的情况一般发生在购入债券却没有为此补足购买金额时，在实际工作中可根据不同情况有效地利用透支便利清算债券交易。例如：塞德尔为其客户的货币帐户计付活期存款利息，而卧训清算系统则不计付活期存款利息(指马克、日元)。这样，清算机构为客户着想，对不计付利息的帐号在预计所购债券不能按时结算的情况下，暂不拨入货币金额，以避免无息损失。对计息帐户则不必考虑这一问题。
(6)买方因下列情况发生有权向卖方索赔。例如：残缺而没有为这证明的债券；注册债券没有经过正确背书的；附新债券丢失后没有为之证明的；赎回的债券；临时代用债券；丢失息票的债券等等，买方有权向责任方索赔提出索赔要求。
卖方交割债券给买方，但未按时收到货币，在这种情况下有权向买方索赔本金和利息。或卖方有债券，但卖方清算机构因买方没补足购买金额，致使晚结算时，卖方有权提出索赔。另外，应该提醒读者注意的是，并不是所有在债券市场上挂牌的债券都可以在这两清算机构进行清算。一般来讲，欧洲债券、(包括欧洲美元、欧洲西德马克、欧洲英镑、欧洲日元、欧洲法郎、欧洲货币单位等近20种)、美国目标债券(U．S．FOREIGNTARGET)、西德政府债券等可以在两大清算机构清算。一些国家的国债如日本国债须通过该国内清算机构进行交易清算。