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企业科技投入绩效是指企业在现有科技发展环境和条件下,一定时期内进行科技投入、开展科技活动的总量与取得的科技产出总体水平和能力的比较。
科技投入包括人、财、物的投入。“人”的投入实际就是指科技活动人员的投入，“财”和“物”的投入实际就是指科技活动经费的投入。因此本文对中小企业科技投入理解为科技活动人员的投入和科技活动经费的投入两个方面。科技投入绩效，即科技投入所产生的效益，不仅应包括技术方面的效益，如开发出新产品等，而且也应包括经济方面的效益，如新产品实现的销售收入和利润等。其中，技术方面的效益，不仅要看眼前的技术效益，即直接技术效益，还要看长远的效益，即技术积累效益。科技投入是开展科技活动必不可少的基本条件，通常包括四个方面：即人力投入、资金投入、物质投入和时间投入。科技产出通常包括科技活动直接产出、科技产业化能力的提高和科技支撑环境的改善三个方面。
企业科技投入评价指标包括：
企业工程技术人员数；企业技术开发机构人员占企业从业人员比重；经费投入占产品销售收入比重；企业人员人均经费支出；科技活动经费占销售收入比重；企业科技人员人均科技经费支出；企业科技活动人员人均拥有的科研仪器设备；企业工程技术人员科研时间；企业消化吸收购买国内外技术经费支出；企业新产品开发经费支出。
企业科技活动产出评价指标包括：科技项目数；专利申请数；拥有的发明专利数；发表的科技论文数；出版的科技著作数；企业科技活动人员人均技术市场成交额；新产品销售收入占产品销售收入的比重；新产品销售利润占产品销售利润的比重；费用资本化率；新产品出口收入。
1.系统性原则。指以构建科学、完整的评价系统为出发点，根据各指标对实现评价目标的重要程度，同时考虑各类指标在评价指标体系中的合理构成，以及指标间的勾稽关系和逻辑关联度，通过指标的合理取舍和指标权重的设置，达到评价指标既能突出重点，又能保持相对的均衡统一。实现系统的最优化(孟建民，2002).
2.层次性原则。指标体系的设计应具有层次性。首先，给定总体目标，明确科技投入绩效评价的总体目标是什么；其次，确定各目标下的具体指标；如果需要可以在目标和具体指标之间增加准则层。
3.可比性原则。指评价指标应具有普遍的统计意义，使评价结果能实现企业间的横向比较和时间上的纵向比较。
4.独立性原则。指评价指标应相对独立，每一个指标应具有清晰的含义，能够准确地反映所要实现的某一个具体目标，指标问尽量避免过多重复。
5.科学性原则。指标的选取应建立在对中小企业所处内外环境深入研究的基础上，能较为客观和准确地反映政府有关部门对中小企业科技投入绩效评价的要求和中小企业科技投入的绩效。
6.兼顾完备性与可操作性原则。指标体系作为一个有机整体，要求能全面反映中小企业科技投入的绩效，也就是要求具有完备性。但实际评价时，有些数据在采集上目前还存在一定的困难，指标的完备性与可操作性之间存在一定的矛盾。为此，必须通过调查以获取数据或精简指标来兼顾两方面。
7.兼顾稳定性与动态性原则。中小企业科技投入绩效评价指标体系应在一定时期内保持相对稳定，以便于各期评价结果的可比性。但是随着经济发展，中小企业也将不断发展壮大，其绩效评价指标体系也应逐步调整，做到稳定性和动态性相结合。