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企业环境会计核算信息系统审计是对以货币表现的、财务信息为主的定量环境信息载体实施的审计，审计的基本内容主要为会计凭证、账簿、报表及其他相关资料。
审计的基本依据是环境会计准则和环境审计准则或规范指南等。环境经济活动的产生和变化势必引起会计要素的增减变化，通过会计的确认、计量、记录和报告这一会计特有的方法和步骤，最终在企业会计报表中加以反映和揭示出来。对企业环境会计核算信息系统审计的目的主要是为了分析、判断和评价被审计单位环境会计信息的真实性、合法性和效益性，借以确认和解除被审计单位的环境会计责任。具体内容主要应包括：
1.环境资产的审计。环境资产是由过去交易或事项形成为企业所拥有或控制的环境资源，该项资源能给企业带来未来经薪效益。环境经济活动会导致资产的增加或减少，并进而引起企业现金的流人或流出。比如环境污染导致企业资产的损害，从而引起企业资产的账面价值低于市价，产生资产减值损失，而计提部分或全部的资产减值准备金。无论是实物资产还是非实物资产。流动资产还是长期资产都可能会发生这种损失，进而引起企业未来现金的流出。
2.环境负债的审计。环境负债是企业过去的环境经济业务或事项形成的现时义务.履行该义务会使企业经济利益流出。环境话动产生会引起企业一种现实的或潜在的债务并为此付出代价，导致企业即期现金和未来现金流入或流出。环境负债的审计是环境审计的重点内容之一。
3.环境权益审计。环境权益是所有者在企业环境净资产中享有的环境经济利益。企业环境活动在引起环境资产和环境负债增减变动时，也同时会影响企业环境权益的增减变动，这种权益是环境资产和环境负债增减变动后的静态表现和结果。
4.环境收人审计。环境收人是企业积极参与环境污染治理等环境活动所形成的经济利益流人。环境收人具有现时收人和或有收人的两重性。前者属于形成企业的现时现金流人.后者属于可能产生的期后收益。按照谨慎会计核算原则和实质重于形式会计核算原则，在会计上对或有收人平时不加以确认，待实际收到时予以确认。这项收人主要包括：(1)税收减免或减税增加的收人；(2)低息或无息贷款节约利息所形成的收人；(3)政府或其他组织和单位给予的补贴收人；(4)降低或杜绝污染而节约的支出。
5.环境费用审计。环境费用是企业在环境活动中所发生的经济利益流出，是企业付出或耗用环境资产的转化形式。环境支出也具有现时支出和或有支出的两重性，前者属于产生现时的现金流出而形成当期费用，后者属于可能产生的期后支出而给企业带来一种或有负债。这些费用包括：(I)环境管理费用；(2)环境监测费用；(3)废物排污规费；(4)环境罚款与赔付；(5)环境清理费i(6)停工损失；(7)无污染替代支出；(8)资产跌价或减值损失；(9)研究开发支出；(1O)设备购建和折旧费用支出i(11)环境评估审计支出；(12)注册申请支出。环境费用审计是环境审计的重点。
6.环境效益审计。环境效益是企业环境活动产生的最终经济利益。环境效益包括直接效益和间接效益两方面。直接效益主要有：(1)生产成本的降低，如设备维护费用、生产控制费用、原材料消耗、能源和水消耗、废品减少以及人员的减少所带来的效益；(2)销售的增加，如增加产量、回收副产品以及优质产品和绿色产品的增值所带来的效益；(3)其他效益.如应税利润的增加、现金流量的增加、提高企业声誉和扩大市场占有率所带来的效益。间接效益主要有：(1)从环境方面产生的效益.如减少废弃物处理、处置费用和减少事故罚款和排污收费所带来的效益；(2)从废弃物回收利用方面产生的效益.如复用、循环利用和再生回收所带来的效益；(3)其他效益.如职工健康的改善而减少的医疗费用等。
7.环境投资和环境基金审计。环境投资和环境基金是企业按规定提取和转入或者由相关部门和单位拨人的专门指定用于投资特定环境项目方面的资金。主要内容包括：(1)投资总额；(2)投资回收期或投资偿还期；(3)净现值；(4)净现值率；(5)内部收益率。