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代理证券发行是指信托机构接受证券发行公司的委托，代为办理有价证券发行的各项有关事项的业务。证券经营机构的最重要的业务之一就是代理证券发行人发行证券、承销证券，是资金供需双方的媒介和桥梁。
代理发行证券的方式有：全额包销方式、余额包销方式和代销方式三种。
代理发行证券业务的核算应设置“代发行证券”、“代发行证券款”、“证券发行”以及“待转发行费用”等科目。
1.金融企业收到委托单位代销的证券，采用上网发行的于上网发行日，按发行数量及约定的发行价格在备查账簿中进行登记，不作账务处理。
2.发售证券后，与证券交易所交割清算，按网上实际发行数量和发行价格计算的发行款项减去上网费用入账。其会计分录为：
借：结算备付金
借：其他应收款——应收代垫委托单位上网费
贷：代发行证券款——委托人户
3.发行期结束后，将已发售的证券所得款项划给委托单位，并收取发行手续费和代垫上网费用。其会计分录为：
借：代发行证券款——委托人户
贷：其他应收款——应收代垫委托单位上网费
贷：手续费收入――代销证券手续费户
贷：结算备付金
同时，将未售出的证券退还委托单位，冲销备查账簿中登记的发行证券。
金融企业承担全部发行风险，并先行全额支付发行证券的价款。
1.金融企业先按承购价将证券全部认购，并向发行单位支付全部证券款项。其会计分录为：
借：代发行证券——××证券户
贷：银行存款(存放中央银行准备金)
2.金融企业将证券转售给投资者，收到认购款时，按认购价入账。其会计分录为：
借：银行存款(现金、存放中央银行准备金)
贷：证券发行
3.按照相关规定开支可抵扣发行收入的直接费用时，如上网费用，其会计分录为：
借：待转发行费用
贷：银行存款(存放中央银行准备金)
4.结转售出证券的实际成本，按售出的证券数量及购入包销的单位价格，计算出发售成本。其会计分录为：
借：证券发行
贷：代发行证券——××证券户
5.结转应与发行收入相配比的发行费用。其会计分录为：
借：证券发行
贷：待转发行费用
6.发行期满，未售出的证券转为金融企业的自营证券或长期债权投资。其会计分录为：
借：自营证券(或长期债权投资)
贷：代发行证券——××证券户
发行期满，“证券发行”科目贷方余额表示发行收益，借方余额表示发行亏损。
余额包销的承销商需承担发行风险，证券发行款项于发行期结束后支付。
证券经营机构代理发行证券的责任
(1)促进和推动证券发行的顺利进行。
(2)承担发行风险。
(3)有责任辅导发行人规范运作。