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自营证券是指证券公司购入的各种能随时变现，以获取买卖差价收入为目的的经营性或上市证券，包括自营股票、自营债券、自营基金等。证券公司按季提取和清算自营证券跌价准备。季度终了，将当季末自营证券的总市价与其总成本进行比较，如总市价低于总成本的，按其差额提取自营证券跌价准备。下一季度终了，按当季末自营证券的总市价与其总成本的差额调整自营证券跌价准备，即如上季末提取的自营证券跌价准备不足弥补当季自营证券总市价低于其成本差额的，按不足部分补提；如总市价高于或等于总成本，全额冲回已提取的自营证券跌价准备。
自营证券应当按照清算日买入时的实际成本入账，实际成本包括买人时成交的价款和交纳的相关税费，但不含已宣告但尚未领取的普通股股利和已到期但尚未支付的利息。自营证券的计价可采用加权平均法、移动平均法、先进先出法等。这三种方法各有其优缺点。企业所采用的方法一经确定，不得随意变更，如需变更，应在会计报表附注中说明。
当买入证券时，按清算日买入证券的实际成本，借记"自营证券"科目，贷记"清算备付金"科目。
当卖出证券时，按清算日实收金额，借记"清算备付金"、"银行存款"科目，贷记"证券销售"科目；同时，可将买入日至卖出日之间应计利息确认为投资收益，借记"清算备付金"、"银行存款"科目，贷记"投资收益"科目、"证券销售"科目。
当结转已售证券成本时，借记"证券销售"科目，贷记"自营证券"科目。
金融企业采用包销方式代发行的证券在发行期结束后，未售出的证券转为自营证券的，按承购价或发行价，借记"自营证券"科目，贷记"代发行证券"科目。金融企业自营股票持有期间取得的现金股利，按其实际数，借记"清算备付金"科目，贷记"投资收益"科目。
金融企业因持有股票而享有的配股权，在网上配股的，在与证券交易所清算配股款时，按实际清交的配股款，借记"自营证券"科目，贷记"清算备付金"科目；在网下配股的，按实际清交的配股款，借记"自营证券"科目，贷记"银行存款"科目。
金融企业通过网上认购新股，借记"应收款项——应收认购新股占用款"科目，贷记"清算备付金"或"银行存款"科目；认购新股中签时，按中签新股的实际成本，借记"自营证券"科目，贷记"应收款项——应收认购新股占用款"科目，同时，按退回的未中签的款项，借记"清算备付金"科目，贷记"应收款项——应收认购新股占用款"科目。
自营证券若不出售而是持有至到期兑付本息的，借记"清算备付金"、"银行存款"科目，贷记"投资收益"、"证券销售"科目。
金融企业自营买入分期付息到期还本债券的，其持有期间分期取得的利息，按实际金额，借记"清算备付金"、"银行存款"科目，贷记"投资收益"科目。
自营证券在期末时按成本与市价孰低法计价，并计提跌价准备。若市价低于成本，借记"自营证券跌价损失"科目，贷记"自营证券"科目。若已计提跌价准备的自营证券的市价以后又恢复，应按照恢复增加的数额(增加数以补足以前入账的减少数为限)，借记"自营证券"科目，贷记"自营证券跌价损失"科目。