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二级清算是指在三级清算模式中，由各地资金集中清算中心(各地清算代理机构)同本地证券经营机构办理的证券清算。
其程序为：
一、清算交割表与当日的资金结算表的编制和核对。
二、资金交收。证券商在指定的结算银行开设资金清算账户，存入足够的清算备付金。每天闭市后，根据成交记录清算由券商将每个席位的清算数据传到银行，银行检查无误后，进行账面划转。次日，券商收到转账通知后核对账目。如果透支，应立即补足存款并补息；若拖延，每日处以0.5％的罚款。
三、证券交收。证券形式有实物券、代保管券及无纸化券三种形式。记名证券(指股票、基金及无纸化债券)在成交时同时自动进行股权(债权)过户手续，也就是交易、清算交割、过户同步进行。不记名证券(指实物券国债及其他债券)由清算公司库存账户的转划完成交收。券商将债券寄存在结算公司集中保管。清算公司按券种分设库存分户账，成交后第二天上午按净额交收原则通过账面划转完成交收，先存入，后卖出。如果券商欠库，按差额扣收相应卖出的价款，等T+3日内补足库存后再将暂扣款收账。如不补足库存，由清算公司用暂扣资金从市场买入证券补足，其差价及经手费由卖空券商承担，并按卖空价款的5％处以罚款。