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清算交割是指证券买卖双方在证券交易所进行证券买卖成交以后，通过证券交易所将证券商之间的证券买卖数量和金额分别予以轧抵，其差额由证券商确认后，在事先约定的时间内进行证券和价款的收付了结行为。
清算交割反映了投资者证券买卖的最终结果，它是维护证券买卖双方正当权益，确保证券交易顺利进行的必要手段。我们一般所说的清算交割分两个部分：一部分指证券商与交易所之间的清算交割。另一部分是指证券商与投资者之间的清算交割，双方在规定的时间内进行价款与证券的交收确认的过程，即买入方付出价款，得到证券，卖出方付出证券获得价款。
目前上海、深圳证券交易所A股股票、基金、债券及其回购，实行T＋1交割制度，即在委托买卖的次日（第二个交易日）进行交割，投资者委托买卖证券成交与否应以第二天的交割单为准，当日的成交回报仅作为参考。B股股票实行T＋3交割制度，即在委托买卖后（含委托日）的第四个交易日进行交割。证券如未成交，则不能办理交割手续。
值得注意的是，投资者应妥善保管好交割单，如有疑义，投资者应及时(一般为成交后3日之内)向证券商进行查询。如果在证券成交后的一定期限内(该期限由各证券商与客户自行约定)，投资者不向证券商进行交割，则视为投资者对成交结果的默认。另外，投资者可以要求证券商为其提供一定时期内的历史对帐单。
清算交割是证券交易成交后的收付了结手续：它是买卖双方的证券商通过交易所将彼此买入卖出证券的效量和价款分别予以轧抵，其应收、应付证券和应收、应付差额在预先约定的时间内进行收付的行为。清算是指成交后对应收或应付的证券和价款分别同交易所进行轧抵的差额计算过程，而交割则是在预先相约的时间内，证券商按清算交割单上应收、应付差额数集中与交易所办理转帐与交接的过程。清算交割完毕，买方付出价款，取回证券；卖方交出证券：得到价款，这时买卖双方交易才最终完成。
在证券交易中，清算交割是个重要的交易环节，因为只有办理清算交割，买卖双方各得其所，交易才告终结，否则成交仅停留在纸面上，而当证券商之间在交易所办理完证券及价款的交剖手续，这才成为实质上的成交。交易所开展清算交割业务还有简化手续提高交易效率的作用，场内交易巾的证券商往往既是买方又是；卖方，他可能在不同类别的证券交易中充当买主和卖主，也可能在同类别的证券交易中先后作为买方和卖方，所以每个证券商在交易中的角色总处于不断变化中。倘使没有交易所的清算交割业务的开展，证券商彼此间的直接清算交割就会频繁杂乱，有了交易所作为交易中介人进行清算交割，既使每个营业日有大量的交易额，每个证券商也只需在交易所转一笔帐款以及收付证券余额即可，这就节省了证券与价款交割的人力和时间，简化了交割手续。交易所办理清算交割也是维护正常交易秩序、保护交易双方权益的需要。交易所要求证券商按规定事先缴存清算交刽准备金，以保证即日清算交割划拨价款之需。例如上海证券交易听要求证券商应于参加交易前，一次向该所缴存清算交割准备金，专营经纪商或自营业务的证券商为10万元人民币：兼营经纪和自营业务的证券商为20万元人民币。交易所统一掌握运用该准备金，当遇有证券商不履行交付义务时，就可动用该证券商的缴存准备金支付，以使交割正常进行。对于违约的证券商造成的损失，还要责其承担。
我国上海证券交易所还贯彻“净额交收”原则，每一证券商在一个清算期中，对价款的清算，只计其应收应付价款椰抵后的净额；对证券的清算，只计其应收应付证券数相抵后的净额。清算并非为证券商相互间的轧抵清偿，而是证券交易所居中，向证券卖方付款，向证券买方收款。证券也由交易所集中保管，交割时只需券帐分户划转，动帐不动券。牛然证券商也可以捉领或寄存。
1．遵循净额交收的原则。净额交收是只对交易者所买卖证券和资金的余额进行计算以及进行交收的原则，目的是为了减轻核算的工作量，节省人力和财力。
2．分级结算交割。我国证券交易的清算交割是分级分层的，第一级是证券交易所给证券公司进行结算，第二级是证券公司给交易者进行结算，这样可以明确各自的责任，从而使证券交易的风险降到最低。
3．不同的品种实行不同的结算交割。我国证券交易的品种很多，包括A股、B股、基金、债券等，不同的品种遵循不同的结算交割原则。例如A股、债券和基金遵循T+1的原则，当天买人的证券当天不能卖出，等到下一交易日才能出售交割；B股遵循T+3方式，只有等到购买后的第三个交易日才能出售。
在证券交易的清算交割问题上，由于主观故意或疏忽，也可能由于客观因素的变化，交易双方会发生争议和违约情况，证券交易所对这类情况一般都有处理规定。
在交割争议处理中规定：
（1）证券商的买方在交割时，如遇下列情形可以拒绝提领卖方证券商交付的证券。
a．有伪造嫌疑；
b.污损不全或印章模糊不能辨认；
c．种类不符或不合交易单位；
d．记名证券缺转让背书和过户申请书，以及缺出让人印章或印章不符；
e．其他疑义。
(2)当买方拒绝提领而卖方认为理由不成立时，卖方可捉请交易所清算部和其他有权单位裁定，交割双方对裁定结论不得提出异议，就是说仲裁对交割双方均为终局裁决。如果买方拒绝提领的理由成立，卖方证券商则应负责按交割双方约定约办法，以同种证券补正交付买方证券商并承担一切损失。
(3)当买方证券商在拒绝提领的理由不成立时，须承担由此造成的卖方证券商的一切损失。这样明确争议处理规定，有助于减少交割双方扯皮纠纷，有助于确立各自的交割责任。