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结余分配是指事业单位当年结余分配的情况和结果。结余分配的内容主要包括两项：一是有所有税缴纳业务的单位计算应交所得税；二是按规定提取专用基金(职工福利基金)。
一是正确计算结余。事业单位应按照规定的计算方法和内容，对单位全年的收支活动进行全面的清查、核对、整理和结算，凡属本年的各项收入，都要及时入账，凡属本年度的各项支出，都要按规定的支出渠道列报，如实反映全年的收支结余情况。需要强调的是，经营收入要与经营支出对比进行结算，以正确反映经营收支结余，其他各项收入之和要与支出之和对应进行结算，以正确反映事业收支结余，两者不能混淆。
二是应按规定分配结作。结余的分配，包括预算外资金结余的处理、专项资金结存的处理、职工福利基金的提取等，都要严格按照规定办理。
新制度规定的事业单位结余分配办法与改革前的制度相比主要有两方面的变化：
(1)除从结余中提取职工福利基金外，剩余部分转入事业基金，不再提取其他各项基金。不再提取职工奖励基金主要是因为：国务院办公厅《关于印发机关、事业单位工资制度改革三个实施办法的通知》中明确规定，“津贴制度建立后，现行按国家规定发放的奖金予以取消。现行奖金超过4个月的部分，可以与新设立的津贴合并使用”。不再提取事业后备基金主要是因为：制度规定结余分配提取“应缴所得税”、“专用基金”后的未分配结余，全数转入“事业基金”，而“事业基金”是没有限定用途的资金，具有平衡事业单位预算的作用，年终可用于弥补单位收支差额，因此，可以替代“事业发展基金”和“后备基金”的作用。
(2)事业基金作为资产净值或基金结余，不再直接安排各项支出，而是用于弥补以后年度收支差额。在事业单位的资金运动过程中，事业基金起着“蓄电池”的作用，也就是说，以后年度如果收入大于支出，则继续转入增加事业基金，如果支出大于收入，则用以前年度的事业基金弥补其差额。在确定年初预算时，如支出安排出现缺口，也可以直接安排一部分事业基金用于弥补差额。
事业单位的结余是事业单位在一定期间各项收入与支出相抵后的余额。现行《事业单位会计制度》规定：年度终了，将事业结余和经营结余转入“结余分配”科目，借记“事业结余”、“经营结余”科目，贷记“结余分配”科目。对于项目已经完成的拨入专款结余，按规定留归本单位使用的，借记“拨入专款”科目，贷记“事业基金——一般基金”科目。笔者认为，按照上述会计处理方法，事业单位的专款结余没有缴纳所得税，从而造成国家税款流失，虚增了事业单位的事业基金。
因此，笔者建议增设“专款结余”科目。对于项目完成后的拨入专款结余，按规定留归事业单位使用的，应该借记“拨入专款”科目，贷记“专款结余”科目。然后扣除应缴纳的所得税，剩余部分参与结余分配。
现行《事业单位会计制度》规定:事业单位应当设置结余分配”科目、核算事业单位当年结余分配的情况和结果。)年度终了、将事业结余和经营结余转火结余分配”科目、借记“事业结余”“:经营结余”科目、贷记结余分配”科目。有所得税缴纳业务的事业单位计算应缴纳的所得税、借记结余分配—应交所得税”科目、贷记应交税金”科目。计算应提取的专用基金、借记结余分配—提取专用基金”科目、贷记“专用基金”科目。分配后、将米分配结余转火事业基金——一般基金”科目、借记结余分配”科目、贷记事业基金——一般基金”科目。
从表而上看、上述会计处理没有不妥之处、“结余分配”总账科目余额也可以结平。但是犷结余分配”的明细科目应交所得税”、:提取专用基金”仍有余额、不能结平、导致结余分配”科目的总账与明细账的金额不相符。)因此、笔者建议事业单位借鉴企业会计的做法、在结余分配”科目卜增设米分配结余”明细科目。年度终了、将事业结余。经营结余。专款结余转火结余分配”科目、借记事业结余”“:经营结余”“:专款结余”科目、贷记结余分配—米分配结余”科目。)按规定计算应提取的专用基金、借记结余分配—提取专用基金”科目、贷记专用基金”科目。分配后、将结余分配”科目的其他明细科目的余额转火米分配结余”明细科目;再将米分配结余转火事业基金——一般基金”科目、借记结余分配—米分配结余”科目、贷记事业基金——一般基金”科目。
事业单位实现的结余应按规定对其进行分配。结余的分配涉及到国家、单位、个人等各方面的利益，必须按照国家的法规、制度规定办理。
《事业单位财务规则》规定，事业单位专项结余不参与结余分配。事业单位的结余扣除专项结余后，要按下列程序分配：
一是按规定交纳所得税。
二是上缴上级款。
三是按核定比例提取职工福利基金。
四是转作事业基金。
“结余分配”科目核算事业单位当年结余分配的情况和结果。贷方登记结余转入数，借方登记结余分配数，本科目贷方余额为未分配结余，借方余额为未弥补差额。经年终转账后，“结余分配”科目无余额。
“结余分配”科目一般应设置以下明细科目：应交所得税、应缴上级款、提取职工福利基金、提取事业基金、未分配结余——事业结余、未分配结余——经营结余。
结余转入时：
借：事业结余
经营结余
贷：结余分配—未分配结余—事业结余
结余分配—未分配结余—经营结余
分配时，会计分录如下：
（1）交纳所得税：根据税法规定，属应纳税所得，按规定的税率计算缴纳应交所得税。计提时，
借：结余分配—应交所得税
解交时，
借：应交税金—应交所得税
贷：银行存款
（2）上缴上级款：实行结余上缴办法的单位，所得税后结余按核定的比例或数额计算上缴上级款项。
借：结余分配—应缴上级款
贷：其他应付款—应缴上级款
（3）提取职工福利基金：按财政部门核定的比例提取职工福利基金。
借：结余分配—提取职工福利基金
贷：专用基金—职工福利基金
（4）转作事业基金：
在事业单位的资金运动过程中，事业基金起的是“蓄水池”的作用，用来调节年度之间的收支平衡，因此，按提取职工福利基金后的 余额全部转作事业基金。如果收入大于支出，则继续转增事业基金，如果支出大于收入，则用以前年度的事业基金弥补其差额。在确定年初预算时，如支出安排出现缺门，也可以直接安排一部分事业基金用于弥补差额。
经上述三项分配后结余全额转作事业基金的一般基金。
借：结余分配—提取事业基金
贷：事业基金—一般基金
如单位当年“事业结余”出现红字即负结余，则“结余分配”科目出现借方余额，经批准后可用事业基金弥补。
借：事业基金—一般基金
贷：结余分配—未分配结余—事业结余
以上是本人从事会计实际工作的一些基本做法和经验，如有不妥之处，请及时沟通与交流，以便使该会计核算做得准确。