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在职能机关内部又可分为综合性管理机关与专门性管理机关。专门性管理机关是指管理业务具有专门性、管理对象比较单一的机关，如教育部、农业部、交通部、林业局等。[1]
专门性管理机关是政府某一方面行政权力的直接行使者，是社会某一方面事务的直接管理者。它仅仅负责管理某一个部门或行业的具体业务工作；如我国国家林业局专门管理造林、林业政策的执行及天然森林的保护与来化等有关林业方面的事务。
随着科学技术与经济的发展，社会分工日趋细密，社会生产的部门或行业也日益增多。在此情况下，若设置管理机关时对专业对象分工过细；那么专门性机关必然愈设愈多，其结果必然出现部门林立、机构膨胀的弊端。为避免此弊端的产生；应将专业相近的业务合并到一个部门管理，实行大部制。如西方不少国家，对所有工业、商业都由一个部管理，不必再细分机械、电子等工业部以及内、外贸易部等。与此同时，应将政府对专业对象的管理，从微观、宏观并重转为以宏观管理为主，使其工作量减少，从而才能使机构减少、工作效率提高。在这里，“职能转变”是避免专业机构过多过大的核心。[1]
以行政活动程序分类，行政组织可以分为决策机关、执行机关、咨询机关、信息机关与监察机关。
1、决策机关。它是指在行政活动中做出决定、制定规划、发布命令的机关。其职权同统率机关的职权基本相似。
2、执行机关。它是指对决策机关做出的指示、命令、决议等加以贯彻和实施的机关。其主要任务是执行决策中心的各项指令。
3、咨询机关。它是指为决策机关提供意见和建议的机关，通常由专家、学者、政府组织的代表、民众代表组成，以保证决策的科学性、民主性。其主要任务是在广泛调查研究的基础上，对政治、经济、文化、社会等各个领域的问题进行预测、分析与论证，为行政首长决策提供建议或方案，或对需要由首长进行决策的问题进行审议。
4、信息机关。它是指专门负责收集、加工、储存与传递有关人、财、物等各方面信息的机关。信息机关是一个技术性很强的组织，必须配备训练有素的专门人才。
5、监察机关。监察机关分为两种：一是负责对整个行政机关、行政工作人员以及由国家行政机关任命的其他人员进行监督、检查的机关；二是负责对社会组织、企事业单位和公民遵守国家法律、执行首脑机关发布的决议与命令的情况进行监督、检查的机关。