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大部制即为大部门体制，即在政府的部门设置中，将那些职能相近的部门、业务范围趋同的事项相对集中，由一个部门统一管理，最大限度地避免政府职能交叉、政出多门、多头管理，从而提高行政效率，降低行政成本。
(一)大部制是我国政治经济体制改革不断深化的必然结果
改革开放三十年来，我国的经济发展取得了长足的进步，社会主义市场经济体制的不断完善对政治体制改革提出了新的要求。而作为经济体制改革和政治体制改革之间联结点的行政体制改革，已成为转型社会的一个典型折射面和社会发展的重要推动力，它不仅可以作为经济体制改革的延伸，也可以作为政治体制改革的先导。在新的形势下，我国政府的微观管理职能正在不断减弱，由原先的经济管理型政府向经济调节、市场监管、社会管理和公共服务型政府转变，这种角色的转变对政府部门的机构设置、组织规模和管理职能都提出了新的要求。大部门体制正是应这些社会发展的需要而出现的一种新的政府组织模式。具体来讲，就是要依据职能的同质性对部门进行合并，尽量减少领导职数，整合编制和各种资源，避免因部门职能交叉、权责不清而导致的政出多门、相互推诿的现象，把部门利益限制在合理的范围内。
(二)大部制的核心和关键问题是政府职能的重组和整合
从宏观上讲，政府职能的整合涉及到政府与市场、政府与社会的关系定位、力量对比及组合方式等问题；从微观上看，它与政府部门内部资源要素的配比平衡密切相关。此次的大部制改革，与我国以往历次的改革实践相比有着明显不同。以往历次改革核心是政府职能的转变，通过政企分开、政社分开等多种形式把政府职能由微观经济干预转向宏观经济调节，涉及到职能内容的变化。而大部制对于政府职能的定位十分明确，即经济调节、市场监管、社会管理和公共服务，如何对这些职能进行重组，使之整合在一个合理的政府机构框架下，是此次大部制改革的重点。因此，大部制改革实质上是对我国政府职能配比结构的调整，它外化为政府职能部门的重组。
(三)大部制一个重要衡量标准是要在行政体系内部
形成决策权、执行权和监督权的分立与协调如何按照“决策、执行、监督”相互协调、相互监督制约的改革思路，重构政府权力结构和政府的运行机制，是我国大部制改革的重点和难点。目前在我国行政系统内部，决策职能、执行职能和监督职能不分的现象十分突出，决策部门普遍受到执行利益的干扰，监督流于形式，导致问责十分困难。一些部门集决策和执行职能于一身，造成了“利益部门化、利益集团化”的后果。如发展改革部门既管宏观规划又管具体项目审批，国土资源管理部门既管国土规划又管土地审批和监督，等等。为了解决这些问题，就要在行政体系内部建立多层次的决策、执行与监督适度分离的运行机制，通过有效改革各类议事协调机构，设立专业的执行与监督机构的做法来增强“整体政府”的能力。由此可见，在规范职能的框架下，大部制按行政三分原则对政府部门权力做出了相应的调整和规范，契合了我国行政管理体制改革的内在要求和精神要义。
(四)大部制是我国政府流程再造的一个重要环节
传统的政府流程基于专业化分工的管理模式，是以职能为中心进行设置的。这种职能化管理模式的组织特点是层级明确，责任清楚，便于政府扩大规模，实施控制。但这种传统模式把一个完整的政府流程人为地割裂开来，并放置在不同的职能部门中，容易导致分工过细、机构膨胀、多头指挥、部门壁垒森严等问题。在信息化时代的今天，必须要对政府的组织结构和业务流程进行优化重组。实行大部制，能适应信息技术发展带来的由传统的以职能为中心的职能导向型政府向建设以流程为中心的流程导向型政府转变的要求，体现服务型政府的本质特征。在大部门体制下，所有的政府职能都将被整合在一个完整的业务流程当中，对流程不利的障碍将被铲除，破碎的流程将被整合，政府资源将被重组，多余的部门及重叠的流程将被合并，从而确保政府职能的全面有效履行，为公众提供便利和高质量的公共服务。
(五)大部制有利于解决我国政府体制中的诸多问题
从某种程度上讲，我国实行的大部制改革是“问题取向”的。我国目前政府部门设置中存在的突出问题就是部门过多、职责交叉、权责脱节、政出多门、效率低下。“旧有体制的弊端是显而易见的，把密切相关的职责集中在一个大的部门统一行使的改革势在必行。”实行大部门体制，不仅可以大大减少政府部门之间职能交叉、机构重叠，政出多门，权限冲突，沟通难、协调难等方面的问题，改“九龙治水”为“一龙治水”；而且可以通过政府部门的整合和调整，进一步理顺部门之间的职能，减少机构的数量，减少过多的协调和沟通的环节，这对提高行政效率，降低行政成本也具有重要意义。
第一，明确大部制在我国是一个逐渐推行的过程，要考虑到社会的接受能力和各方面利益关系的调整，不能一蹴而就。不可否认，大部制改革在我国的实施仍面临很大阻力。任何改革都是利益关系的调整和博弈过程，改革必然会受到一些来自利益受损方的阻力。部门利益关系的交错复杂和改革过程中的人员调整，将成为我国大部制改革最大障碍。因而，此次改革要十分注意步骤和策略，只能是一个循序渐进的过程。
第二，要突破中央与地方政府结构问职责同构的现象，积极探索不同层级政府的大部门体制改革方案。职责同构是我国政府纵向结构中一个非常普遍的现象，上下级政府职能与机构设置的同一性从某种程度上直接导致了行政资源的浪费。中国本来就是一个地区差异明显的国家，改革开放以来社会经济文化的多元化发展更加剧了这一差异。各地区市场化程度、人口流动性、人力资源的素质、公民与社会的互动等诸多方面都存在明显不同，在这种情况下如果推行上下一致的大部制改革，无疑会出现盲目的一窝蜂现象，大部制改革也很难达到预期效果。大部制改革在地方的推行，应当从地方的实际情况出发，不必拘泥于上级政府的部门设置，应以改革与地方的适应性、新体制在实现预期目标方面的效果为衡量标准，探索适合本地区实际情况的大部制改革方案。
第三，从切实可行的角度出发，建立多层次独立的代理执行机构和协调机构。根据市场经济发达国家的经验，大部制取得成功的一个重要举措是实行决策权与执行权的分离。在国外，政府通过指令、委托、授权、服务合同等方式确立的代理执行机构数量众多，组织性质、形态和管理方式十分多元化，有相当大一部分实行企业化管理。这种决策和执行相分离的机制有效地整合了政府业务流程，对我国有着很现实的借鉴意义。我国的大部制改革是在“决策权、执行权、监督权既相互制约又相互协调的权力结构和运行机制”下开展的，能否在政府部门内实行决策和执行分开，保持执行机构一定程度的独立性已成为改革的主要参照线索。另外，分开后的执行机构和决策部门之间的制约关系、协调程度，也成为我们必须要正视的一个问题，可以考虑通过设置专门的协调机构，强化部门首长的协调和控制能力等措施来解决。
第四，要建立强有力的部门权力监督机制，使得部门权力运行制度化。大部制能不能有效遏制部门利益，是大多数人最关心的一个话题。有人担心，大部制改革可能把分散的部门利益，积聚为集中的部门利益。如果一个部门变为一个超级部，权力很大，对它进行监督恐怕更加困难。大部门体制改革会不会引发权力过于集中的连锁反应?笔者认为，这项改革必须有相应的监督机制予以配合，这样才能使大部门避免“大衙门病”的发作。一个整合了不同部门利益的大部门，必然在利益诉求方面拥有较强的话语权。为了平衡利益矛盾，必须建立强大的监督机制来消解部门矛盾因素，压制利益追求冲动，从更宏观和科学的角度对部门决策、政策执行进行控制，使各方权力的运作迈上制度化的轨道。
第五，大部制改革预期效果的达成还需要与之相适应的综合配套改革措施。大部制改革作为目前我国行政管理体制改革的关键环节，涉及到复杂的利益和权力关系的调整，必须坚持改革整体推进的原则，使大部制改革与其他各项改革相互协调，彼此促进。一方面，大部制改革最终会触及政治体制的变革，正如汪玉凯所认为的，大部门体制改革将涉及和涵盖党政、人大、政协等系统，要考虑党的权力和政府权力的对接。如何进一步整合党政部门，也许是下一步大部制改革中应该思考的问题。另一方面，还应以大部制改革为契机，加快推进其他各类改革，譬如事业单位的分类管理、公共物品的供给机制创新、行业协会等社会中介组织的完善等，为政府职能与社会职能的对接提供良好的社会环境。