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在被统率机关内部，可以按照业务性质将行政机关分为职能机关与辅助机关。
职能机关又称业务机关，是指活动内容就是实现整个行政组织的目标、任务的机关，它直接履行政府的政治、经济、文化、教育、卫生、科技、社会服务职能，是与社会民众发生直接关系的组织[1]。这类机关的基本特征是直接承担独立的行政管理事务，是行政组织结构中具有相对相对独立管理权限的工作部门，它有明确而独立的责任目标。因此，它是政府组织系统中数量最多、拥有较多直接行政管理权限的机构类型。
我国国务院各部委和地方各级人民政府各厅、局中的有关执行这些职能的部门都是职能机关，如国家发展计划委员会、教育部、科学技术部，财政部、外交部、农业部、国土资源部、卫生部、公安部等[1]。
职能机关在同级政府或与上级同类部门的领导下，专门负责领导和管理某一方面的行政事务，其具体职责主要有如下几项：
1、计划。即根据决策目标，制定实施计划与措施。
2、执行。合理组织人力、物力与财力，有效进行指挥，以保证决策目标的顺利实现。
3、考核。定期对本机关工作人员的工作能力、工作态度及工作绩敕进行考核，并以此作为晋升与奖惩的依据。
4、报告。随时将工作进展情况及工作中遇到的问题，如实地向上级机关汇报。
以上仅就职能机关的一般职责而言，至于具体业务机关的具体职责，则依各个机关所担任的具体任务的不同而有所区别，必须依据具体情况进行具体分析。