荆门历史悠久，早在新石器时代，汉江、长湖、漳河三大水系就有人类集居生息。夏商时期(约公元前二十一世纪至十一世纪)，天下为九州，荆门属荆州之域。约公元前十二世纪，商王武丁后裔于汉江西岸今沙洋县马良镇西建立权国，为“古代第一县”；约公元前十一世纪，周公秉成王之命，封姬姓王族于长湖边今沙洋县拾回桥一带建立冉阝国(或谓作“那”)。春秋战国时期，楚族势力渐大，楚人南移，约楚熊鄂至若敖时期，灭冉阝(即“那”)；楚武王(公元前704年自称)时期，灭权，迁权于冉阝(即“那”)处；楚文王(公元前689年)都郢(今江陵纪南城)，现荆门成为郢都近郊，钟祥为郊郢，系楚国陪都；秦昭王时，秦将白起拔郢(公元前278年)，于楚郢都设南郡，领县十八，在今荆门南郊设当阳县，属南郡。
西汉初期，在荆门北设编县，景帝时期，在今荆门城区南郊置当阳县，仍属南郡；王莽篡汉，升编县为南顺郡。东汉初年复西汉旧制，县址仍在原处；三国时期，当阳属吴。
西晋时期沿吴旧制。东晋时期于编县置武宁郡。后又于编县故城置长宁县，属武宁郡，于长宁县置长宁郡，治长宁县，不久又徙武宁郡至乐乡县，领长宁、乐乡二县；徙当阳县址于沮漳河西，治原境。
南北朝时期，宋齐沿晋制。泰始初改长宁郡为永宁郡。后梁废编县入长宁县，于内方山(又为马良山，今沙洋县境内)置基州，辖章山、上黄郡，分长林县置丰乡、绿麻二县，分属章山、上黄郡；北周废当阳置平州。
隋文帝开皇七年，灭后梁，平州改玉州；九年，废玉州复置当阳县，废永宁、武宁、章山、上黄四郡；十一年废长林入长宁县；十八年，复改长宁为长林县，属南郡。
唐初，长林县属荆州，改当阳为基州，复置章山县为属县。德宗贞元21年(公元805年)，拆长林县立荆门县，废当阳县入荆门县，属南郡江陵府，荆门县名由此始。唐末，又改荆门县为长林县。
五代时期，荆门为荆南国所据。后晋天福五年(公元940年)，设荆门军，领长林县。不久军废。后周废乐乡县，南境入长林县。
北宋开宝五年(公元972年)，复置当阳县，复置荆门军，领当阳、长林二县，属荆湖北路。熙宁六年(公元1073年)，废军，划长林、当阳二县属江陵府；元佑三年(公元1088年)，复荆门军，仍领县长林、当阳。
元至元十四年(公元1277年)，升荆门军为荆门府，属河南行省；天历时期，降府为州，属荆湖北道宣慰司，仍领长林、当阳二县。
明洪武九年(公元1376年)降荆门州为荆门县，属荆州府，改长林县入荆门县；十年，拆当阳县入荆门县；十三年，升荆门县为荆门州，复置当阳县；嘉靖十年(公元1531年)，荆门州改属承天府(今钟祥)，领当阳县。
元至元十四年(公元1277年)，升荆门军为荆门府，属河南行省；天历时期，降府为州，属荆湖北道宣慰司，仍领长林、当阳二县。
明洪武九年(公元1376年)降荆门州为荆门县，属荆州府，改长林县入荆门县；十年，拆当阳县入荆门县；十三年，升荆门县为荆门州，复置当阳县；嘉靖十年(公元1531年)，荆门州改属承天府(今钟祥)，领当阳县。
清代顺治三年(公元1646年)，改承天府为安陆府，荆门州仍领当阳县，属安陆府。乾隆五十六年(公元1791年)，升荆门州为直隶州，属湖北布政使，领当阳、远安二县。
1912年，降荆门直隶州为荆门县，属湖北省襄阳道；1927年废道，荆门县属湖北省；1949年2月4日，荆门解放。
中华人民共和国成立以后，荆门一直设县，属湖北省荆州行政区专员公署；1960年，设立沙洋市与荆门县同属荆州行政区专员公署；1961年撤沙洋市，仍属荆门县；1979年11月将原荆门县划为荆门市和荆门县，属荆州地区行政公署.
1983年8月19日，国务院批准荆门市升为地级市。撤销荆门县，将荆门县的行政区域并入荆门市。1985年，设立荆门市东宝区、沙洋区。
1992年5月20日，民政部批准（民行批[1992]48号）撤销钟祥县，设立钟祥市。
1996年12月2日，国务院批准（国函[1996]111号）将荆州市管辖的京山县划归荆门市管辖和将荆州市代管的钟祥市划归荆门市代管。
1998年12月9日，国务院批准撤销荆门市沙洋区，设立沙洋县。县人民政府驻地为沙洋镇。
2001年3月17日，国务院批准（国函[2001]25号）设立荆门市掇刀区。将荆门市东宝区的何场乡、麻城镇、团林铺镇、掇刀石街道和白庙街道划归掇刀区管辖。区人民政府驻深圳大道。
2001年3月，经省民政厅批准：京山县撤销杨锋镇划归永隆镇管辖，撤销马店镇划归罗店镇管辖。沙洋县撤销草场乡划归五里镇管辖，撤销蛟尾镇划归后港镇管辖，撤销蔡庙乡划归曾集镇管辖，烟垢镇改名为高阳镇。钟祥市撤销中山镇划归洋梓镇管辖，撤销潞市镇划归丰乐镇管辖，撤销贺集乡划归石牌镇管辖，撤销罗集镇划归旧口镇管辖，撤销磷矿街办设立磷矿镇，撤销转斗镇和胡集街办设立胡集镇。东宝区撤销安团乡，划归漳河镇管辖，撤销姚河乡划归栗溪镇管辖，撤销何场乡，将原从烟墩镇划入的9个村划归漳河镇管辖，原从团林铺镇划入的15个村划归团林铺镇管辖。2001年4月，经国务院批准，设立掇刀区。省政府对我市行政区划进行了相应调整，将原东宝区所属掇刀街办、白庙街办、团林铺镇、麻城镇划归掇刀区管辖。
