珊瑚体内通常都有大量共生的是藻类生物，例如虫黄藻。虫黄藻是最重要的一类单细胞海藻。二者各取所需，相互提供食物。全球气候变暖造成的海水升温导致虫黄藻等藻类大量死亡，进而造成珊瑚本身死亡，引发白化现象。然而研究发现，珊瑚能通过选择耐热的其他藻类生物等途径，来应对气候变暖带来的挑战。
虫黄藻可以为珊瑚礁提供高达90%的能源需求。作为回报，珊瑚为虫黄藻提供保护、居所、营养（主要是含有氮和磷的废料）和恒定供应光合作用所需的二氧化碳。
透过对养分、光线及对过剩细胞的驱逐，珊瑚可以控制虫黄藻的数量，以免其过度繁殖。 虫黄藻亦有在其他原生动物（例如：foraminiferans和放射虫）和一些无脊椎动物里居住。
