2011年5月，马云变更支付宝的所有权，将其转移到马云和谢世煌（阿里巴巴创始人之一）控股的一家内资公司（浙江阿里巴巴），称是为了帮助支付宝获得第三方支付牌照，引起业界轩然大波。时隔近2年，马云重新解释了事情的原由，以下摘自《时尚先生》：
马云：所谓的正义之士就是在支付宝的事情上对我咬牙切齿，觉得我这个人背信弃义，违背契约精神，好像要干掉整个中国互联网，把VIE跟我扯上了关系。
大善乃大恶，大恶乃大善。你在做这件事情的时候，你心里明白，什么时间你能补回来。就像2007年，我做雅虎40%股权的时候，我知道，这步棋，40%都被人家控制了，你将来就惨了。孙正义最明白。那天我对孙正义说：好，我马云是个背信弃义的人，是违背契约精神的人。但如果我能找到一个人，我总共投了三、四千万美金，但能够拿回来150亿美金的回报，那么，我很喜欢能找到这样一个背信弃义的人来。孙正义说，是啊，我找到了。到今天为止，他总共投了五千万美金不到，拿回了近4亿美金现金，还有30%以上的股份。要是能找到这样一个人，违背契约精神，我也很高兴。对不对？
我们不是这样的人。但在做这件事情的时候，话语的主动权不在我们这儿。我们在做事，别人在说事。说的人最容易，而且前面先定论你就是这样的时候，你说不清。又刚好吻合微博刚刚起来的时候，所有的人一致认为这社会上都是坏人。那就他妈先坏了你再说，反正肯定你就是坏人。所有人都站出来了。我们也没法解释。这东西怎么解释？你跳出来说，支付宝明年还活不活了？有些事儿，你能够在媒体上讲，你能在公众场合讲？你只能说：他妈的……对不对？
杨致远说的是真话，他绝对给国内打电话，问是不是联合起来对付他。杨致远和孙正义跟我讲的话很明确，哈，你们中国一向是上有政策下有对策，你一定是在骗我。我说，兄弟，你如果开个小煤矿，搞个小合资企业，没关系，没问题；你搞的是支付宝，是金融，越来越触及到敏感地带，都不是傻子，金融是数据，一定会出问题的。杨致远不相信。但他们后来相信了。我刚刚改过来，央行马上发文。央行一年都不发给你证件，改过来马上就发给你了。这还能说明什么问题吗？我认为我们的判断是正确的。央行就是不发，不发，拖你个二十年。你去查查历史，我们刚一改，马上就发。这时候杨致远孙正义是明白了，哦，原来是这么个事情。
支付宝这个事情是个时间问题。一定会解决。难道我真放进自己口袋了？神经！要这么想，我第一天就不会把阿里巴巴股份这么稀释。你说对不对？处理事情是一件一件来的，是一步一步慢慢来。我们还有几年时间把这个事情处理干净。因为今天还有各种各样其他的关系要处理好。这个都不着急。别人冤枉你，如果你是对的，时间会证明你；如果你是错的，时间也证明不了你对。
