对于DNA聚合酶与DNA复制机制的研究,亚瑟·科恩伯格(Arthur Kornberg)做出了杰出的贡献,被称为DNA酶学之父。
亚瑟·科恩伯格。引自诺贝尔基金会档案
科恩伯格1918年出生于纽约,从小就是学霸,15岁上大学,19岁获理学学士学位,23岁获医学博士学位。他在二战期间当过军医,退伍后顺利成为执业医师。但是,对疾病机理的兴趣促使他加入NIH研究营养学,而在研究叶酸的过程中,他最终确定了对于酶学的热爱。为此,他将自传命名为《For the Love of Enzymes. The Odyssey of a Biochemist》。
科恩伯格先后在奥乔亚(Severo Ochoa)、科里(Carl Cori)实验室学习,1947年在NIH从事核苷酸合成途径研究,1953年来到华盛顿大学,开始大肠杆菌方面的工作。1957年,科恩伯格纯化出DNA聚合酶I,并进行了DNA的人工合成。为此,他与奥乔亚分享了1959年诺贝尔生理或医学奖。
科恩伯格与奥乔亚分享1959年诺贝尔生理或医学奖。引自诺贝尔基金会档案
科恩伯格的长子罗杰·科恩伯格(Roger Kornberg)因为对真核转录的研究获得2006年诺奖。这使他们成为6对诺奖父子之一。次子托马斯(Thomas Kornberg)发现了DNA聚合酶II(PNAS,1971)和DNA聚合酶III(JBC,1972)。
现在我们知道,DNA聚合酶III是大肠杆菌DNA复制的主力,DNA聚合酶I主要用于修复。其实目前细菌的DNA聚合酶已经发现5种,用罗马数字I-V表示;真核DNA聚合酶至少有16种,用希腊字母表示。
真核生物DNA聚合酶。Annu Rev Genet. 2016
按照结构,DNA聚合酶被分为7个家族,A、B、C、D、X、Y和RT。细菌的聚合酶I-III分别属于A-C家族,D是古细菌特有的,后三种用于修复、跨损伤合成和端粒维持等过程,与复制关系不大。与复制相关的DNA聚合酶见下图。
复制性DNA聚合酶。Front Microbiol. 2014
大肠杆菌DNA聚合酶I(pol I)是单链球状蛋白,含锌。有聚合酶活性和外切酶活性,其中3’-5’外切酶活性起校正作用,5’-3’活性起修复和切除引物作用。DNA聚合酶I每秒钟只能聚合10个碱基,主要起损伤修复作用。
丹麦生化学家克列诺(H. Klenow)用枯草芽孢杆菌蛋白酶把DNA聚合酶Ⅰ切成2个片段,并证明较大片段具有DNA聚合酶活性和3′→5′外切核酸酶的活性,所以大片段后来被称为克列诺片段(Klenow fragment)。Klenow 片段既保留了酶的高保真性,又不会降解 DNA 5´ 末端,所以在分子生物实验中经常用到,如末端补平、引物标记等。
嗜热脂肪芽孢杆菌DNA聚合酶I。PLoS Comput Biol. 2014
DNA聚合酶II(pol II)也是单链蛋白,由dinA(polB)基因编码,以切口双链DNA为模板。它被DNA损伤诱导,参与SOS反应。复制叉遇到模板损伤时会发生停滞、断裂,必须及时处理,比如复制重启(replication restart)。有研究认为,Pol II参与无错的复制重启,发生在损伤后30秒内。如果pol II缺陷,就要在损伤50分钟后,由pol V进行易错的复制,以避免死亡(Proc Natl Acad Sci U S A. 2001)。
DNA聚合酶III是细菌基因组DNA复制的主要酶,每秒可聚合1000个碱基。其功能与聚合酶I相似,但更大、更复杂。它是寡聚蛋白,全酶共10种亚基,含锌。
聚合酶III可分为三个子复合物:αεθ核心具有5"-3"聚合酶和3"-5"校正活性,β 2滑动钳(sliding clamp)赋予核心进行性,(τ/γ)3 δδ′ψχ称为钳加载器,不仅负责把滑动钳加载到DNA上,但还组织整个复制叉,参与核心、解旋酶和SSB等组分之间的相互作用。钳装载器还决定全酶中核心的数量。前导链和滞后链的协同复制需要至少两个核心,全酶是不对称二聚体,分子量接近百万。
真核复制性DNA聚合酶。Annu Rev Biochem. 2017
真核生物有16种DNA聚合酶,其中对于复制最重要的三种都属于B族:Polε相当于细菌的pol III,用于前导链合成;Polα作为引发酶,为滞后链合成引物;Polδ用于滞后链冈崎片段的合成。
真核DNA聚合酶在复制叉上的位置。Genetics. 2016