17世纪，荷兰殖民政府在印尼的巴达维亚附近种植了第一批咖啡树(今雅加达)。第一批咖啡幼苗在洪水中被毁掉，但第二次迭代的幼苗成功地结出了果实，在此繁衍生长。到了18世纪初，荷兰东印度公司的船舶从爪哇港向欧洲出口了第一批咖啡。在那之后，印尼政府每年都对外出口数千磅咖啡。
在那一个世纪里，印度尼西亚生产的几乎都是阿拉比卡咖啡。然而，在19世纪60年代，咖啡叶锈病(CLR)摧毁了印度尼西亚的大部分咖啡生产。于是大多数农民用抗病性更强、更易于生长的罗布斯塔取代了阿拉比卡。
虽然印尼是第四大咖啡生产国，但阿拉比卡咖啡的产量不到20%。如果只考虑阿拉比卡咖啡，印尼是世界第12大咖啡生产国。印尼的咖啡以其独特的湿刨法而闻名。虽然它的确切起源尚不清楚，但湿刨法最有可能起源于20世纪70年代末的亚齐地区。
湿刨法的基本处理过程如下:
1.去除果皮和果肉，保留羊皮纸和果胶
2.水池发酵
3.洗去果胶
4.带羊皮纸日晒干燥2-3天，至含水率20～24%
5.刨去羊皮纸
6.使生豆干燥至含水率为12～13%
7.装运，准备出口
湿刨法的流行可以归因于生产者需要及时交付咖啡，印尼的气候潮湿，湿刨法可以缩短咖啡的处理时间。它比传统的日晒更省时，又不需要建立水洗处理的场地，对于当地来说是一种多快好省便捷的处理方式。而在这个处理过程中，脱去了羊皮层的“裸豆”直接暴露在潮湿环境中，受到了某些菌种的滋生。让印尼咖啡带着独有的木质、香料、草本的闷香气息。
印尼的每个咖啡种植区都有自己独特的生产和贸易体系，当地的品种、气候和风土造就了不同的概况。最著名的特色咖啡产区是亚齐、北苏门答腊、南苏拉威西、西爪哇等地区。
咖啡农场面积通常在1～5公顷之间，有些在种植咖啡的同时种植蔬菜、水果和香料。其中许多农场位于偏远、交通不便的地区。
由于口味的变化和高昂的成本，全球对印尼咖啡的需求正在下降。一些生产商正在通过学习新的生产方法和提高质量来满足不断变化的口味和期望，而另一些生产商则越来越多地转向日益增长的国内市场。
在很多情况下，咖啡从生产商到国内烘焙商的运输距离缩短，再加上供应链缩短，烘焙商可以向农民支付更高的价格，同时他们的烘焙店和咖啡馆仍能盈利。烘焙商和生产商之间的直接关系，以及烘焙商愿意支付的更高价格，意味着许多质量最好的批次第一次留在了国内。不断增长的国内需求是否会显著影响未来的出口成本，还有待观察。目前，印尼国内需求的上升和全球需求的放缓似乎维持着一种平衡。
