司马懿和司马迁两个人生活在不同的年代，司马迁在西汉中期，司马懿在东汉末期，差了三四百年的时间，除了姓氏都是司马以外，唯一能扯上关系的是有一个共同的祖先，其他真没什么直接的关系。（司马懿剧照）
司马姓氏源考。一、司马氏的远祖。
根据司马迁史记《太史公自序》记载：
“昔在颛顼，命南正重以司天，北正黎以司地。唐、虞之际，绍重黎之后，使复典之，至于夏、商，故重黎氏世序天地。其在周，程伯休甫其后也。”
直白一点，黄帝的孙子颛顼时期重黎主管天象和农业，到了尧舜时期，重黎氏还是负责这些事情。重黎氏的后人程伯休甫在周朝担任大司马，这个职务是主管军事的最高官职，在西周时期才设立的，终于不管理天和地的事情了。程伯休甫是司马氏的祖先，是以官职为姓氏。《诗经·常武》中说道：
“王谓尹氏，命程伯休甫，左右阵行，戌我师旅”
这是司马氏先祖出任大司马的证明。（司马迁剧照）
二、司马氏分流。
周宣王时期，程伯休甫失去了官职，从此成为了司马氏。周平王东迁洛阳(历史上称东周)后，司马氏世代掌管编写周朝的国史，周惠王和周襄王时期，司马氏离开周朝都城，到了晋国。
到了晋国的司马氏开始分流，一分为三，主要在三个地方：卫国、赵国、秦国，也就是卫国系司马氏、赵国系司马氏、秦国系司马氏。
司马氏三支派世系。一、司马氏卫国支系。这一司马氏在《史记》里面很少有记载，反而是《战国策》等其他史书多有记载，因为这一支司马氏出了一个臭名昭著的人物——司马熹（司马赒）。为三任中山国的相邦，直接导致中山国被赵国所灭。司马迁只记载聊聊数言：
其在卫者，相中山
根据1974年在河北平顶山出土的青铜鼎的铭文证明了司马迁的记载。
大概司马迁羞于记录这个同姓的司马氏的族人，起码人家做了三朝的相邦，估计所作所为不为人齿。
二、司马氏秦国支系。这是司马迁所在的分支，记载的非常详细，给大家简单列一下：
司马错（秦国名将，司马迁八世祖）——司马靳（白起部将，六世祖）——司马昌（秦主铁官，司马靳孙）——司马无泽（汉市长）——司马喜（五大夫）——司马谈（太史令）——司马迁。（司马错剧照）
三、司马氏赵国支系。这一支主要依靠传授剑术而闻名。司马凯——司马蒯聩——司马宪、司马卬（殷王，司马蒯聩玄孙）——司马钧（征西将军，司马卬八世孙，司马懿高祖父）——司马量（豫章太守）——司马儁（颖州太守）——司马防（京兆尹）——司马懿——司马师、司马昭——司马炎等。（司马懿家谱）
通过分支世系我们可以知道，司马迁属于司马氏秦国系，而司马懿属于司马氏赵国系，是在司马氏的量大分支上。
司马迁后人改姓。司马迁在西汉时期一直负责修史，司马迁和父亲司马谈两代写成了《史记》一书。
司马迁因为“李陵事件”被处以“腐刑”，以后又因为《报任安书》牵扯到太子刘据谋反事件，司马迁遭到迫害，于公元前87年去世。
为了保护《史记》副稿，同时为了免于满门抄斩乡。司马迁和族长司马厚商议改姓迁居。长门改姓为“冯”，是“马”字加两点水；次门为“同”姓，“司”字加一竖。以后的司马迁的后人大都不姓司马了。（司马光砸缸图）
宋朝的大名人司马光是司马懿弟弟司马孚的后人。