据进寺庙内有块方碑记载，早在宋代大理国统治建水时期，这里是一片茂密的森林，常见一只鹿出没其间，一天，有人逐鹿至林中，鹿忽不知去向，只有一异人前来，指着森林对众人说：“鹿居此久矣，汝辈为何取它？”言毕，亦复不见。众人皆惊诧，以为遇到神人仙鹿，便立小庙，绘塑神像以祀。许愿求神者认为灵验，香火日盛。
到了元代元贞年间（1295一1297年），郡人何昌明于此大兴土木，请来中原工匠，改建为一殿二塔，绘塑佛、菩萨、大士之像，栖住持，每日晨钟暮鼓，香烟缭，成为参禅拜佛之所。并取前述异人事，书“指林寺”，匾悬于门楣。
指林寺占地只有530平方米，受多年的战乱，自然侵蚀，文革时期的破坏，加建水经济实力差，文革后没有重修，现仅存牌坊和正殿。
步入指林寺，首先映入眼帘是一座精致的牌坊，牌坊两例的石基上各立着一只神态生动的麒麟，麒麟身上站着护鹿的仙翁和道士。麒麟似乎要托着仙翁和道士腾空而去，又像两名威武的天神，日夜守卫着寺院。
一块红色的匾额上写着“指林禅寺”，匾额之上是彩绘的木料建构和精美的雕花，彩绘的颜色以蓝色和绿色为主，象征着纯明和透澈，是一方净土。
过了牌坊是便是正殿，座南朝北，建在一米多高的台基上，是一座气势宏伟的宋式风格的古建筑。正殿由汉白玉栏柱围着，丹樨前也有一精致的牌坊，匾额写着“第一山”，相传为之来滇的明第二任皇帝“建文帝”光顾指林寺所题。
正殿重檐歇山顶抬梁木式结构建筑，布局五开间回廊式，面阔23米，进深21米，全殿由32根巨柱支撑，斗拱飞檐。保持完好，经古建筑专家鉴定，确实为元代古老木构架建筑，国内罕见。
大殿内有三幅壁画，分别是大殿正后墙上的《供养礼拜图》，左面墙上的《万年无观音三十二应遍尘刹图》，右面墙壁上的《佛母大孔雀明王经变图》。三幅图均是长2.45米，宽1.7米。有的画面已模糊不清。
我想这画里一定会有很多遥远的故事，隐没于曾经繁华之中，被现代封存，也许记载着寺院久远历史，世事流转在这“娑婆世界”中。
