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非税收入预算是财政预算的组成部分，非税收入预算工作思路、细化程度、调控方案如何直接影响着部门预算，是搞好部门预算编制的基础。
由于非税收入在政府财政收入中的相对特殊性，非税收入预算编制在财政预算编制总的要求下，需满足一定的特殊管理要求。
1．收入预算的编制
按照预算编制要求，负责征收非税收入的执收单位，必须编制年度非税收入预算，上报同级财政部门审批。经财政部门批准的年度非税收入预算，是财政部门监督执收单位收取非税收入和向单位安排非税收入的重要依据。
(1)编制原则。针对非税收入的管理特点，非税收入预算编制应遵循以下原则：
一是做实收入的原则。与税收收入相比，非税收入由各执收单位负责征收，财政部门不易全面掌握。特别是随着市场经济的发展，非税收入形式日趋多样化，一方面为各级政府扩大财政理财领域提供了广阔的空间，另一方面对非税收入预算管理也提出了更高的要求。为规范非税收入管理，增强财政保障能力，各级财政部门应在依法行政的前提下，严格按照规定的非税收入管理范围，将除罚没收入以外的非税收入全部编入非税收入预算；同时，要参考以前年度平均收入增长水平，依据经济社会事业发展、整顿规范市场秩序、实施依法行政等工作与非税收入增长之间的相关关系，科学测算收入规模，做到逐项足额编制，严禁一些执收单位故意瞒报漏报、逃避财政监管等违规行为。
二是实事求是的原则。如上所述，非税收入规模受政策性等客观因素影响较大，具有不稳定性的特点。与税收收入相比，非税收入增长规模与经济发展速度难以形成固定的正相关关系，不宜简单参照经济发展速度，用固定比例测算年度收入规模。特别是对于具体的非税收入项目，国家相关政策的出台、客观因素导致征收范围的减少或消失等，都将直接影响其收入规模的显著变化，因此，非税收入预算的编制，不但要参照以前年度平均增长水平，还要充分考虑政策性等客观因素影响。对年度收入预算确实无法达到以前年度平均增长水平的收入项目，在认真论证的基础上，应按实际测算结果编制。否则，极易造成执收单位为完成过高的收入预算而擅自扩大收入范围、提高征收标准等“乱收费”现象。
三是精细管理的原则。非税收入来源渠道多，涉及范围广，每个执收部门和单位负责征收的非税收入项目和个数均有所不同。只有将非税收入预算落实到具体部门、单位和项目，才能确保年度非税收入预算成为财政部门监督执收单位收取非税收入和向单位安排非税收入的重要依据。因此，非税收入预算应按部门、单位、项目进行细化编制，以免非税收入监管和预算管理出现盲目性。
四是依法依规的原则。按照国家有关规定，非税收入中的政府性基金收入、行政事业性收费收入等，必须经过国务院或省级以上政府及其财政、计划(物价)部门批准，任何部门和单位不得擅自收取。同时，国家和省对各类非税收入的财政管理方式、管理体制和收入级次等也有明确规定。因此，非税收入预算一方面应严格按照财政部门发布的年度非税收入项目目录，结合新增收入项目情况编制，确保纳入财政管理的非税收入符合国家有关立项审批规定；另一方面，应严格按照国家和省规定的财政管理方式、管理体制和收入级次等，将非税收入分别按照纳入一般预算管理、纳入政府性基金预算管理和纳入财政专户管理编制，不得将已纳入预算管理的非税收入转为预算外管理，且不得将罚没收入和属于上下级的分成收入列入年度非税收入预算。
(2)编制方法。为满足以上管理原则，非税收入预算的编制应做好基础准备工作和预算审核工作。
一是基础准备工作。为全面掌握非税收入项目，科学测算非税收入规模，确保非税收入预算的编制有据可依，财政部门在对部门和单位上报的年度非税收入预算进行审核前，应完成有关基础准备工作。第一，全面清理非税收入项目。应按照国家和省规定的非税收入管理范围，通过日常监督管理，充分了解和掌握各部门和单位征收的非税收入项目，将全部非税收入项目按照执收部门和单位进行编码排序，确保非税收入预算的足项编制。第二，建立非税收入预算编制基础数据库。应将以前年度非税收入决算数据全部纳入非税收入预算编制基础数据库，按部门、单位、项目计算以前年度非税收入平均增长速度，并据此预计下一年度非税收入征收规模。第三，全面掌握国家和省设立和取消非税收入项目、调整征收范围和征收标准等有关政策，充分了解有关部门和单位征收的非税收入因政策性等客观因素引起的费源变化，对根据以前年度平均增长速度预计的非税收入规模据实予以进一步调整，确保最终预计的年度非税收入规模接近实际收入水平。
二是收入预算审核工作。财政部门在做好上述基础准备工作的基础上，对各部门按单位、项目上报的非税收入预算进行审核。首先，根据年度非税收入项目目录和有关政策规定，按照已了解和掌握的部门、单位征收的非税收入项目，认真审核各执收部门和单位的项目名称和项目个数。对于漏报错报的，应及时予以纠正。其次，根据财政部门测算的收入规模，对部门上报的收入预算规模进行逐项审核。对于明显低于财政部门测算规模的，应要求部门和单位说明原因，并提供有关依据。凡不存在取消收入项目、降低征收标准、缩小征收范围等客观性减收因素，所报非税收入预算低于以前年度平均增长水平的，应以财政部门测算规模为准。再次，根据对非税收入预算的最终审核结果，编制年度非税收入预算，并按部门、单位、项目下达执行。
2．支出预算的编制
非税收入作为财政收入的重要组成部分，其支出预算的编制内容、编制方法、编制程序等应在财政预算编制总的要求下，按照规定统一管理。但在编制的具体方式、方法、步骤上，需结合非税收入管理的特殊要求，予以特殊管理，以达到统一性和特殊性的有机结合。
根据非税收入交换性、灵活性、非普遍性和不稳定性的特点，非税收入的支出预算的编制应遵循以下几项原则。
一是综合预算的原则。要将财政预算财力拨款、非税收入和其他收入统一作为部门和单位的预算收入，综合安排支出。财政部门核定的部门和单位支出需求，先由非税收入和单位其他收入安排，不足部分再考虑财政拨款。
二是明确用途的原则。非税收入的交换性特点，决定了行政事业性收费等大部分非税收入的取得，是以向缴款人提供相应的服务或利益为前提条件的；也意味着大部分非税收入的取得，均需发生一定的征收成本。同时，对政府性基金、专项收入等国家为支持某项公共事业发展而设立的具有专项用途的非税收入，必须按照规定用途安排使用。因此，在非税收入的支出预算的编制过程中，对于征收管理中发生费用的非税收入，应科学核定征收成本，优先安排基本支出费用、工本费用等成本性支出，确保执收部门和单位正常开展业务工作；对于国家明确规定具有专项用途的政府性基金、专项收入等非税收入，应严格按照规定用途安排专项支出，不得挤占挪用。
三是政府统筹的原则。与税收收入相比，非税收入虽然由各执收部门和单位征收，在资金用途方面具有一定的特殊要求，但非税收入与税收收入的资金性质相同，都属于政府财政收入。因此，要打破非税收入“部门所有”的传统观念，由政府统筹安排非税收入的支出，增强政府的宏观调控能力。这里所提到的统筹安排，包含两个方面的含义：对于行政事业性收费等具有交换性的非税收入，在确保执收单位正常业务开展的前提下，要科学核定征收成本，改变用固定(沉淀)比例计算政府统筹财力的做法，对核定征收成本和有关款项后的收入，即通常所称的“统筹财力”，可统筹调剂用于社会保障等政府重点工作；对于政府性基金、专项收入等具有专项用途的非税收入，在符合规定用途的前提下，由财政部门根据实际项目需要安排。
四是细化管理的原则。要比照预算财力拨款，按人员支出、公用支出和项目支出分别核定非税收入的支出预算，做到人员支出按标准核定，公用支出按定额核定，项目支出按收入规模和实际需要核定，改变以往注重预算财力管理、忽视非税支出管理的粗放管理方式。
按照上述管理原则，非税收入的支出预算在财政预算编制的总体要求下，按照统一方法编制部门支出预算。
由于非税收入在财政部门内部需多个处(科、股)管理，应科学分工，合理安排编制程序，提高预算编制质量和效率。例如，省财政厅从2005年起，要求省直部门将所编部门预算在上报预算处(预算编审中心)、部门预算管理处的同时，将其中的非税收入计划报非税收入管理处。非税收入管理处负责编制非税收入预算，核定征收成本，确定政府统筹规模。与此同时，预算处(预算编审中心)和部门预算管理处对省直部门上报的基本支出和项目支出进行审核。非税收入管理处将非税收入预算、征收成本、政府统筹和部门可用数的编制结果报送领导审定的，转交预算处(预算编审中心)，预算处(预算编审中心)据此编制基本支出预算。预算处(预算编审中心)编制基本支出预算后如有结余，再转由部门预算管理处编制定额外小专项和项目支出预算。