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所谓零申报是指在税务机关办理了税务登记的纳税人、扣缴义务人当期未发生应税行为，按照国家税收法律、行政法规和规章的规定，应向税务机关办理零申报手续，并注明当期无应税事项。
(一)新办民营企业受政府指标的调控，不少的乡镇为了完成指标，新办“空壳”企业(如：农民专业合作社法人营业执照)，无资本，无厂房，也不生产经营，只是一个一般的农村群众组织，申报时只有进行了零申报。
(二)一些企业为了达到享受某种所得税优惠政策目的，而成立的新公司，虽然手续齐全，实质上是一个“空壳公司”，只要目的达到，公司人员就沓无音讯，负责报税的财务人员只有进行纳税申报；或者是变更企业名称、变更注册类型重新登记，新单位成立后老单位仍存在，企业仍是“原班人马”，财务人员对其老单位长期进行零申报。而新成立的或变更后的企业，原本该企业的企业所得税由地方税务局管理，经这么改头换面，新企业即享受了某种所得税优惠政策，也变换了企业所得税的主管税务机关。
(三)有些纳税人当期发生了经营业务收入，却以资金紧张、财务人员出差或试营业等原因对实现的应纳税款不申报，也不办理相关延期申报或缓缴税款手续，而选择零申报蒙混过关，拖延、逃避纳税。
(四)一些房地产企业常年经营，楼房建了不少，基本销售一空，而税款申报却很少，有的时候甚至是零申报。
(五)新办企业零申报较为突出，农村的零申报企业户数大于城区。2009年新办税务登记的企业有528户，扣除非独立核算分支机构、11月、12月登记户、省内外建筑安装企业186户，应正常申报的为342户，而实际申报的有277户，零申报65户占应申报户的19%。
(六)企业长期无经营收入但保留营业执照和税务登记，长期零申报。有些企业确实面临困境，处于停产、半停产状态，长期无经营收入，但仍保留营业执照和税务登记，导致零申报。
(七)税收管理人员严重不足，人均管户近200，明知道一些纳税人零申报不正常，申报存在问题，但为了组织收入，加之精力有限，只能暂放。
对纳税户的管理，是税源管理乃至整个税收管理的基础性工作。加强零申报管理的关键，就是按照国家税务总局实施科学化、精细化管理的要求，依托信息化手段，大力加强对零申报户特别是异常零申报户的管理，堵塞税收漏洞。
(一)严格执法程序，规范“零申报”。零申报是指在税务机关办理税务登记的纳税人、扣缴义务人当期未发生应税行为，按照国家税收有关规定，向税务机关办理零申报手续，并注明当期无应税事项。因此，办税服务中心在受理了纳税人“零申报”申报表后，应在次日将“零申报”纳税人申报表传管理部门，税收管理员在申报期内如有时间，要及时下户进行实地调查核实后。如无时间，在申报期结束后，也要及时实施核查，将虚假申报的情况报分局领导批准，及时实施行政处罚，杜绝这类企业虚假零申报再次发生。对既无应纳税款入库又无应纳税(费)款申报的纳税人，要依据有关规定严肃处理，加强监管。另外，建议实行零申报公示制度，接受社会监督，公示举报电话，接受社会各界和纳税人的监督和举报。
(二)加强信息比对，发现异常零申报户。通过建立税源管理信息比对分析平台，加强对企业资产负债表和损益表等财务报表指标、发票购买和使用情况、连续几个月零申报等信息的比对分析，及时发现异常零申报户，查找出原因，进而采取相应措施进行管理。
(三)进一步加大纳税评估工作力度，对存在异常情况的零申报户和连续三个月零申报且又无正当理由的企业，要运用数据系统中提取有关信息进行综合纳税评估，参照纳税人所属行业、经济类型、经营规模等因素进行全面、深层次的对比分析，如申报数据与财务会计报表数据的对比、与同行业相关数据的对比、当期与历史同期相关数据的对比等，通过对比分析和纳税评估及时发现申报信息的疑点和漏洞，及时发现在税收征管中税务部门自身存在的问题和原因，从而有的放矢地制定对策，防止税收隐性流失。
(四)深入实地检查，了解企业真实经营情况。税收管理员要进一步加大对零申报企业的控管力度，随时对存在疑点的纳税户进行检查。对长期零申报的企业组织专项检查，特别对有购买发票的纳税人进行重点检查，分析比对零申报的主要原因，并根据具体情况分别进行处理：对确实没有实际经营的企业，在综合征管软件中进行非正常户认定；属于法定减免的企业，补充办理减免登记备案手续，并在综合征管软件中进行减免税种认定；对确实查找杳无音信的户转为非常户管理；对没有如实申报，企图以零申报逃避纳税的企业列为重点监控对象，并给予一定数额的处罚。在管理上通过提醒服务督促其按时申报缴纳税款；对于不能按规定进行会计核算的企业采取核定征收办法征收税款，以堵塞税收漏洞。
(五)加强纳税辅导，督促纳税人正常申报。由于一些中小型企业的财务人员对税收政策不熟悉，加之纳税意识不强，忽略对一些小税种的纳税申报，如印花税、房产税、土地使用税，个人所得税未按规定履行代扣代缴，直接作无税收申报，都是造成异常零申报的原因。因此，税收管理员可针对性地对纳税人进行政策宣传和辅导，帮助纳税人熟悉税收政策法规，监督纳税人进行正确的纳税申报，杜绝纳税人因不熟悉政策或纳税意识淡薄造成零申报现象。
(六)完善考核机制，规范税收管理员的执法行为。将零申报纳入税收管理员目标考核内容，按有关规定追究相关人员的执法责任。
(七)改变现有的管理模式，将大企业、重点税源户、建筑房地产业实行专业化管理，对其他的行业采取分片区，按路段进行管理，缓解税收管理员有心无力的管理局面。
总之，对于零申报的管理，税务管理员应结合辖区实际，做到“四勤”，即手勤、脚勤、耳勤、眼勤；每天上班打开综合征管软件留心一下，做好必要的记录，平时多跑跑企业，听听企业的意见和建议，看看企业生产经营变化，需要调整营业额或重新核定的，税务管理员应及时将调整理由和相关资料上报，按程序予以及时调整。