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集团总部是指整个集团的最高权力机构。其存在价值表现在，通过发挥总部在集团战略规划、协调和控制方面的积极作用，帮助集团成员企业提升绩效和竞争力，并最终促进集团整体的可持续发展。
集团总部的设置方式有如下三种：
1．依托型集团总部
从集团领导体制上说，依托型集团总部就是以母公司董事合作为集团的最高决策机构。从目前国际经验来看，绝大多数纵向型企业集团都是采取这样的集团总部设置方式。例如，法国的埃尔夫·阿奎坦股份公司董事会18名成员中，只有一名是由其所属子公司即赛诺菲公司的名誉董事长担任的，可以说基本上不存在于公司高层经营者参与母公司董事会的现象。日本各大独立系企业集团，包括新日铁集团、三菱重工集团等，也都是由集团母公司的领导机构来领导整个集团的活动。由于集团母公司在纵向型企业集团中处于核心的地位，由它来领导整个集团可以确保集团成员企业形成统一、协调的行动，但这种体制安排明显地忽视了其他成员企业的意志和要求，没有体现集团企业的平等法人地位和集团管理的民主性。因此，完全受控于集团核心企业的“依托型”集团总部主要适合于集团发展的初期或者子公司经营实力不强、地位较低的情形。
2．独立型集团总部
这是超越核心企业的集团领导体制。集团有自己独立的领导机构，不依赖于母公司。具体形式包括正式设立的集团理事会,或非正式的集团核心层企业经理会等。例如，在日本的横向型企业集团中，集团核心层各大公司的高层经理人员，往往通过不定期的聚会或每月一次定期举行的例会——统称为经理会(如三菱集团的“金曜会”、三井集团的“二木会”等)来调整集团内部各成员企业之间的关系，确定集团的长期发展战略，以及组织集团的对外活动等。这种体制强调，企业集团应该有自己独立的协商议事机构，不能将个别主体企业的领导机构等同于集团的领导机构。集团母公司的主要负责人虽然可能成为集团协商议事机构的成员，但这并不意味着集团公司的领导机构就可以直接作为集团的领导机关来行使职能。
3．折中型集团总部
这种集团领导体制的典型设置方式，就是建立母子公司相互渗透的董事会。在通常的纵向型企业集团中，子公司不允许向母公司参股，所以母公司董事会中不会有子公司派出的产权代表。不过，为了体现集团管理的民主性，集团成员企业可以被允许在母公司董事会中占有一定的席位，只是此时其董事的身份并不是作为产权代表，而是作为受集团公司董事会领导班子派遣而在集团重要成员企业中担任领导职务的经理或董事。将成员企业中这种身份的人吸收到集团公司董事会，此种人事渗透安排，一方面使子公司有渠道参与集团公司的决策，另一方面也有利于保持集团公司对于公司的控制。这是一种综合考虑了对整个集团活动的统一领导和控制协调需要以及集团成员企业参与集团管理活动的民主性需要的、不完全依托集团核心企业的折中型集团领导体制。
德国大众汽车集团的领导体制安排，为纵向型企业集团在领导体制上实现民主与集中的有机统一提供了一个典型案例。该集团的核心企业是大众汽车股份有限公司，其集团理事会是由大众汽车股份公司董事会的8位成员，加上奥迪、赛特、斯柯达3个公司的董事长，共11人组成，执行机构是大众汽车股份公司董事会。通常情况下，集团理事长兼任集团公司董事长。这种领导体制安排较好地体现了纵向型集团核心企业和其他企业的平等关系。
企业集团的最高决策机构不论是采取集团理事会的形式还是集团母公司董事会(在没有设立董事会的母公司中，通常由总裁会负责)的形式，为了确保其决策的准确性、科学性，通常需要设立若干专业管理委员会，直接隶属于集团理事会或母公司董事会，以为其决策提供事前充分的研究和咨询意见。专业委员会是集团某一领域重大问题决策的专门的参谋机构，它们从全集团长远发展的高度，以一种行家的、系统化和未来的眼光来考虑问题，进行决策信息的收集、整理和决策方案的准备、论证，这样可使最终决策建立在有据可依、有比较、有选择的基础之上。
应该说明，专业管理委员会的功能不同于职能管理部门，前者侧重于决策前的准备，后者侧重于决策后的执行。由于职能管理部门大多是从条块的、眼前的角度处理日常经营管理问题，这种相对狭窄的眼光使其很难能胜任集团发展重大问题的决策准备工作，从而就产生了设立专业管理委员会的需要。这也就是世界上大公司、大集团都普遍设立参谋性质的专业管理委员会机构来辅助公司董事会或集团理事会进行决策的一个重要原因。
不同的企业集团，由于其经营特征和规模大小不同，所采取的集团组织结构不尽一致，以及集团内部集分权的程度存在差别，因此集团(或集团母公司)总部在具体管理机构的设置上也就不可能完全相同。总结国内外企业集团管理的成功经验，集团总部需要设立的管理机构一般有三大类：
(1)总部产权经营管理机构：专职从事集团成员企业的产权或股权管理。例如，法国的埃尔夫·阿奎坦股份公司，为实现产权经营与产品经营职能的分离，专门设立了三个产权管理部门，即子公司股权管理部、不动产经营管理部和证券投资部，分别负责某类公司财产的专职产权管理。日本电气公司则按地区设立有分别对集团国内外的关系公司进行产权管理的国内关联部、海外关联部。
(2)总部业务经营管理机构：包括负责专业管理的各职能部门，以及负责某一领域经营业务归口管理与综合协调的事业部两类。前面提到的英国罗罗公司在总部不但设立了财务部、市场经营部、战略规划部、工程技术部、文秘部和事务部六个职能部门外，而且还设有航空工业和工业动力两大事业群部。德国萨尔茨吉特机械设备制造公司内设有钢铁部、造船部、加工业部、能源及大型工厂建设部等四个按产品类别不同设置的事业部，以及作为职能管理部门的计划部、财务部、研究开发和经济总部、人事和劳工管理总部、管理委员会主席总部(该部内设有秘书处、高层经理人员处以及新闻和信息处)。其他如美国通用汽车公司(GM)、法国埃尔夫·阿奎坦股份公司、日本电气公司和住友商社等，也都设立有类似的职能部门和事业部机构。可以说，任何大型的、综合性的混合控股公司，需要进行经营业务的归口管理但又不采取“子集团公司”办法的，就经常是在总部设立这样的两种业务经营管理机构。如此，集团各成员企业在业务生产经营过程中，就受到主管事业部和各职能部门的共同管理。
(3)总部服务机构：为集团成员企业提供综合服务。这些机构在没有独立为母公司持股的职能性经营公司以前，可以“中心”的形式设置于集团总部，如研究开发中心、信息与微机中心、人才培训中心、计量检测中心、融资中心和结算服务中心等。这些服务机构同所服务单位的关系应主要是一种体现内部市场交易的经济关系，而不是行政关系，这是它们同集团管理机构最显著的区别点。
(1)集团总部管理机构的设置应本着落实集团管理功能和贯彻集团集分权体制的原则进行。从事资本经营又从事具体业务经营的混合控股公司，其总部管理机构的设置要比纯粹控股公司来得复杂。
集团总部管理机构的设置和人员配备不仅取决于集团管理功能落实的需要，同时也与集团对其成员企业经营管理权限的集中与分权程度有关。同样类型的企业集团，由于内部管理体制设计的不同，某些经营管理的功能和权限有可能下放到次一级的经营管理单位，这样总部管理机构的设置就可以相对简单化。而管理权力集中的覆盖范围广、管理强度高的企业集团，其总部管理机构的设置就势必较为复杂、庞大。
(2)集团总部管理机构的设计应该有明确的目的性，并注意做到精干高效与灵活适应并重。
首先，要确保总部管理机构所实现的管理功能与所花费的管理费用之间比值的合理化。片面追求集团总部管理机构和人员的精简，导致该在总部集权管理的竟无必要力量进行管理或者必需的管理功能残缺不全，这从集团管理机构合理设计的角度来分析，实际上同以过多的机构和人员落实既定的管理功能并没有什么两样，甚至在某种程度上说会更为有害。犹如机器设备设计要遵循功能费用比一样，企业集团管理机构设计也必须从功能与费用的综合比较中选取比值合理化的方案。即在保证集团必要的管理功能完全落实的前提下，可以而且应该着眼于谋求机构设置和人员配备的精干、高效，以便达到降低管理费用和避免由于机构臃肿而造成对环境变化的反应迟钝等目的。
其次，总部管理机构设置中应将“效果”目标置于与“效率”目标同等的甚或更重要的地位。从管理学的定义上说，效率目标是同资源使用相关的，指的是投入产出比最大。具体就集团总部管理机构设置而言，管理效率高就意味着管理机构的精干化，或者分析的管理费用或成本的最小化。然而，管理机构仅仅有效率是不够的，还必须确保所从事管理活动能对企业集团实现预定的目的和目标作出最好的贡献。