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限制开发区是指资源环境承载能力较弱、大规模集聚经济和人口条件不够好并关系全国或较大区域范围生态安全的区域，要坚持保护优先、适度开发、点状发展，因地制宜地发展资源环境可承载的特色产业，加强生态修复和环境保护，引导超载人口逐步有序转移，逐步成为全国或区域性的重要生态功能区。
根据开发定义和开发理念，我国的限制开发区域分为两类：
一类是农产品主产区，即耕地较多、农业发展条件较好，从保障国家农产品安全以及中华名族永续发展的需要出发，必须把增强农业综合生产能力作为发展的首要任务，从而应该限制进行大规模高强度工业化城镇化开发的地区；
一类是重点生态功能区，即生态系统脆弱或生态功能重要，资源环境承载能力较低，不具备大规模高强度工业化城镇化开发的条件，必须把增强生态产品生产能力作为首要任务，从而应该限制进行大规模高抢夺工业化城镇化开发的地区。
限制开发区有其特殊的区域政策，主要集中在财政、投资、产业、土地、人口等方面。第一，财政政策。主要是增加对限制开发区用于公共服务和生态环境补偿的转移支付，使当地人民享有均等化的公共服务。包括建立主体功能区转移支付制度，对限制开发区域进行补助，在限制开发区域的标准支出中，增设“生态环保支出项目”和成本系数，设置更为综合的生态修复转移支付并制度化，建立一般性转移支付资金稳定增长机制，提高自然保护区单位面积管护经费标准等。第二，投资政策。主要是支持公共服务设施建设和生态环境保护。第三，产业政策。主要是发展特色产业，限制不符合主体功能定位的产业扩张。第四，土地政策。主要是实行严格的土地用途管制，严禁水面、湿地、林地、生态用地改变用途。第五，人口政策。主要是降低人口密度，鼓励生态型移民。
针对限制开发区的特殊区域政策，与其配套的区域政策工具主要包括拨款、减免税收、基础设施和禁止等。拨款主要用于提升限制开发区的公共服务水平，增加对生态环境补偿的转移支付，使居民享有均等化的基本公共服务；减免税收主要用于发展限制开发区的特色产业，如旅游业等；基础设施主要用于公共服务设施建设和生态环境保护；禁止主要用于禁用生态地从事不符合其发展方向的各类开发活动。禁止开发区的主要政策工具有拨款、基础设施、禁止。拨款主要用于增加用于公共服务和生态环境补偿的转移支付，加强生态修复，逐步使当地居民享有均等化的基本公共服务；基础设施主要用于基本公共服务设施建设以及生态环境保护；禁止主要用于严禁不符合主体功能定位的开发活动，实行严格的土地用途管制，严禁生态用地改变用途等。
由于限制开发区往往是比较偏远的地区或经济规模小、财力有限的区域，而针对限制开发区的区域政策又往往在一定程度上限制了开发区的经济发展，因此，其需要大量的转移支付。在区域政策工具中，拨款、减免税收、发展基础设施都涉及大量的财政资金管理，而区域政策资源为多个部门所掌握，矛盾和冲突是不可避免的。因此，在实施区域政策时，需统一安排区域政策支出，即在所有主体功能区的政策工具外加上一个区域政策基金工具，目的是将各种区域政策资源纳入一个基金框架中进行统一安排。