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所谓“部门银行”是指国内银行传统的组织架构以总分行部门原有职责为主导进行设计，资源配置的权限按部门划分。是指银行内部“流程为组织而定”，即简单地按活动的相同性或相似性，将人员组合在一起，形成职能型群体，往往在很大程度上将完整的业务流程人为地分割开来。简言之，“部门银行”是过度地以部门为中心开展业务和实施管理的银行。
比较而言，传统的总分行制有三大致命伤。
一是没有定位，只是一个做大的机制、一个什么都做的体制，但很难做强；
二是同质化严重，缺乏专业性。从总行到分行到支行，只有客户大小的区别，而服务、产品、银行之间的竞争方式都是一样的；
三是低效率、流程漫长、部门为政，一笔贷款的审批有时甚至需要半年，既难以对市场迅速反应，更难以有持续的创新能力，这也是“部门银行”称呼的来源。
以信贷业务流程为例，一笔贷款从客户提出申请到支用贷款需要经历的大大小小的环节不下20个。据统计，国有商业银行一笔信贷业务（从客户提出申请到放款）的平均处理时间长达6个月。尽管有些审查是必要的，但为此投入大量的人力、物力、财力和时间，需要付出高昂的管理成本。
商业银行传统的部门设置和部门职责划分没有打破传统的思维定式，即使对业务流程做些调整，也只是一些修修补补的工作， 这样形成的业务流程不可能是方便客户的流程。另外， 我国商业银行的业务流程僵化单一，没有根据不同客户、不同业务的风险高低设计不同的业务流程，而是根据业务金额的大小划分管理权限，往往造成越是优质客户，审批环节越多， 业务流程越复杂。
我国商业银行服务流程往往由各业务管理部门自行制定，彼此间缺少衔接和协调，存在重复甚至冲突的问题。比如说，虽然设有专门的信息部门，但没有建立统一的信息流程，各业务经营和管理部门为了自身需要，都有自己的信息渠道和信息处理流程，各流程之间的信息不能共享，数据重复录入，更严重的是来自各个部门的数据不一致，带来管理上的混乱。