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进出境阶段是指根据海关对进出境货物的监管制度，进出口货物收发货人或其代理人在一般进出口货物、保税加工货物、保税物流货物、特定减免税货物、暂准进出境货物、其他进出境货物进出境时向海关办理进出口申报、配合查验、缴纳税费、提取或装运货物手续的过程。
进出境阶段主要包括四个环节的工作：
1．进出口申报。即进出口货物的收发货人或其代理人在海关规定的期限内，按照海关规定的形式。向海关报告进出口货物的情况，提请海关按其申报的内容放行进出口货物的工作环节。
申报的具体步骤包括：准备申报单证、申报前提取货样和申报。
(1)作为申报的第一步，准备申报单证的原则是：基本单证、特殊单证、预备单证必须齐全、有效、合法；报关单填制必须真实、准确、完整；报关单与随附单证数据必须一致。
向海关递交纸质报关单可以使用事先印制的规定格式报关单上打印。
进口货物纸质报关单一式五联，包括：海关作业联、海关留存联、企业留存联、海关核销联、证明联(进口付汇用)。
出口货物纸质报关单一式六联，包括：海关作业联、海关留存联、企业留存联、海关核销联、证明联(出口收汇用)、证明联(出口退税用)。
进出口货物报关单应当随附的单证，包括：合同、发票、装箱清单、载货清单(舱单)、提(运)单、代理报关授权委托协议、进出口许可证件、海关要求的加工贸易手册(纸质或电子数据的)及其他进出口有关单证。海关应当留存进出口许可证件的正本，其余单证可以留存副本或复印件。
(2)提取货样的目的是为了确定货物的品名、规格、型号和归类。货样提取需经海关的同意并在海关监管下完成。
(3)目前海关实行的申报方式是电子申报与纸质申报相结合的。报关员先通过H2000系统进行电子申报，如果数据经计算机逻辑审核无误，则通常海关计算机系统会反馈“现场交单”的信息。在10日内，报关员应持打印好的纸质报关单证到货物所在地海关现场交单。
2．配合查验。海关查验是为了确定货物的性质、价格、数量和状况等与申报相符。进出口货物的收发货人或者办理进出口申报具体手续的报关员应到达查验现场，配合海关查验货物，并负责按照海关的要求搬移、开拆或重封被查验货物。海关可决定查验时间，并可进行复验和径行查验。由于海关关员的责任造成被查验货物在查验过程中损坏，海关负责赔偿直接经济损失。
3．缴纳税费。进出口货物的收发货人或其代理人在接到海关填发的税款缴款通知书之日起15日内，向海关指定的银行办理关税、进口环节增值税、消费税等款项的缴纳手续。逾期缴纳，海关将依法在原应纳税款基础上，按日加收滞纳税款0.5‰的滞纳金。
4．提取或装运货物。即提取进口货物或装运出口货物。
提取货物是指进口货物的收货人或其代理人，在完成上述三个环节的手续后，海关决定放行后，持海关加盖“放行章”的进口提货凭证或海关通过计算机系统发送的放行通知书，提取进口货物的工作环节。
装运货物是指出口货物的发货人或其代理人，在完成上述三个环节的手续后，海关决定放行后，持海关加盖“放行章”的出口装货凭证或海关通过计算机系统发送的放行通知书，通知港区、机场、车站及其他有关单位装运出口货物的工作环节。
对于一般进出口货物而言，放行即结关，货主可以对货物进行任意处置，并可向海关申请索取如下证明：进口付汇证明联(报关单)、出口收汇证明联(报关单)、出口退税证明联(报关单)和货物进口证明书(进口机动车辆用)。