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进出口农药登记证明管理是指我国对进出口农药实行目录管理，由农业部会同海关总署依据《中华人民共和国农药管理条例》和《在国际贸易中对某些危险化学品和农药实行事先知情同意程序国际公约》(PIC)，制定《中华人民共和国进出口农药登记证明管理目录》(以下简称《农药名录》)。进出口列入《中华人民共和国进出口农药登记证明管理目录》的农药，应事先向农业部农药检定所申领进出口农药登记证明，凭此向海关办理进出口报关手续。
对一些既可用作农药，也可用作工业原料的商品，如果企业以工业原料用途进出口，则企业不需办理进出口农药登记证明。对此类商品，进出口通关时海关不再验核进出口农药登记证明，改凭农业部向进出口企业出具的“非农药登记管理证明”验放。
进出口农药登记证明是国家农业主管部门依据《中华人民共和国农药管理条例》，对进出口用于预防、消灭或者控制危害农业、林业的病、虫、草和其他有害生物以及有目的地调节植物、昆虫生长的化学合成或者来源于生物、其他天然物质的一种物质或者几种物质的混合物汲取制剂实施管理的进出口许可证件，其国家主管部门是农业部。
进出口农药登记证明是我国进出口许可管理制度中具有法律效力的，用来证明对外贸易经营者经营《农药名录》所列农药合法进出口的证明文件，是海关验放该类货物的重要依据。
进出口农药登记证明实行“一批一证”制，一经签发，任何单位和个人不得修改证明内容；如需变更证明内容，应在有效期内将原证交回农业部农药检定所，并申请重新办理进出口农药登记证明。