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过境植物检疫系指对由境外启运，通过我国境内继续运往境外的植物、植物产品和其它检疫物（以下称“检疫物”）及其包装容器、包装物和运输工具实施检疫检验和必要的检疫处理。过境植物检疫是动植物检疫执法行为中的一项重要内容。
过境植物检疫适用于：经陆路通过我国境内直接过境运输的检疫物；入境后在我国口岸经改换其他运输工具并直接从入境口岸运出境外的检疫物；由船舶或飞机装运入境，由原运输工具装运出境的通运检疫物；以及属于欧亚大陆桥方式的国际集装箱过境运输的检疫物。
过境植物检疫是国家为防止植物危险性病、虫、杂草随过境植物、植物产品和其它检疫物传入国内，保护国内农、林业生产安全而采取的一种手段，它不亚于入境植物检疫对防止植物危险性病、虫、杂草传入国内的重要意义。
过境植物检疫的作用主要有：
一、防止植物危险性病、虫、杂草传入
过境植物检疫能保护农、林业生产安全过境的植物、植物产品和其它检疫物，虽然不在国内的某个城镇卸载、停放，但过境物品在我国境内长时间、长距离运输，加之温湿度变化及其它环境因素的影响，会给植物危险性病、虫、杂草的传播创造良好的时机和条件。如欧洲国家运往越南，或香港运往朝鲜的植物、植物产品，其所经路线贯彻我国大江南北；再如美国经天津新港运往蒙古国的植物产品，途经我国主要的农、牧业区，一旦植物危险性病、虫、杂草传入，将对我国的农牧业生产带来不可估量的损失。因此，过境植物检疫对防止危险性病、虫、杂草传入，对保护国内农、林业生产安全，对维护国家主权都具有极其重要的作用。
二、履行国际义务，促进国际贸易
在当今世界中，发展国际贸易，促进国际间物资交流，开展科技协作，是推动世界经济发展不可缺少的手段。由于地理条件的限制，各国或地区间的贸易往来不可能都是直接相通，而必须经其它国家或地区才能完成，因而产生了在其它国家或地区过境的问题。一个国家或地区向另一个国家或地区运送物资，在对我国国家主权和安全不构成损害和威胁时，我们将按国际惯例给予方便。过境的植物、植物产品和其它检疫物在符合我国有关检疫要求的条件下，可以获得过境许可。因此，过境植物检疫是促进国际贸易发展的一个重要环节，也是我们履行国际义务的一个重要方面。
（一）过境植物检疫的申请人
作为过境检疫物的货主一般不随同过境，过境植物、植物产品和其它检疫物运抵我国口岸入境时，应当由过境运输的承运人或者押运人负责办理过境检疫的申请手续。
办理过境检疫申请手续的可以是被授权的有关单位，如陆路口岸的铁路交接所、铁路对外服务公司和港口的粮食转运站、对外贸易运输公司、外轮代理公司和口岸所在地政府指定的少数有国际船、货代理权的企业。
（二）过境植物检疫申请的受理机关
出入境检验检疫机关是法定的过境植物检疫申请的受理机关，过境植物、植物产品和其它检疫物的入境口岸的出入境检验检疫机构负责签发过境检疫许可。任何单位和个人不经出入境检验检疫机构同意，将过境的植物、植物产品和其它检疫物随意放行的行为都是违法行为。
（三）过境植物检疫程序
1.报检
从我国口岸入境、经我国境内运往第三国的过境植物、植物产品和其它检疫物，在货物到达我国口岸时，承运人或者押运人或受委托的代理人，持运单和输出国家或者地区政府检疫机关出具的植物检疫证书向入境口岸的出入境检验检疫机关报检，填写《动植物检疫报检单》，申报过境植物、植物产品或其它检疫物的品名、数量、产地、输出国家或地区、输往国家或地区、过境路线、出境口岸、过境物品包装类型及包装材料、铺垫或填充物材料等。
对来自疫区的装有植物、植物产品或其它检疫物的过境集装箱，承运人应向出入境检验检疫机关报检。
2.检疫及检疫要求
（1）对原装运输工具过境的，查验运输工具（或装载容器）的外表有无破损、撒漏，是否附着土壤、害虫及杂草等有害生物。
（2）更换运输工具的，全面查验原运输工具上有无过境检疫物的残留物及动植物性铺垫物，检疫物的装载容器、包装物有无破损、撒漏或感染害虫、杂草等有害生物。
（3）对现场检疫截获的害虫、杂草等作初步鉴定并做记录，样本装入指形管，带回室内做进一步检验和鉴定。
3.检疫处理与放行
（1）装载过境植物、植物产品和其它检疫物的装载容器、包装物、运输工具应完好无损，不撒漏。经出入境检验检疫机关检查，发现运输工具或者包装物、装载容器有可能造成途中散漏的，承运人或者押运人应当按照出入境检验检疫机关的要求，采取密封措施；无法采取密封措施的，不准过境。
（2）装载过境植物、植物产品和其他检疫物的运输工具、包装物经检疫发现危险性病、虫、杂草等，出具《中华人民共和国动植物检疫处理通知单》，通知报检人作如下处理：
①对可以通过清扫、喷洒药剂、熏蒸等处理方法达到除害目的的，监督报检人用指定的方法处理合格后，准予过境。
②对疫情严重，难于完成清扫、喷药、熏蒸等处理，而不符合检疫要求的，不准过境。
（3）经检疫未发现危险性病、虫、杂草等，出具《中华人民共和国动植物检疫放行通知单》，或在货运单上加盖“检疫放行章”，准予过境。出境口岸出入境检验检疫机关验证放行。