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跨系统资金清算是指不同系统金融机构之间的资金往来以及由此而产生的资金存欠的清偿，跨系统资金往来通常称为金融机构往来。
广义的金融机构往来包括同一金融企业内部各机构问的资金账务往来、不同金融企业跨系统机构间的资金账务往来以及金融企业与中央银行之间的资金账务往来。
狭义的金融机构往来仅指金融企业跨系统机构问的资金账务往来和金融企业与中央银行之间的资金账务往来，亦即跨系统往来。
在多元化金融机构体制下，金融机构往来既是必然的，也是必要的。
首先，商业银行办理的结算业务，除一部分能在同一银行系统内实现资金划拨外，还有的要涉及不同的商业银行系统之间的资金划拨；
其次，商业银行需相互融通资金，以调剂资金余缺；
最后，中国人民银行行使中央银行职能，运用货币政策工具并实行信贷资金管理而引起中央银行与商业银行之间的往来。可见，金融机构往来既是实现银行间资金划拨与清算的手段，又是中央银行行使职能所必需的。
目前，跨系统资金清算的内容有：商业银行之间的往来包括同城票据交换及清算、异地跨系统汇划款项相互转汇、同业拆借及转贴现等；商业银行与中央银行的往来包括商业银行向中央银行送存或提取现金、缴存存款准备金、向中央银行借款、办理再贴现及通过中央银行汇划款项等。