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补充审计是指公司在首次公开发行股票并上市，或上市后在证券市场再筹资时，应聘请具有执行证券期货相关业务资格的国内会计师事务所，按中国独立审计准则对其依据中国会计准则、会计制度和信息披露规范编制的法定财务报告进行审计。同时还应聘请一家具备补充审计资格的会计师事务所，按国内会计准则审计，出具补充审计报告。如国内会计准则与国际会计准则有差异的，应对其差异影响额作出说明，并向社会披露。
补充审计主要原因是针对国内股票市场爆发的一系列上市公司提供虚假财务信息的案件，严重动摇了投资者对上市公司和整个证券市场的信心。这里既有上市公司会计资料失真的因素，也有注册会计师技术和职业道德水准不高，串通舞弊，还有会计准则方面的因素以及政府监管等方面的问题。通过实施更严格、更有效的补充审计，改进和提高上市公司财务信息的质量和真实性，增强投资者对上市公司及注册会计师审计的信心，顺应会计准则国际化的必然趋势，进一步推动上市公司会计准则国际化和加强对上市公司的审计监督。
补充审计的主要目的在于规范上市公司行为，保护投资者利益，改进国内会计师事务所执业环境，促进证券市场健康发展。其现实意义主要是：
第一，有助于提高我国上市公司财务信息的质量，更有效地减少和防止上市公司的财务欺诈行为，使得利用虚假财务信息欺骗上市和再融资的情况得到遏制，增强投资者对上市公司财务信息的信心，推动投资者按公司基本面进行理性投资，推动证券市场的规范发展。通过加强审计监督的方式，在一定程度上可以抑制新股发行、增发配股给一级市场带来的获利空间，有利于一级市场部分资金向二级市场转移。这是由于，一方面借助“洋”中介较高的审计技术水平，另一方面让国内、国际会计师事务所实行相互监督，可以使我们近期内爆发的一系列虚假财务信息事件在一级市场上得到源头控制，让那些准备构造虚假利润、包装上市融资的公司立即悬崖勒马。
第二，有利于反映公司存在的问题，促使他们切实加强管理，注重公司长远发展，走上规范发展的道路。会计造假屡禁不止的一个主要原因是监督不利，使得造假成本较低而风险较小，从而导致会计的虚假信息盛行。补充审计实际上是增加了监督的程序，这无疑增加了造假的成本和风险，可以使得虚假的会计信息受到一定的遏制。这样使企业不再通过手段从外部解决问题，而是积极的在企业内部加强管理，规范企业的行为，使会计信息的披露步入良性循环。第三，有助于反映出中国会计、审计、披露准则与国际准则的差异，便于有关部门据此改进和完善我国的准则，加快准则国际化的步伐。有人认为，中国会计准则与国际会计准则的差异已趋于减少。但应看到，两大会计准则间的差异仍客观存在。例如，中国证监会会计部去年通过案例分析指出，按国内目前的会计制度编报的财务报告还不足以真实地反映银行的资产质量和盈利能力，报表中的“水分”不少。如浦发银行2000年年报中，该行境内审计的利润总额和净利润分别为12.31亿元和9.58亿元，而境外审计分别为8.88亿元和7.28亿元。境内外审计差异之大让人吃惊，据悉，主要是因为拆放同业利息收入的确定标准、计提贷款呆账准备等原因而起。另外，业界d王普遍承认，按国际会计准则，上市公司在利润调节方面的作为相对较小。
第四，有助于注册会计师行业的健康发展，补充审计过程实际上是国际著名会计师事务所与国内事务所互相帮助、互相督促的过程，这有助于国内事务所向国际标准靠拢，有助于国际事务所熟悉国内的情况。补充审计也有助于国内注册会计师顶住某些上市公司串通造假的压力，坚持正确意见，确保审计工作质量。从银广夏等造假案发生的漏洞看，关键是注册会计师与上市公司串通舞弊，没有按规范的审计流程和审计方法操作。按规定，注册会计师应对上市公司会计记录所载事项向第三者发函询证。但中天勤的经办注册会计师几乎使函证手段形同虚设，竟然由上市公司代为操办或提供。如果发生补充审计同时陷入银广夏类陷阱的话，那肯定是违法的上市公司同时与境内外会计师事务所串通舞弊。这种可能性是存在的，但若有公司敢于铤而走险，其风险性和造似成本今非昔比。补充审计聘请的国际会计师事务所，其审计资格经过中国证监会和财政部特别许可，资格的获得不容易。在急欲打开整个中国市场的吸引下，“五大”必然在各种风险与成本的估算权衡中选择，)被蝇头微利所诱惑的可能性较小。拿安达信来说，曾经多次经历涉嫌帮助上市公司造假的危机，但在中国市场上犯串通舞弊的错误是不允许的，因为不良记录将葬送安达信在华的市场。
1.信息披露的质量的保证问题
证券市场中上市公司信息披露是由包括上市公司、会计师事务所、律师事务所等多个机构共同完成，并同时接受证券管理部门的信息披露质量监管。所以会计报告不是万能的，审计报告更不是万能的。它只是有理性的投资者决策的一个参考。不能不加限制地拔高审计报告的作用，夸大注册会计师的作用。如果说要提高中国证券市场的信息披露质量，那仅仅对会计师事务所一方进行补充审计是不够的。对中国自己的会计师事务所的审计报告需要来个补充审计，投资银行，法律意见书由谁来补充?所以有了补充审计报告，在现有的监管方式、监管手段下，能否彻底解决证券市场的信息披露问题还是个未知数。
2.审计的法律依据问题
目前国内注册会计师财务审计是依《中华人民共和国证券法》、《中华人民共和国公司法》、《中华人民共和国注册会计师法》等法规进行的法定审计。而补充审计只笼统的说明是依据《中华人民共和国证券法》制定，但在《证券法》中无相应的明文规定，使得补充审计不能成为依据现有法律而要求的法定审计。
3.对国际会计师事务所违规的处罚问题
按照中国证券市场惯例，中天勤、蜀都、中华等会计师事务所因为在证券市场中出了审计问题而遭到严重的处罚，实质上造成关所走人的下场。其中有的事务所因为一个分所的问题而遭到关闭的处罚。那么如果国际会计师事务所也出了假报告，也能照此办理吗?如果其在国内的一个分支机构出了问题，是不是也要处罚整个国际会计师事务所呢?当然国际著名会计师事务所可能“从出问题的概率来看，国际著名会计师事务所仍比其它会计师事务所要低。”但国际五大之一的安达信最近在美国的安然事件提醒我们，离开严格和有效的监管，就没有高质量的会计信息披露，也没有高质量的审计报告。所以对国际会计师事务所的处罚问题是不可回避的。
1.加强对国际著名会计师事务的临时许可证管理。针对临时许可证的申请条件、申请与审批程序、临时许可证的管理、国际著名会汁师事务所应承担的法律责任等，作出详细的规定。此外，证监会将支持国际著名会计师事务所在扩大规模的同时逐步实现本地化，以适应业务发展的需要；督促国内会计师事务所与国际会计师事务所积极配合，做好补充审计工作。
2.加大对国内注册会计师的监管力度。严厉处罚其中不遵纪守法、不勤勉尽责者。加强国内会计师事务所的质量评估，并予披露，以形成优胜劣汰机制。
3.做好国内会计、审计、披露准则与国际准则差异及其对上市公司财务信息影响的研究和宣传工作，以帮助投资者根据公司补充审计的结果，进行投资决策。
4.加大上市公司管理人员和本会及交易所监管人员对国内外准则的培训力度，以便于上市公司能准确地按照这些准则，高质量地完成财务信息的编报工作，便于监管人员有效实施监管。