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虚拟口岸直通放行是检验检疫局为加快口岸通关放行速度，从2008年初开始探索实施的一种新的通关放行模式。这一模式是通过依托特定进出境实体口岸的“虚拟口岸”检验检疫区，进出口企业或其代理人向“虚拟口岸”检验检疫机构申请办理口岸查验放行手续，实现“一次报检、一次检验检疫、一次放行”，方便进出口企业的业务管理模式。
在出口检验检疫查验方面，“虚拟口岸直通放行”模式改变传统模式下，出口货物企业取得产地检验检疫机构的合格凭证后，还需向口岸检验检疫机构报检申请换发《出境货物通关单》，口岸检验检疫机构按比例实施口岸查验的做法，产地检验检疫机构对出口货物检验检疫合格，在虚拟口岸完成口岸查验后，直接出具《出境货物通关单》。这样企业在产地能完成全部检验检疫手续，货物至港口后，企业也不需再次报检，港口检验检疫机构不再实施口岸查验，从而使企业具备在产地通关的条件。
“虚拟口岸直通放行”模式能有效实现对进出境货物检验检疫监管的“前推后移”：“前推”是对出境货物、集装箱的检验检疫在发运地完成，减少在港口的停留时间，提高效率；“后移”是对进境货物、集装箱的检验检疫到达目的地后实施检验检疫，检验检疫查验彻底有效，降低物流成本，提高工作效率。
虚拟口岸直通放行模式在提速、减负、增效、严密监管方面成效比较明显：
一是有效地提高了货物的通关速度。
通过实施直通放行模式，进口货物凭目的地检验检疫机构签发的通关单办理口岸报关手续，减少了进口货物的二次申报和口岸等待查验的时间，每批进口货物在上海港口的滞留时间可以缩短1天。出口货物在产地检验检疫机构出具通关单，直接到上海口岸办理通关手续，减少了企业在上海检验检疫机构办理换单和查验的时间，每批出口货物在上海的通关时间可以节省半天，加快了货物的通关速度。
二是有效地降低了企业的物流成本。
通过采用进口货物目的地检验检疫机构直接办理报检手续，以目前五家试点企业为例，每月进口300多批货物，600多个标箱，每月可以减少二次报检代理费用和滞港费用9万元；以目前五家试点企业每月近5000批出口货物，9000多个标箱测算，每月可以节省50万元的代理费用。
三是有效地提高了检验检疫监管有效性。
通过实施进口货物目的地报检的直通放行模式，使苏州局能够及时、全面掌握进口货物的所有到货信息，有助于防止逃漏检行为的发生，有助于对进口检疫物实现全面的检疫监管，有效防止国外疫情的传入。同时，通过实施出口货物产地检验检疫机构签发通关单的直通放行模式，产地检验检疫机构可以通过加大布控查验，结合加施封识等有效管理手段，实现对出口重点、敏感产品的有效监管。
四是有效地提高了企业的诚信管理水平。
通过虚拟口岸直通放行模式的有效实施，使质量稳定、管理优良的诚信企业充分得到实惠。同时对企业实施动态管理，对操作过程中出现管理不善或不诚信行为的企业，取消直通放行资格，有助于引导企业讲诚信、重管理、提高质量水平。
1.申请实施直通放行的企业应符合以下所有条件:
2.申请实施进口直通放行的货物应符合以下所有条件:
3.申请实施出口直通放行的货物应在《实施出口直通放行货物目录》内，但下列情况不实施出口直通放行：
1.符合直通放行条件的，企业报检时可自愿选择检验检疫直通放行方式或原放行方式。
2.申请直通放行的企业应填写《直通放行申请书》，并提交符合规定的企业条件的相关证明性材料，向所在地检验检疫机构提出申请。
3.企业所在地直属检验检疫机构对企业提交的材料进行审核批准后，报国家质检总局备案，并统一公布。