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航线设置是指船公司考虑相关因素后对船舶在两个或两个以上港口之间从事货物或旅客运输的的具体线路的选择，主要包括航线形式的确定以及航线上船舶挂靠港的选择。
航线设置主要包括航线形式的确定，航线上船舶挂靠港的选择。
(一)航线形式的确定
由于航线上每个始发港在发船间隔内拥有的货流有限，有时不足以装满整船，为提高船舶装载率，往往有不同航线形式可供选择。
1．多港挂靠航线形式多港挂靠航线形式是传统杂货班轮运输广泛采用的航线形式。这种航线形式船舶每个往返航次要挂靠的港口较多，去程时按顺序依次挂靠各港，回程时按相反顺序依次挂靠各港，货物不需中间港口换装直接运到目的港。
2．干线／支线航线形式
干线／支线航线形式是随着集装箱运输发展而带来班轮运输船舶大型化后出现的。它在航线两端各选择一个干线转运港，在两个转运港之间构成了航线的干线。干线船在干线转运港之间往返航行，而许多小港由支线船连接干线港，支线船在小港和干线转运港之间往返航行。一般认为干线船舶具有规模经济的优势可以弥补支线运输费用增加的不足。
(二)航线挂靠港的选择
一般航线两端可供选择的港口数量较多，为减少船舶挂靠次数、缩短停港时间和节约港口费用，通常根据港口货流情况进行选择。货流较大且稳定，需要船舶经常停靠的港口定为基本港；货流不足或不稳定，船舶不一定经常停靠的港口定为非基本港。航线上基本港口一般是货流多、水域条件好、集疏运便利、装卸效率较高的港口。需要说明的是基本挂靠港与非基本挂靠港只是相对固定的。
挂靠港确定后还要确定航线挂港顺序，一般可根据货物的流量、流向，挂靠港的营运情况，船舶到港时间确定。
设置航线常需考虑以下因素：
(1)有无保证船舶正常营运所需的充足且稳定的货源；
(2)航线上有无适合船舶安全航行的自然条件和地理环境；
(3)所拟航线上各船公司的参与及其竞争能力情况；
(4)国家的外交、经贸政策及航线所在地区政局稳定情况。