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绿色农业补贴是指国家按照环保标准来核定补贴数额的农业补贴。绿色农业补贴一方面是对原有的不合理的农业补贴政策的改革，另一方面则是以市场机制为导向，尽量发挥市场的力量，使绿色补贴这一公共政策能起到治理农业污染的作用。
和传统农业补贴相比，绿色农业补贴可以调节农业生产的外部效应，使农业生产所产生的污染这一外部负效应得以内在化，一定程度上使农业生产的成本与收益能接近相应的社会成本与收益，有效地解决了以往大量存在的农田结合部的土地污染问题。同时，可以兼顾公平与效率，克服以前单纯以条例对农业进行环保管理的缺陷，使农民能在市场的作用力下自发保护耕地，提高农民的劳动积极性。
1.提高农业法中现有的环保条例的效率和执法力度。借鉴国际上成功的控制有机肥、化肥和农药面源污染的法规，由国务院制订法规。同时，建立国家清洁生产的技术规范，拟定新的化肥和农药管理法律法规，鼓励能够减少面源污染的化肥和有机肥的生产和使用，建立我国有机废弃物排放的法规，有效控制城镇的污水排放和规模化养殖场牲畜粪尿的排放。
2.将对农业的支持与环境保护进行捆绑，逐步将农业补贴转化为农业污染补贴。在一些有条件的地区对一些农作物实行农药、化肥限额使用政策.政府在“绿箱政策”范围内给予生产者适当的经济补偿。对因限额使用农药、化肥造成的农业产出减少，将农业的支持与环境保护进行捆绑，逐步将农业补贴转化为农业污染补贴。首先，对实行绿色补贴进行评估。在实行绿色补贴政策之前，财政部联合农业部要对绿色补贴代替以前的农业补贴做有关方面的评估，如对补贴流向、补贴收入风险、财政补贴数量、对农民环保行动的影响、污染情况、纳税人负担情况进行系统地评估。其次.设置一些强制性条件，要求受补贴农民必需自觉地检查他们的环保行为，定期对自己的农场所属区域的野生资源、森林、植被进行情况调查。同时还要对土壤、水质、空气进行检验和测试，限期向有关部门提交报告。政府再根据农民的环境保护实际核查情况，以此来决定对农民是否给予补贴以及补贴多少。再次，对表现出色的农户，除提供“绿色补贴”外，还可暂时性减免农业的各项税费，以资鼓励。
3.加强对农民的环境保护教育，逐步提高农民的环保意识，形成相应的行为规范。加强宣传，提高公众环境意识。通过科普和大众媒体，加强教育和培训，提高全民对农业立体污染的认识和自觉参与防治污染的意识，鼓励企业和农民采取环境友好技术，在适当的时候制定相应的法规，以实现减少立体污染和促进农业、农村可持续发展战略实施。
4.重视“洁净型”高效农业技术与产品创新，鼓励发展精确农业。农业技术进步是改善农业环境质量的基本手段。在农业研发中，国家应加大资金投入，重视以水土资源为核心的“洁净型”高效农业技术与产品创新，鼓励发展精确农业，实现我国农业国际化与自由化进程中农业环境资源的可持续利用。同时，集中财政资金引进国外“洁净农业”技术，加速改造低效率、高污染的农业生产方式。