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税收管理方法是指能够保证税收管理活动朝着既定的方向发展，达到预期目的的各种方式、手段和措施的总称。税收管理活动必须选择正确的方法，只有管理方法科学、有力，才能适应税收管理工作的要求，才能搞好税收管理。因此，税收管理方法虽然不是税收管理的直接内容，但是也是税收管理过程中不可缺少的部分。
中国的跨国企业可以用来进行税收管理的具体方法很多，许多学者从经营和国别角度对之进行了广泛的研究。企业为达到增大收益的目的，当然可以根据自身的实际情况，综合权衡，使用各种方法。这里仅按照前述中国跨国企业税收管理的基本思路，对企业可以运用的一般方法进行分析。
(1)设立国际控股公司是当今跨国公司进行税收管理的重要途径之一。国际控股公司是跨国公司进行股权参与和控制走向专业化的一种组织结构。
由于各国税收制度的差异很大。主要体现在:
(1)课征的范围不同，如法国对利息免征预提所得税;(ii)税率高低不一，有些国家税率达到35，而有的则低至0,(iii)有些国家对签有协定的国家企业使用低税率，但降幅不一。因此跨国公司一般可以在税收协定网络较发达且限定税率较低的国家或地区，如荷兰、瑞士等国家设立专门的国际控股公司，通过税收支出方面的运筹就可以实现少缴预提税，递延缴纳股息收人的所得税、增加税收抵免限额或递延缴纳资本利得的所得税。例如，子公司可以将税后利润不汇回母公司，而先汇到控股公司，由于控股公司设立在低税国家，这样大量的税后所得应负担的税收就可以滞留下来，成为纳税人一笔可观的无利息资金，此外控股公司还可以替跨国公司将这笔资金再投资于税负轻的项目上，以获得更大的收益。
(2)由跨国企业集团组建的保险公司，承保企业集团内部全部或部分的风险事务，除了可为企业集团涉足国际保险市场的经济利益外，还有很大的税收利益。受控保险公司往往设立在国际避税地，多数不征公司所得税或税率很低。这样，一方面保险费用可以在集团公司所得税前列支，另一方面受控保险公司的这笔保费收人又不用纳税，就可以获得双重税收利益。而避税地企业的税后利润作为股息分配时，通常也不征收股息预提税。
跨国公司往往通过在缔约国、低税国或避税地设立以上类型的公司，除了可以获得税收方面的收益而外，还可以较容易地筹集资本，调整子公司的财务状况。例如，我国首钢集团通过在香港设立控股子公司就发挥了其卓著的筹资功能，同时也达到了减轻税负的目的。其与中国化工进出口总公司还都在海外设立了自己的金融公司，达到了降低资金成本，降低税负的目的。
转让定价又称为转移价格是指关联企业之间内部转让交易所确定的一种特殊的内部结算价格。转移价格通常不同于一般市场上的价格。国际关联企业的转让定价往往受跨国公司集团利益的支配，从而不受市场一般供求关系约束。又由于转让价格交易的双方是关联企业，这些企业之间有着共同的利益，因而这种内部结算价格可以低于或高于企业正常的会计成本，这就是企业可以利用转移价格进行税收支出运筹的基本原理。由于在现代国际贸易中，跨国公司的内部关联企业交易占有很大比例，因而可能通过利用其在全世界范围内高低税收的差异，借助转移价格实现利润的转移，以减轻公司的总体税负，从而保证了整个企业集团获得最大利润。
避税地(taxheaven)在跨国纳税人眼里是“税收天堂”。避税地是指对所得、资本利得等课征低税率或无直接税的国家或地区。避税地国家或地区通常要求纳税人交纳各种首次性或年度性注册费，这些注册费构成了避税港国家或地区的主要财政来源。它们有的完全免征直接税，如百慕大、巴哈马;有的实行单一来源地税收管辖权，对境外收人不征税，如香港、巴拿马;有的低税负，包括税法的低税率或有通过双边税收协定的低税率，如列支敦士登、阿曼;还有的是对离岸公司和控股公司实行低税率政策，如荷兰、卢森堡。尽管现在一些发达国家对避税地采取警惕甚至敌视或限制态度，但避税地的出现是市场经济在世界范围发展的必然结果，有作用必有反作用，世界上只要存在高税国，就必然出现避税地，这正像既有出口倾销，必有进口限额;既然有关税壁垒，必然有关税同盟。我们要承认避税地的存在，并在国际税收管理活动中充分利用它，以受其惠。