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电子审单是指运用通关信息管理系统的自动审单软件，按照预先设定的报关单数据状态判断条件、通道选择决策条件、预定式布控条件、逻辑检查条件及其他控制条件，对进出口货物报关单电子数据进行综合审核，确定是否接受申报，并根据审核结果自动确定报关单电子数据的通道流向，同时，根据通道流向不同，对报关单电子数据进行相应处理。
通关管理处根据风险管理委员会做出的决议，设置或调整通道判别表参数。
1、对报关单的填制进行规范审核，确定是否接受申报。
2、对各职能部门共同参与设定的风险布控目标进行捕捉，并按照预定的风险处置要求通知指定的作业环节（岗位）。
3、根据各职能部门参与设定的审单辅助决策参数、通道判别表和预警式布控进行通道判别和电子派单。
1、海关收到报关人正式申报的报关单电子数据后，电子审单软件首先按预先设定的审核判断条件参数对所申报的电子数据进行规范性审核。
2、报关单电子数据不能通过规范性审核的，海关不接受申报，退回报关单电子数据，允许报关人修改后重新申报，系统自动对外发布“不接受申报”信息，并作退单记录。
3、报关单电子数据通过规范性审核的，海关即接受申报，电子审单软件自动记录接受申报时间，并对报关单电子数据进行通关风险布控捕捉、审单辅助决策审核和电子审单通道判别。提前申报的进、出口货物许可证件有效期以海关接受申报之日为准。货物进出口时，如与申报日汇率、税率发生变化，以电子数据报关单通过海关计算机系统审核日期的汇率、税率计算。进口转关运输货物可以自运输工具申报进境后，货物运抵指运地前，向指运地海关提前申报。申报日期以电子数据报关单通过指运地海关计算机系统审核日期为准。
4、海关接受申报的报关单电子数据经通道判别处理后，分别按预先设定的通道判别表参数转往以下三个海关作业环节，并自动对外发布相关指令：
交由放行环节复核放行处理程序仅适用于部分特定企业或特定货物，并且只限于已经实行卡口管理的现场海关。
5、经电子审单转由隶属海关通关现场进行接单审核/征收税费处理或转由放行环节进行复核验放处理的报关单电子数据，系统自动完成税费计征处理，核销征免税证明，核注舱单、外汇核销单电子数据，核扣加工贸易登记手册和进出口许可证件等备案数据。