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环境行政监督检查是指环境执法机关为实现环境管理的职能，对相对人是否遵守环境保护法律、法规和具体行政决定所进行的监督检查。它包括两种情况：一种是相对人是否遵守环境法律、法规所作的监督检查；另一种是相对人是否执行环境行政处理决定和环境行政处罚决定所作的监督检查。
1．一般监督与特定监督
根据监督检查的对象是否为特定人所进行的分类，一般监督不是对特定单位和个人进行的监督检查，如某一区域内的环境质量监测就具有普查的性质。特定监督是环境管理机关对特定的相对人所进行的监督检查，如：环保局对某排污单位实施现场检查，一般监督和特定监督并非截然分开，在同一管理机关，针对特定对象的检查即为特定监督检查，而当其不针对特定对象时，即为一般监督检查。
2．依职权的监督检查和依授权的监督检查
这是根据监督检查的来源不同所进行的分类，依职权的监督检查是环境管理主体依照组织法或规定某一管理机关的法律法规所享有的监督检查权。《中华人民共和国环境保护法》第7条规定：“国务院环境保护行政主管部门，对全国环境保护工作实施统一监督管理。县级以上地方人民政府环境保护行政主管部门，对本辖区的环境保护工作实施统一监督管理。”环境主管机关实施的监督应是职权监督。
依授权的监督检查是指在环境管理法律法规中授予其他行政机关环境监督检查的权利。这种权利比较具体和明确，有关法律法规是表明某一机关享有环境监督检查权的法律依据。
3．事先监督检查和事后监督检查
这是根据进行监督检查时间的不同所进行的分类。事先监督检查是在相对人完成某一行为以前所作的监督检查，如审查环境影响报告书，检查建设项目的施工情况等。事后检查是在相对人完成某一行为以后的检查，如建设项目竣工投产后的环境质量监测，现场检查等。监督检查的时间直接影响到环境执法行为的效果，一般来说事先监督具有防患于未然的功效，事后监督只能是发现问题后亡羊补牢。但若将事后监督的事项提前，则会影响管理效率。因此，必须综合考虑各种情况，妥善地在法律法规中规定监督检查的时间。
4．守法监督检查，执行监督检查
守法监督检查是对相对人遵守法律、法规情况所实旅的监督检查。环保机关对企事业单位遵守环保法、保护和改善环境方面的情况所进行的监督检查。执行监督检查是对相对于执行环境管理主体的行政处理和处罚决定的情况所进行的监督检查，如环保部门在对排污单位作出缴纳滞纳金的决定以后，对排污单位是否确实缴纳滞纳金所作的监督检查。
环境行政监督检查不同于行政法制监督，它有自己的特征：
1．环境行政监督检查是环境行政主体对被管理人的监督检查。
2．环境行政监督检查以被管理人为监督对象；其检查的内容是相对人遵守法律法规、执行行政处理、处罚决定的情况。
3．环境行政监督检查的目的在于实现国家管理环境的职能。
4．环境行政监督检查一般采用审查、检查、登记、考核、统计等方法。
环境行政监督检查的方法和措施在环境法的各有关法规中作了规定，归纳起来有如下方面：
1．环境监测，监测是主管部门了解一定区域内的环境状况，掌握排污的具体情况，实施监督的重要方法。
2．审查，即环境行政主体为了履行职责，调阅相对人有关环境保护的计划、报表、帐册、设计任务书、报告书、报告表等材料，并要求相对人就有关材料进行说明的监督方式。
3．现场检查，即环境行政机关的工作人员直接深入现场进行检查，检查环境法的实施情况或环境行政处理决定、行政处罚决定的执行情况。现场检查现已成为我国环境管理的一项基本制度。
4．考核，即环境行政主体通过考核对一定区域内的相对人实施的监督。
5．统计，即负有统计义务的被管理者向管理者按照国家规定的统计要求上报统计报表，由管理者综合分析，以帮助决策的基础性工作。
6．送达违法通知书。管理人在监督检查中发现相对人的违法行为时向违法者送达的一种提示性文书，要求其采取措施，停止或纠正违法行为。
7．即时强制，即在紧急情况下，环境行政主体对可能造成环境污染或破坏、正在造成环境污染和破坏的人、行为或物所采取的强制措施：采取即时强制措施，必须符合法定条件。
环境行政监督检查虽然不直接影响相对人的实体权利和义务，但它与行政处理决定有密切联系，可能成为行政处理决定的前提，间接影响相对人的实体权利。因此，在环境行政监督检查中，双方必须享有一定程序上的权利和承担一定的义务。
环境行政主体，有权依职权或法律规定进行监督检查，如果相对人拒绝检查或在被检查时弄虚作假的，有权依法进行处罚，如仍不接受，还可以强制执行。但环境行政主体有义务依法办事，在监督检查的方法和程序上依照法律规定实施，同时有为相对人保守商业秘密、技术秘密的义务。
环境相对人有拒绝不合法的监督检查的权利。对于合法的监督检查，有如实反映情况、提供必要的资料、配合监督检查的义务，不得弄虚作假和违抗拒绝检查。