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海关行政复议程序是指海关复议机关审理海关复议案件时必经的法定的阶段和步骤。根据《行政复议法》、《海关行政复议办法》的规定，海关行政复议程序共有申请、受理、审理和决定等四个阶段，每个阶段均包含了不同的要素和程序要求。作为一种复议制度，灵活性的设计，加上科学的程序制度，对于行政复议机关合法且高效的行使复议工作，保障海关行政相对人的合法权益具有重要的意义。
海关行政复议程序的四个环节为：申请、受理、审理、决定，每个环节都有不同的要求，具体表现如下。
海关行政复议的申请是指公民、法人或其他组织认为海关的具体行政行为侵犯了其合法权益，依法要求海关行政复议机关对该具体行政行为实施相应的审查和处理，以保护其合法权益的一种意思表示。
申请行政复议的期限是公民、法人或者其他组织认为具体行政行为侵犯其合法权益，可以自其知道该具体行政行为发生之日起60日内提出行政复议的申请，如果法律规定的申请期限超过60日的除外；两个或两个以上的复议申请人对同一海关具体行政行为分别向海关复议机关申请复议的，则海关复议机关可以并案审理，并以复议机关收到后一个复议申请的日期为正式受理日期。
申请行政复议的条件主要有：申请人应当是认为海关具体行政行为侵犯其合法权益的公民、法人或者其他组织；有具体的复议请求；有明确具体的被申请人；属于海关行政复议的范围；属于受理海关复议机关的管辖范围；属于法律、法规规定的其他条件。
海关行政复议机关自收到复议申请以后，对属于海关行政复议范围的自海关行政复议机关收到之日起即为受理。但是出现以下情况海关行政复议机关不予受理：申请人不是海关具体行政行为侵犯其合法权益的公民、法人或者其他组织；不属于海关行政复议范围；超过法定申请复议期限，且无法律、法规规定的特殊情况；已向人民法院提起行政诉讼，人民法院已依法受理；不属海关管辖；已向其他有管辖权的机关申请复议；申请复议未递交复议申请书等。如果海关行政复议机关决定不予受理的，应当在5日内做出决定并制作行政复议申请不予受理决定书，送达申请人。申请人对海关做出不予受理决定或受理后超过行政复议期限不作答复的，可以自收到不受理决定之日起或者行政复议期满之日起15日内，依法向人民法院起诉。
海关行政复议是指海关行政复议机关受理复议案件后，对复议案件的事实是否清楚，适用依据是否正确，程序是否合法进行全面审查的过程。海关行政复议审理一般有以下步骤：
①海关行政复议人员首先必须认真阅读复议材料，审阅全案卷宗材料；
②核对申请人提供的证据材料，进行相关调查研究，收集证据；复议人员进行调查工作，应当出示证件，做调查笔录；同时复议机关在审查案卷时，有权要求申请人或被申请人补充提供有关证据和材料；
③审查原海关具体行政行为的做出是否有法律依据，适用法律是否正确；
④海关行政复议机关经过审理，复议机关对复议案件提出处理意见。
海关行政复议机关经过仔细审理，可以做出如下相关的决定：决定维持；决定被申请人限期履行法定职责；决定撤销、变更或者确认具体行政行为违法，责令被申请人在一定期限内重新做出具体行政行为以及其他决定。
决定维持是指海关行政复议机关经过审理，驳回申请，维持原状。其应包括五个条件：适用法律、法规、规章和具有普遍约束力的规范性文件正确；海关具体行政行为所认定的事实清楚，证据确凿；符合法定权限；符合法定程序；内容适当。以上五个条件缺一不可，必须同时具备。
决定被申请人限期履行法定职责是指海关行政复议机构经过审理后，认为被申请人的不作为行为违反了海关法律、行政法规、海关规章及有关规范性文件的规定，属未履行法定职责，应做出责令其在一定期限履行法定职责的决定。限期履行包括两种情况：一是由海关法律、行政法规、海关规章及有关规范性文件规定期限；二是海关行政复议根据具体情况确定期限。做出这种决定必须具备的条件：复议申请人要求被申请人履行某一法定职责有事实上和法律上的依据；被申请人具有这一法定职责；被申请人未履行此法定职责无正当理由。
海关机关对下列海关具体行政行为可以做出决定撤销、变更或者确认具体行政行为违法，责令被申请人在一定期限内重新做出具体行政行为以及其他决定：主要事实不清、证据不足；适用依据错误的、违反法定程序的、超越或滥用职权的；海关具体行政行为明显不当的。
其他决定是指在行政复议过程中，海关行政复议机关除了就海关具体行政行为是否合法、适当等问题做出上述决定外，还可就复议程序中出现的问题做出以下决定：受理决定、不受理决定和直接处理决定；停止原具体海关行政行为的决定；行政复议终止决定；撤销行政复议案件决定。