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技能绩效工资制是以员工实际掌握的技能为主，以技能测评、绩效考核为手段，以员工的劳动成果为依据支付劳动报酬，将技能工资与绩效工资作为员工薪酬的主要组成部分的一种工资制度。其依据的理论基础是能力/技能工资制和绩效工资制的“人力资本理论”、“边际生产力理论”、“Y理论”、“期望理论”、“双因素理论”、“公平理论”。
技能绩效工资制体现了按能力付酬和按实际贡献付酬的思想，体现了按劳分配原则，具有一定的公平性、激励性和团队意识。
首先，技能绩效工资制对工资构成因素的选择不够全面，未能体现出岗位的价值。“按岗付酬”和“按人付酬”是薪酬设计的两条主线，两者缺少任何一个都将造成不公平。
其次，薪酬、劳动是用人单位和劳动者进行交换的对象，劳动者通过提供用人单位所需要的劳动来获得薪酬，但是按能力付酬却未能直接体现薪酬的这一基本含义，它假设劳动者会主动把掌握的技能用于工作中，业绩是能力的产出，这是对薪酬含义的间接应用，间接所带来的后果不仅是信度的下降，更有可能对效度提出挑战，从而在根本上否定高能力、高产出的理论假设。
最后，企业战略和岗位职责是制定效标的依据，效标是绩效考核的依据，绩效工资是绩效考核结果的应用。技能绩效工资制抛弃了岗位因素，造成了岗位职责的不明确，岗位职责的不明确最终将影响到绩效工资单元的有效实施。