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所谓应付工资审计，是指国家审计机关或受其委托的机关，根据工资核算和管理要求，对企业、事业单位和国家机关的劳动工资政策及工资支付等情况进行的检查与审核。
（1）计提和支出的记录是否完整；
（2）计提依据是否合理；
（3）期末余额是否正确；
（4）应付工资的披露是否适当。
应付工资审计的几个重要程序：
(1)获取或编制应付工资明细表，复核审计正确，并与报表数、总账数和明细账合计数核对是否相符。
(2)对本期工资费用的发生情况进行分析性复核：
其一，检查各月工资费用的发生额是否有异常波动，若有，则要求被审计单位予以解释；
其二，将本期工资费用总额与上期进行比较，要求被审计单位解释其增减变动原因，或取得公司管理当局关于员工工资水平的决议。
(3)检查工资的计提是否正确，分配方法是否与上期一致，并将应付工资计提数与相关的成本、费用项目核对一致。
(4)如果被审计单位实行工效挂钩的，应取得有关主管部门确认的效益工资发放额的认定证明，并复核有关合同文件和实际完成的指标，检查其计提额是否正确。
(5)审查应付工资的披露是否恰当。
慎重地选择应付工资的审计切入点，确保应付工资审计目标的实现。具体包括：
1、应付工资计算的正确性审计；
（1）审计计时工资时，查考勤记录是否齐全真实；病事假是否按规定手续报经领导批准；
（2）审计计件工资时，查计件记录是否齐全真实；产品完工的质量是否经检查人员检查确认；工资结算单是否与计件记录相符。
（3）查工资结算单中的代扣款项是否正确，有无多扣、少扣或不扣现象。
（4）查工资结算单中的实发工资的计算是否正确。
（1）审计工资总额时，查其计入的各项支出是否符合国家统计局发布的《关于工资总额组成的规定》及《工资总额组成的规定》若干具体规范，即工资总额为基本工资、奖金、津贴、补贴、年终加薪、加班工资；
（2）审计洗理卫生费、上下班交通费补贴时，查其是否计入工资总额中的“津贴和补贴”项目内；
（3）审计误餐补助时，查其是否计入工资总额并计征个人所得税；
（4）审计住房补贴时，查其是否计入成本费用（但不能作为福利费、工会经费、职工教育费的计提依据和缴纳住房公积金的基础）。
3、工资的合法性审计：
（1）审计效益工资时，查工资总额和经济效益挂钩方案是否经劳动保障部门、财政部门批准，手续是否合法；批准的工资总额与经济效益挂钩办法是否认真执行；1999年前挂钩企业是否以上年工资清算应提取的工资总额为基础（并考虑调整因素），1999年后（含1999年）挂钩企业是否以上年国家统计局工资总额年报数为基础；企业按批准的工效挂钩办法提取的工资总额超过实际发放的工资总额部分是否在所得税前就扣除；应提未提含量工资应计入工资储备基金而其是否以“工资结算单”的形式流入“小金库”。
（2）审计计税工资时，查发放工资超标准部分是否已在计算应纳税所得额时扣除（因为只有在计税工资标准以内的，才按实际扣除）；是否存在缩小工资总额，扩大职工人数达到少交所得税的目的。
4、工资发放的合理性审计：审计工资发放时，查其是否及时发放工资：工资领取人员是否在领取工资的同时，在工资结算单上签字以示领取工资；未领取的工资是否进行了会计处理；是否存在着借发工资滥发奖金、福利的现象；是否存在谎报发放工资套取现金行为；发放给职工的住房补贴是否专户存储。
5、工资分配的客观性审计：工资分配是否客观关键，体现工资分配时是否符合配比原则和权责发生制原则，所以审计工资分配是否以其发生的地点和岗位进行分配。