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宏观经济管理必须通过建立一系列组织机构来进行。由这些相互联系、相互制约的各宏观经济管理组织机构所组成的有机整体，就是宏观经济管理组织系统。
宏观经济管理组织系统由若干个子系统所组成。这些子系统可以从以下两个角度进行分类：
宏观经济决策系统：按照我国现行建制，有全国人民代表大会、国务院。全国人民代表大会是国家经济管理的最高权力机关，有关国民经济和社会发展的战略目标、规划、计划及重大法规、政策等，都需经全国人民代表大会审查批准。全国人民代表大会选举产生的国务院，是政府的最高层次，，直接负责对国民经济有关政策的制定和组织管理。
宏观经济调控系统：主要包括计划、银行、财政、税务等机构。计划部门的主要职责是协调经济发展规划、计划和政策的制定与实施过程，搞好综合平衡；主要通过指导性计划来引导和规划市场活动，贯彻国家的经济增长政策、产业政策、投资政策、收入分配政策等来实现国家的调控目标。中央银行是国家货币政策的操作主体，通过实施货币政策实现国家的既定调控目标。财政和税务部门通过财政收入和财政支出政策对总供给和总需求讲行调节，实现宏观经济调控目标。
宏观经济平衡协调系统：目前我国主要包括的组织机构有国务院、国家发展与改革委员会等。其主要任务是以宏观调控目标为中心，协调宏观经济政策的制定与实施过程中的各种经济关系和经济政策措施，搞好综合平衡。由于能源是涵盖多个领域，涉及多个部门的战略资源，2010年，国务院决定成立了国家能源委员会，其主要职责是：负责研究拟定国家能源发展战略，审议能源安全和能源发展中的重大问题，统筹协调国内能源开发和国际能源合作的重大事项。
宏观经济信息系统：主要包括统计部门、信息中心和财政金融等机构。管理信息系统是宏观经济管理的神经网络系境，广泛服务于宏观经济管理过程的各个方面，如宏观决策需要以信息为基础；控制要以信息反馈为依据；组织协调需要信息进行沟通联络；企业的微观决策也需要信息系统从宏观角度提供及时、准确的信息服务。
宏观经济信息系统：主要包括统计部门、信息中心和财政金融等机构。管理信息系统是宏观经济管理的神经网络系境，广泛服务于宏观经济管理过程的各个方面，如宏观决策需要以信息为基础；控制要以信息反馈为依据；组织协调需要信息进行沟通联络；企业的微观决策也需要信息系统从宏观角度提供及时、准确的信息服务。
宏观经济监测与监督系统：主要包括统计、信息、工商行政管理、审计、纪检、监察等机构。宏观经济监测是对宏观经济运行的全面情况进行监测，及时提出对宏观经济活动的综合监测分析，并为有关方面报警。宏观经济监督是根据国家的既定调控目标，检查、监督国家经济政策的实施，并及时将信息反馈给政策协调部门，为宏观调控的正确导向提供依据。
宏观经济管理组织系统除上述分类外，还可按组织机构的性质划分为综合管理系统和专业管理系统两大子系统。宏观经济综合管理系统主要包括发改委、经贸委、银行、财政等机构，其职责是对宏观经济进行综合管理。宏观经济专业管理系统包括工业、农业、商业、对外经济贸易、交通、通信等专业部门，其职责是从宏观经济角度对行业的发展进行管理。