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备案号是指进出口货物收发货人办理报关手续时，应向海关递交的备案审批文件的编号，如加工贸易手册编号、加工贸易电子账册编号、征免税证明编号、实行优惠贸易协定项下原产地证书联网管理的原产地证书编号、适用ITA税率的商品用途认定证明编号等。
具体填报要求如下：
(1)加工贸易合同项下货物，除少量低价值辅料按规定不使用《登记手册》的外，必须在报关单备案号栏目填报《登记手册》的12位编码。
加工贸易成品凭《征免税证明》转为享受减免税进口货物的，进口报关单填报《征免税证明》编号，出口报关单填报《登记手册》编号。
(2)凡涉及减免税备案审批的报关单，本栏目填报《征免税证明》编号，不得为空。
(3)无备案审批文件的报关单，本栏目免予填报。
备案号长度为12位，其中第1、位是标记代码。备案号的标记代码必须与“贸易方式”及“征免性质”栏目相协调，如贸易方式为来料加工，征免性质也应当是来料加工，备案号的标记代码应为“B”。