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基本医疗保险基金结余是指基本医疗保险基金全部收入减去全部支出后的余额，包括基本医疗保险统筹基金结余、医疗保险个人账户基金结余。
通过对基金结余的核算，能够全面完整地反映基金的存量，为制定基本医疗保险基金预算，加强基金宏观管理提供有用的会计信息。
①基金结余的结转方法。基本医疗保险基金结余的核算主要是做好期末基金的结账工作。即将基本医疗保险基金的收入类和支出类账户的余额分别结转到“基本医疗保险统筹基金”“医疗保险个人账户基金”账户，将其中收入类余额账户转入“基本医疗保险统筹基金”、“医疗保险个人账户基金”账户的贷方，将支出类余额账户转入“基本医疗保险统筹基金”、；“医疗保险个人账户基金”账户的借方，结平各收支类账户。结转后，“基本医疗保险统筹基金”、“医疗保险个人账户基金”账户如为贷方余额即为基本医疗保险基金结余，如为借方余额即为基本医疗保险基金超支。
②基金结余的账务处理。这包括两个方面的账务处理。
结转基本医疗保险统筹基金结余的账务处理。基本医疗保险统筹基金结余是基本医疗保险统筹基金收支相抵后的滚存结余。为了反映基本医疗保险统筹基金的结余，会计核算上应设置“基本医疗保险统筹基金”科目。期末结转基本医疗保险统筹基金收入时，借记“基本医疗保险统筹基金收入”科目，贷记“基本医疗保险统筹基金”科目；期末结转基本医疗保险统筹基金支出时，借记“基本医疗保险统筹基金”科目，贷记“基本医疗保险统筹基金支出”科目。
结转医疗保险个人账户基金结余的账务处理。医疗保险个人账户基金结余是指医疗保险个人账户基金全部收入与全部支出相抵后的滚存结余。为了反映医疗保险个人账户基金的结余情况，应设置“医疗保险个人账户基金”科目。期末结转医疗保险个人账户基金收入时，借记“医疗保险个人账户基金收入”科目，贷记“医疗保险个人账户基金”科目；期末结转医疗保险个人账户基金支出时，借记“医疗保险个人账户基金”科目，贷记“医疗保险个人账户基金支出”科目。