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土地储备机构应为市、县人民政府批准成立，具有独立法人资格，隶属于国土资源管理部门，统一承担本行政辖区内土地储备工作的事业单位。
土地储备开发过程中的土地取得、开发、储存和供应是由政府授权组织等行政主体做出的行为，因而土地储备机构具有行政职权性。同时，土地储备机构具有调控土地市场供求结构的职责，又具有一定市场性。土地开发过程中涉及到的征地、拆迁、市政建设与人们群众切身利益息息相关，土地储备机构还具有很强的公益性。综上，土地储备机构具有三大特性：行政职权性、市场性和公益性。这三个特性相辅相成，土地储备机构的行政职权性决定其必须依据政府的供地计划来出让土地，并非完全依赖市场规则；而市场性可以提高交易主体的专业性，降低市场的交易成本，市场所要求的平等交易可有效保护交易双方的合法权益；公益性的定位又使得其自主交易权受到严格控制，从而保证公共利益的全面、合理实现。
土地储备机构的行政职权性和市场性决定了机构的组织形式：土地储备机构既不能设在政府机关中，也不能是一个完全市场化操作的企业法人。Ⅸ土地储备管理办法》明确指出土地储备机构代表政府承担具体工作，储备开发的法律主体应是土地储备机构。国家对土地储备机构的授权具备授予和限制双重意义，一方面，划定其行使权力的范围，利用土地储备机构的独立性改变过去政府的绝对权利；另一方面，土地储备机构的专业性可以提高交易效率，缩小交易成本。但土地储备机构作为不以盈利为目的的独立法人，其行使职权和市场交易行为应受到政府有关部门的严格监督，按照政府的规划和计划来进行土地储备和市场交易。
土地储备机构的公益性决定了机构的最终工作目标在于增强政府对土地市场和房地产市场的宏观调控能力，实现城市总体规划，保证公共利益的最大化。土地储备机构通过对土地的收购、储备、运营和管理，适时供应市场，可以盘活存量土地，保障土地供需平衡，促进土地的节约、集约利用。在我国土地资源稀缺的状况下，土地储备开发工作对于土地资源的可持续利用具有重要意义。
土地储备机构应当从以下三个方面强化职能、精确定位。
(1)提前介入，做好城市规划与土地储备决策的互动，引导土地征收、收购行为科学合理。城市规划指导着土地收储行为实施的时间、空间、规模和布局，也就是说，城市规划既是对土地储备行为的引领，也是对土地储备行为的限制。因此，如何加强城市规划的指导性，避免其对土地储备行为的限制性，是土地储备机构需要加强的一个职能。具体来讲，一是要当好城市规划编制的专业“帮手”，即在城市规划编制过程中，提前谋划，充分考虑未来土地储备行为对城市规划的影响，并与城市规划进行互动，确保城市规划与土地储备行为有效衔接；二是要做好城市规划实施的重要“抓手”，土地储备作为城市建设的公共政策，对城市发展有着及其重要的影响，通过土地收储行为，可以贯彻落实城市规划的目标，达到变“城市规划”为“城市形象”的效果。
(2)深化土地储备行为，拓展土地储备管理模式。首先应当继续强化计划管理，即建立土地储备计划的制定、落实、考核体系，保障土地储备行为的规范有序。目前大多数土地储备机构只注重计划制定和落实，忽略了考核体系的建立，从而导致计划执行不力、执行偏差的现象。其次要强化储备职能，体现土地“蓄水池”功能。这一基本功能在实际运作过程中，往往因为资金约束并未充分体现。实际上大部分土地储备机构热衷于做流水账，而不考虑土地储备的宏观调控功能。一个成熟的土地储备机构必须要有足够的“存货准备”，以此应对宏观调控、城市建设和社会发展需求。最后，则是注重资金使用效率，建立健全财务核算和资金监管体系。土地储备资金需求大，资金周转周期长，因此强化财务核算和资金监管体系，一方面是提高资金使用效率，避免财务风险，另一方面是对土地储备行为的效益考核，这里的效益包含了经济效益和社会效益的最大化。
(3)创新土地储备后续管理行为，形成多角度、多方案的土地利用模式。一是做好土地储备“存货准备”与“库存规模”的平衡。土地的储备和供应是土地储备机构最重要的两个职能，要结合储备机构的资金规模、政策导向，合理确定和调整土地储备、供应的规模结构。二是加强储备土地的利用和管理，创新储备土地临时利用方式。储备土地的利用应当重点考虑公共领域的需求，以解决社会公共问题为主要目标。土地储备机构通常有大量的非出让用地储备，主要包括道路、河流、绿化、未利用地、带征地等，如何创新利用这些储备土地，是土地储备机构应当重视的方向。