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发酵食品是指人们利用有益微生物加工制造的一类食品，具有独特的风味，如酸奶、干酪、酒酿、泡菜、酱油、食醋、豆豉、黄酒、啤酒、葡萄酒等。
发酵食品的发酵形式主要有液态或固态发酵和自然或纯种发酵。中国、日本等东方国家的传统发酵食品以固态发酵居多。如中国的风干肠、酱油、腐乳和豆豉、干腌制成的酸菜，日本的纳豆等 西方传统发酵食品多是液态自然或纯种发酵，如保加利亚酸乳，是以纯种的乳酸菌发酵而成；而开菲尔乳则是以含有乳酸菌、酵母菌以及其它有益菌的开菲尔粒发酵而成的；西方也有一部分食品为固态自然发酵，如著名意大利色拉米香肠、德国图林根香肠和黎巴嫩肠。
纯种发酵周期短，生产易于机械化，干扰因素少。现在有些发酵食品正在向纯种发酵发展，有的已成型且效果明显，如日本开发的先进的纯种制曲技术，欧美等国已制成的用于酸奶和发酵肠的纯种发酵剂，使发酵生产易于控制，发酵效果好，产品质量高，提高了劳动生产率及竞争力 目前我国的腐乳生产也改革了传统的豆腐毛坯的制造方法，使用优良菌株进行纯种培养，使菌种保持原有优点的同时更加适宜高温条件；腐乳生产制作过程中各项指标量化，从而应用生物工程技术达到自动化连续生产，稳定产品质量；打破传统腐乳形态、风味，实现质构重组腐乳。
发酵食品主要有众多的优点，例如发酵食品在常温下的保存时间通常要长于非发酵食品，发酵过程中产生的酸能够降低环境的pH，抑制其他微生物生长，经过发酵的食品营养价值有所提高。一些不能被人体利用的物质(如乳糖、棉子糖、水苏糖等)经发酵后转变成能被人体利用的形式。薯类含有对人体有害的氰基化合物，经发酵后使其转化成安全无毒的物质，经过发酵某些食品的风味和结构也能得到有效改善。
尤其近年来发酵食品的保健功能越来越被人们重视发酵食品所含的保健成分主要包括：对人体有益的微生物及酶、多肽与氨基酸、多糖与低聚糖、抗氧化活性物质、降低胆固醇及降血压物质。以及其他对人体有益的物质：B族维生素、亚油酸、亚麻酸、花生四烯酸、二十碳五烯酸、二十二碳六烯酸等。
食用发酵食品又有哪些具体好处呢?食品发酵时微生物分泌的酶能裂解细胞壁，提高营养素的利用程度。肉和奶等动物性食品，在发酵过程中可将原有的蛋白质进行分解，易于消化吸收 微生物还能合成一些B族维生素，特别是维生素B12，动物和植物自身都无法合成这一维生素，只有微生物能“生产” 发酵食品一般脂肪含量较低。因为发酵过程中要消耗碳水化合物的能量，是减肥人士的首选健康食品。
在发酵过程中，微生物保留了原来食物中的一些活性成分，如多糖、膳食纤维、生物类黄酮等对机体有益的物质，还能分解某些对人体不利的因子，如豆类中的低聚糖、胀气因子等。微生物新陈代谢时产生的不少代谢产物，多数有调节机体生物功能的作用，能抑制体内有害物的产生。
谷物制品如甜面酱及米醋等食品，它们当中富含苏氨酸等成分，可以防止记忆力减退。另外，醋的主要成分是多种氨基酸及矿物质，它们也能达到降低血压、血糖及胆固醇之效果。
豆类发酵制品如豆瓣酱、酱油、豆豉、腐乳等。发酵的大豆含有丰富的抗血栓成分，它可以有效地溶解血液中的血栓等物，起到预防动脉硬化、降低血压之功效。豆类发酵之后，能参与维生素K合成，这样可使骨骼强壮，防止骨质疏松症的发生。
酸牛奶、奶酪含有乳酸菌等成分，能抑制肠道腐败菌的生长，还含有可抑制体内合成胆固醇还原酶的活性物质，又能刺激机体免疫系统，调动机体的积极因素，有效地预防癌症。所以，经常食用酸牛奶，可以增加营养，防治动脉硬化、冠心病及癌症，降低胆固醇。利用乳酸菌来发酵的食品，其任何一种东西均可调整肠腔内菌群的平衡，增加肠蠕动，使大便保持通畅，预防大肠癌等的发生。此外，酸牛奶都能有效地控制血压的“上扬”，防止动脉发生硬化，保护心脏。
发酵食品的选择：一般来说。每日选择性食用1～2种发酵食品即可。但须注意的是，不同人群或不同的环境人们对发酵食品有不同的需求：
例如儿童常吃发酵食品好处多多，儿童常吃发酵的食品，蛋白质丰富，酵母富含多种维生素、矿物质和酶类。有利于儿童营养的吸收
经过发酵的面包、馒头有利于消化吸收，适宜消化功能弱的人食用。这是因为酵母中的酶能促进营养物质的分解因此，身体瘦弱的人、儿童和老年人等消化功能较弱的人，更适合吃这类食物。同样，早餐最好吃面包等发酵面食，因为其中的能量会很快释放出来，让人整个上午都干劲儿十足 对于要减肥的人来说，晚餐最好少吃馒头，以免发胖早餐最宜吃发酵食品。人体经过一夜的睡眠后，清晨起床身体还未被“激活”。如果吃油炸的食物或重油厚味的食物，不易被胃肠消化吸收。早餐若食物不消化，会影响全天的食欲和营养的吸收，会出现胃部不适、注意力不集中等状况所以，早餐吃馒头、花卷等食物再配以稀饭、豆浆或牛奶等，是不错的选择
但是腐乳豆豉含盐较高， 高血压和心脏病人应控制食量。
营养专家建议，现代人应该提醒自己每天摄取一种或两种发酵食品，特别是处于康复期的患者，或胃肠功能较弱的人，不妨多选择发酵食物，这样可以维持健康、促进长寿
1.发酵菌种的生物技术改造
生物技术是利用生物及其代谢过程来解决各种问题及取得有用产品的工程技术，生物技术被列为当今世界七大高新技术之一 生物技术以基因工程为核心内容，包括细胞工程、酶工程和发酵工程等技术领域。可依据发酵目标产品定向开发菌株 应用现代生物技术分离、选育、改良发酵菌株，人为控制菌种比例和添加量 进行纯种发酵，既可以提高发酵效率，又能稳定产品量。欧美等国家已经将发酵香肠中的主要微生物分离出来，制成肠用发酵剂，直接添加使用，人为控制菌种的添加量，特别有利于发酵香肠的工业化生产 日本种曲已由传统的自然培养制曲，发展为纯种制曲，将纯种培养的若干不同菌株按一定比例混合，制得的种曲发酵效果很好 我国黄酒酿造要求酵母耐高温、抗杂菌、发酵生香能力强，只有这样，在酿造中黄酒的产量和质量才能有可靠保证。可采用基因工程、细胞融合技术进行定向育种，可选育出性能优良且适合高浓度黄酒酿造的基因工程酵母、耐高温活性黄酒干酒母，以及在其增殖中自动淘汰野生酵母，防止杂菌污染和嗜杀活性广泛的黄酒酵母：也可采用基因重组技术 将高活性蛋白酶和澄清分解酶移接到黄酒酵母中去，改变黄酒内在的不稳定成分，从而更进一步提高黄酒的稳定性。延长保质期
2.冷杀菌技术
冷杀菌包括超高压杀菌、辐射杀菌、高压脉冲电场杀菌、磁力杀菌、感应电子杀菌、超声波灭菌、脉冲强光杀菌等 杀菌过程中食品的温度并不升高或升高有限，既有利于保持食品中功能成分的生理活性，又有利于保持产品的色、香、味及营养成分。冷杀菌技术可应用于酱菜、腐乳等非加热发酵食品的生产工艺中，也可以替代传统加热杀菌工艺，以改进传统生产中的减菌操作工艺，提高食品安全性。
3.超滤
目前我国传统食品酱油和食醋的生产，大多采用固态发酵法，生产多为敞口手工操作。产品极易被污染。使细菌超标 此外，传统发酵工艺中的淀粉和蛋白质发酵不完全，会造成产品浑浊和沉淀：而加热灭菌虽可改善产品卫生指标，但对风味影响较大；传统过滤对产品澄清度的改善效果一般。超滤是膜分离技术之一。它是用膜将直径小于0.3μm的离子与其他低分子式量组分或溶剂分开，具有操作条件温和、分离环境密闭和生产效率高等特点，兼具除去菌体的作用，应用于酱油和食醋生产中，既可以提高产品的澄清度和稳定性，亦可实现减菌的目的，提高产品的安全性，具有广泛的应用前景。